50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1167 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1167  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 		 100 aa  198  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3768  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  76.53 
 
 		 104 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  77.08 
 
 		 100 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.16504  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2000  hydrogenase expression/formation  60.42 
 
 		 96 aa  114  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.125343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1292  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  52.7 
 
 		 100 aa  84.7  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000883149  normal  0.714979 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2177  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  48.48 
 
 		 110 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0242172  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2821  hypothetical protein  59.46 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1154  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.81 
 
 		 112 aa  75.1  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.583061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1970  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.41 
 
 		 108 aa  73.9  0.0000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7261  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.3 
 
 		 102 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409873  normal  0.408688 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50550  hydrogenase assembly chaperone HoxL (HypC/HupF family)  43 
 
 		 106 aa  67.4  0.00000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00348713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1165  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  43.16 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297404  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2025  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.88 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1636  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.4 
 
 		 99 aa  58.2  0.00000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.668575  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.1 
 
 		 78 aa  57.8  0.00000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1639  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.4 
 
 		 99 aa  57.8  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.79 
 
 		 75 aa  54.7  0.0000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3985  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  43.43 
 
 		 100 aa  53.5  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.06 
 
 		 87 aa  50.8  0.000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0500  putative HupF/HypC hydrogenase protein  40.62 
 
 		 105 aa  50.8  0.000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  37.66 
 
 		 79 aa  50.4  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1647  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.4 
 
 		 99 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.963071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1706  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.4 
 
 		 99 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1801  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.4 
 
 		 99 aa  50.1  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.91 
 
 		 74 aa  49.3  0.00002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2151  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  38.14 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.188012  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.9 
 
 		 76 aa  47.8  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45 
 
 		 76 aa  47  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3102  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  36.46 
 
 		 103 aa  47  0.00009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1091  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.38 
 
 		 75 aa  46.6  0.0001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3635  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.92 
 
 		 73 aa  45.8  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.34 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.68 
 
 		 80 aa  45.8  0.0002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.71 
 
 		 86 aa  45.8  0.0002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1644  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.34 
 
 		 80 aa  45.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.34 
 
 		 81 aa  44.3  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3969  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  31.25 
 
 		 96 aa  43.5  0.0009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2009  hydrogenase expression/formation  38.98 
 
 		 70 aa  43.5  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.345013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.98 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.47 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.25 
 
 		 78 aa  43.5  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.78 
 
 		 71 aa  41.6  0.004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.43 
 
 		 95 aa  40.8  0.006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1381  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  32.39 
 
 		 76 aa  40.8  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00885593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.34 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.7 
 
 		 95 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00348  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.88 
 
 		 69 aa  40  0.01  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.7 
 
 		 95 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.7 
 
 		 95 aa  40  0.01  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>