44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A1165 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A1165  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  100 
 
 		 123 aa  240  3.9999999999999997e-63  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297404  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7261  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.56 
 
 		 102 aa  77.8  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409873  normal  0.408688 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2177  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.54 
 
 		 110 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0242172  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2025  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.52 
 
 		 128 aa  73.9  0.0000000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3768  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44 
 
 		 104 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1167  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44 
 
 		 100 aa  72  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50550  hydrogenase assembly chaperone HoxL (HypC/HupF family)  45.28 
 
 		 106 aa  68.6  0.00000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00348713  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2000  hydrogenase expression/formation  43 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.125343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38 
 
 		 100 aa  63.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.16504  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1154  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.44 
 
 		 112 aa  60.5  0.000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.583061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1639  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.22 
 
 		 99 aa  60.1  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3102  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  40.95 
 
 		 103 aa  58.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1636  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.22 
 
 		 99 aa  59.3  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.668575  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1970  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.71 
 
 		 108 aa  54.7  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3985  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  43.56 
 
 		 100 aa  51.6  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1801  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.2 
 
 		 99 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1647  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.2 
 
 		 99 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.963071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1706  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  40.2 
 
 		 99 aa  50.4  0.000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0500  putative HupF/HypC hydrogenase protein  45.1 
 
 		 105 aa  49.7  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1292  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  42.11 
 
 		 100 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000883149  normal  0.714979 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  42.31 
 
 		 90 aa  47.8  0.00006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2151  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  44.12 
 
 		 105 aa  47.4  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.188012  normal  0.193487 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2821  hypothetical protein  35.37 
 
 		 110 aa  47  0.00008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3371  hypothetical protein  44.12 
 
 		 102 aa  46.6  0.0001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.677522  normal  0.937516 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3969  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.76 
 
 		 96 aa  46.6  0.0001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  35.37 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  35.37 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  35.37 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  35.37 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  35.37 
 
 		 90 aa  43.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.045323 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.15 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  34.15 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  34.15 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  34.15 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  34.15 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  34.15 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  34.15 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  34.15 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0508  hydrogenase expression/formation protein HypC  38.89 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1418  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.71 
 
 		 95 aa  42  0.003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  35.44 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2501  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.18 
 
 		 86 aa  41.2  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595307 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.54 
 
 		 96 aa  40.4  0.007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3110  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 		 94 aa  40  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.976554  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>