61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1292 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1292  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  100 
 
 		 100 aa  200  6e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000883149  normal  0.714979 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2821  hypothetical protein  55 
 
 		 110 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1970  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.81 
 
 		 108 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1167  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.7 
 
 		 100 aa  84.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3768  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  51.35 
 
 		 104 aa  78.2  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.3 
 
 		 100 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.16504  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50550  hydrogenase assembly chaperone HoxL (HypC/HupF family)  46.43 
 
 		 106 aa  65.9  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00348713  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2177  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  44.59 
 
 		 110 aa  65.9  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0242172  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2025  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.58 
 
 		 128 aa  63.9  0.0000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3985  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  51.85 
 
 		 100 aa  60.1  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2000  hydrogenase expression/formation  39.24 
 
 		 96 aa  57.4  0.00000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.125343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7261  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.13 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409873  normal  0.408688 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 		 78 aa  53.5  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1636  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  43.84 
 
 		 99 aa  52.4  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.668575  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3969  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  36.25 
 
 		 96 aa  52.4  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1154  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.32 
 
 		 112 aa  52.4  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.583061  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1639  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  43.84 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1091  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.51 
 
 		 75 aa  50.1  0.000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 		 75 aa  49.3  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  31.76 
 
 		 97 aa  48.9  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.32 
 
 		 86 aa  48.5  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  41.94 
 
 		 92 aa  47.4  0.00006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.14 
 
 		 87 aa  47  0.00009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.3 
 
 		 90 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1165  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  42.11 
 
 		 123 aa  47  0.00009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297404  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.14 
 
 		 89 aa  45.4  0.0002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2501  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.07 
 
 		 86 aa  45.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595307 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0653  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  30.95 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0727  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  30.95 
 
 		 93 aa  45.1  0.0003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.267852  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03900  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.48 
 
 		 71 aa  44.7  0.0004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1045  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  30.95 
 
 		 93 aa  44.7  0.0004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.247317  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2124  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.14 
 
 		 86 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.181961  normal  0.0268244 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2183  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.14 
 
 		 86 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.195467 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2137  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.14 
 
 		 86 aa  44.7  0.0005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.613834  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.39 
 
 		 76 aa  42.7  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  37.1 
 
 		 93 aa  43.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0794  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.15 
 
 		 82 aa  43.1  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.481869  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.51 
 
 		 78 aa  42.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1647  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  41.82 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.963071  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1706  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  41.82 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2408  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.49 
 
 		 84 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349074 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1801  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  41.82 
 
 		 99 aa  42.4  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.14 
 
 		 95 aa  42  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4603  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  34.78 
 
 		 86 aa  42  0.003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  34.18 
 
 		 79 aa  41.6  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2178  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.1 
 
 		 80 aa  42  0.003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.339954 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0536  hydrogenase expression/formation protein, HupF/HypC  35.14 
 
 		 100 aa  41.6  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3635  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.46 
 
 		 73 aa  42  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.48 
 
 		 79 aa  41.6  0.004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.78 
 
 		 76 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  39.44 
 
 		 90 aa  41.6  0.004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.07 
 
 		 76 aa  41.2  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.82 
 
 		 71 aa  41.2  0.005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3208  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.56 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 		 74 aa  41.2  0.005  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3102  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.22 
 
 		 103 aa  40.8  0.006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3822  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36.99 
 
 		 92 aa  40.4  0.007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.564526  normal  0.0529395 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0263  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2706  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.36 
 
 		 91 aa  40.4  0.008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1343  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  33.33 
 
 		 88 aa  40.4  0.008  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.78 
 
 		 76 aa  40  0.01  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>