101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_00348 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011138  MADE_00348  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 
69 aa  140  7e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  56.52 
 
 
78 aa  85.1  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50 
 
 
78 aa  79.3  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.52 
 
 
87 aa  78.6  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1381  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  52.31 
 
 
76 aa  77.4  0.00000000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00885593  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  59.02 
 
 
75 aa  76.6  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  53.03 
 
 
79 aa  74.7  0.0000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.69 
 
 
82 aa  72.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.31 
 
 
95 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.18 
 
 
76 aa  56.2  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.75 
 
 
76 aa  55.8  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.75 
 
 
95 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.75 
 
 
95 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.75 
 
 
95 aa  54.3  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.91 
 
 
76 aa  52.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  47.27 
 
 
81 aa  51.2  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.27 
 
 
74 aa  51.2  0.000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  51.43 
 
 
79 aa  50.4  0.000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.06 
 
 
78 aa  49.7  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0263  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.1 
 
 
88 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.1 
 
 
88 aa  48.9  0.00002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1090  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.68 
 
 
89 aa  48.5  0.00003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00530  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  38.89 
 
 
77 aa  48.5  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.379393  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0575  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.1 
 
 
88 aa  48.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.306359  normal  0.178324 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2009  hydrogenase expression/formation  49.06 
 
 
70 aa  47.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.345013  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0141  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.51 
 
 
85 aa  47.4  0.00007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1168  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  57.78 
 
 
77 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.996311  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.35 
 
 
79 aa  46.6  0.0001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.06 
 
 
71 aa  46.6  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  37.5 
 
 
76 aa  45.8  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0641  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.38 
 
 
85 aa  45.4  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.858421  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0307  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  42.37 
 
 
76 aa  45.4  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.214881  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.29 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2742  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.75 
 
 
82 aa  45.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.18 
 
 
89 aa  45.1  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  41.18 
 
 
96 aa  44.7  0.0004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.64 
 
 
88 aa  44.7  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1538  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.06 
 
 
62 aa  44.3  0.0006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000241221  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.1 
 
 
71 aa  44.3  0.0006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  41.67 
 
 
93 aa  44.3  0.0006  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.92 
 
 
85 aa  44.3  0.0006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.33 
 
 
74 aa  43.9  0.0006  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
76 aa  43.5  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2887  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44 
 
 
81 aa  43.5  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.348602 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3289  hydrogenase assembly chaperone HypC  44 
 
 
81 aa  43.5  0.0008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.73 
 
 
80 aa  43.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.305152  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2177  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 
110 aa  42.7  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0242172  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.33 
 
 
97 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  34.33 
 
 
97 aa  43.1  0.001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  36.51 
 
 
71 aa  43.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 
86 aa  42.7  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.58 
 
 
81 aa  42  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0931  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.08 
 
 
90 aa  42.4  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  48.98 
 
 
97 aa  42.7  0.002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2412  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  28.57 
 
 
81 aa  42.7  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0703435  hitchhiker  0.0000250564 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.35 
 
 
86 aa  42.7  0.002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4098  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.75 
 
 
72 aa  42  0.003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3768  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 
104 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2813  putative hypC  40.62 
 
 
81 aa  42  0.003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1892  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  45.31 
 
 
95 aa  42  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.59 
 
 
90 aa  42  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.14 
 
 
80 aa  41.6  0.003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1644  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
80 aa  42  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0388  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.1 
 
 
71 aa  41.6  0.003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.984781  hitchhiker  0.00000000422403 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  37.5 
 
 
90 aa  42  0.003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1737  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.94 
 
 
76 aa  42  0.003  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.175485  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.51 
 
 
71 aa  41.6  0.004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0307  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.82 
 
 
76 aa  41.6  0.004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.59 
 
 
75 aa  41.6  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  28.57 
 
 
81 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3363  hypothetical protein  43.64 
 
 
96 aa  41.2  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.16041 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  28.57 
 
 
81 aa  41.2  0.004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.88 
 
 
87 aa  41.2  0.004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3635  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.98 
 
 
73 aa  41.2  0.004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
79 aa  40.8  0.005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3903  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.83 
 
 
78 aa  41.2  0.005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.92 
 
 
75 aa  41.2  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  41.07 
 
 
96 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.07 
 
 
96 aa  40.8  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  28.57 
 
 
81 aa  40.8  0.006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40.8  0.006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1499  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.85 
 
 
75 aa  40.8  0.007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.707569  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1024  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.9 
 
 
74 aa  40.8  0.007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.169012  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
80 aa  40.4  0.008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1176  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.06 
 
 
70 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.10029  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1283  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  38.6 
 
 
75 aa  40  0.009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.409533 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  35.94 
 
 
90 aa  40  0.01  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.94 
 
 
90 aa  40  0.01  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1167  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.88 
 
 
100 aa  40  0.01  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.91 
 
 
81 aa  40  0.01  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40  0.01  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40  0.01  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1901  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  32.14 
 
 
79 aa  40  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000307704 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40  0.01  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40  0.01  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  35.94 
 
 
90 aa  40  0.01  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>