156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1381 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1381  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  100 
 
 
76 aa  158  2e-38  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00885593  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  66.2 
 
 
78 aa  105  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  66.2 
 
 
78 aa  105  3e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  69.01 
 
 
82 aa  105  3e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  60.56 
 
 
87 aa  99.8  1e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  60.56 
 
 
79 aa  94  7e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  64.18 
 
 
75 aa  90.9  5e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00348  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.31 
 
 
69 aa  77.4  0.00000000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.44 
 
 
76 aa  67  0.00000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.93 
 
 
76 aa  63.9  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.85 
 
 
76 aa  61.6  0.000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  38.16 
 
 
90 aa  61.2  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.47 
 
 
95 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.47 
 
 
95 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.47 
 
 
95 aa  60.5  0.000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  36.84 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.84 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  36.84 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  36.84 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  36.84 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  36.84 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  36.84 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  36.84 
 
 
90 aa  59.7  0.00000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
81 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.16 
 
 
95 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  35.53 
 
 
90 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  35.53 
 
 
90 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  35.53 
 
 
90 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  35.53 
 
 
90 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  35.53 
 
 
90 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.1 
 
 
79 aa  57.4  0.00000007  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1901  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.9 
 
 
79 aa  57  0.00000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000307704 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.54 
 
 
78 aa  56.2  0.0000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.62 
 
 
81 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.62 
 
 
81 aa  56.2  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.44 
 
 
76 aa  56.2  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1815  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36 
 
 
81 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.67 
 
 
81 aa  55.5  0.0000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2092  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.67 
 
 
81 aa  55.1  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.85 
 
 
79 aa  55.5  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1870  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.67 
 
 
81 aa  55.1  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2412  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.62 
 
 
81 aa  55.5  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0703435  hitchhiker  0.0000250564 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.25 
 
 
81 aa  55.1  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7253  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.33 
 
 
88 aa  53.9  0.0000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.401886 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2140  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 
83 aa  53.9  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.930293  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  36.84 
 
 
90 aa  53.5  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  33.78 
 
 
96 aa  53.5  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
74 aa  53.5  0.000001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.11 
 
 
74 aa  52.8  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  38.03 
 
 
84 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  32.88 
 
 
90 aa  52.8  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0307  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.03 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.16 
 
 
85 aa  52.8  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.99 
 
 
89 aa  52.8  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.79 
 
 
82 aa  52.4  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.296554 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.49 
 
 
80 aa  52.8  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.305152  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 
78 aa  52.8  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.123557  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.14 
 
 
71 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0641  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.96 
 
 
85 aa  52.4  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.858421  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.23 
 
 
75 aa  51.6  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  35.71 
 
 
71 aa  52  0.000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1892  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.54 
 
 
95 aa  52  0.000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.84 
 
 
90 aa  51.2  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2486  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.62 
 
 
90 aa  51.6  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  38.46 
 
 
93 aa  51.2  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  33.33 
 
 
76 aa  51.2  0.000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3879  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.59 
 
 
91 aa  50.8  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0764  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.8 
 
 
92 aa  50.4  0.000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  37.66 
 
 
79 aa  50.4  0.000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.71 
 
 
71 aa  50.1  0.00001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3876  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.66 
 
 
81 aa  49.7  0.00001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0141  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.11 
 
 
85 aa  49.7  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.19 
 
 
86 aa  49.7  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0727  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.49 
 
 
93 aa  48.9  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.267852  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  38.96 
 
 
86 aa  49.3  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.03 
 
 
75 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0653  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.49 
 
 
93 aa  48.9  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36 
 
 
79 aa  49.3  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00530  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.73 
 
 
77 aa  49.3  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.379393  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2026  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.25 
 
 
82 aa  49.7  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1672  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.67 
 
 
86 aa  48.5  0.00003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.968118 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0575  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.8 
 
 
88 aa  48.5  0.00003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.306359  normal  0.178324 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0263  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.8 
 
 
88 aa  48.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1045  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.49 
 
 
93 aa  48.1  0.00004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.247317  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.8 
 
 
88 aa  48.1  0.00004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0713  hydrogenase assembly chaperone HypC  39.24 
 
 
97 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.487958  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2331  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.11 
 
 
94 aa  47.4  0.00006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  33.78 
 
 
92 aa  47.8  0.00006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  33.33 
 
 
92 aa  47.4  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0861  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.24 
 
 
97 aa  47.8  0.00006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.339436  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1499  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.43 
 
 
75 aa  47.4  0.00007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.707569  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2742  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.43 
 
 
82 aa  47.4  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3635  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.3 
 
 
73 aa  47.4  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  42.86 
 
 
97 aa  47.4  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0931  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.14 
 
 
90 aa  47  0.00008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2000  hydrogenase expression/formation  39.34 
 
 
96 aa  47  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.125343  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.71 
 
 
88 aa  47  0.00009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2406  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.31 
 
 
102 aa  47  0.0001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1243  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.71 
 
 
83 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.800937  normal  0.165339 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2536  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.06 
 
 
92 aa  46.6  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>