41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3768 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3768  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  100 
 
 		 104 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1167  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  76.53 
 
 		 100 aa  154  6e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  69.39 
 
 		 100 aa  143  9e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.16504  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2000  hydrogenase expression/formation  60.42 
 
 		 96 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.125343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2177  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.47 
 
 		 110 aa  80.9  0.000000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0242172  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1292  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  51.35 
 
 		 100 aa  78.2  0.00000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000883149  normal  0.714979 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2821  hypothetical protein  52.7 
 
 		 110 aa  74.7  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1970  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.04 
 
 		 108 aa  72.4  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1154  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.56 
 
 		 112 aa  65.1  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.583061  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50550  hydrogenase assembly chaperone HoxL (HypC/HupF family)  40.78 
 
 		 106 aa  64.3  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00348713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1165  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  41.05 
 
 		 123 aa  62.8  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297404  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7261  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.62 
 
 		 102 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409873  normal  0.408688 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2025  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.71 
 
 		 128 aa  57.4  0.00000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  45.9 
 
 		 75 aa  54.3  0.0000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 		 78 aa  52  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3985  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  41 
 
 		 100 aa  52  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3969  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  32.11 
 
 		 96 aa  50.4  0.000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1636  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.36 
 
 		 99 aa  49.7  0.00001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.668575  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1639  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.36 
 
 		 99 aa  49.3  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.47 
 
 		 87 aa  46.6  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  35.06 
 
 		 79 aa  46.6  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.67 
 
 		 76 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3102  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  38.54 
 
 		 103 aa  45.4  0.0002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.98 
 
 		 86 aa  44.7  0.0004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1644  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.1 
 
 		 80 aa  44.3  0.0006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 		 76 aa  43.9  0.0007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1647  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.36 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.963071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1706  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.36 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.29 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1801  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.36 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3635  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.38 
 
 		 73 aa  43.1  0.001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 		 76 aa  42.7  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.68 
 
 		 71 aa  42.4  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.25 
 
 		 78 aa  42  0.003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.66 
 
 		 74 aa  42  0.003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00348  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 		 69 aa  42  0.003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0263  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 		 88 aa  40.4  0.007  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 		 88 aa  40.4  0.007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  38.71 
 
 		 81 aa  40.4  0.008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0500  putative HupF/HypC hydrogenase protein  35.42 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>