147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_p0177 on replicon NC_009475
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  100 
 
 
79 aa  163  8e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1381  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  60.56 
 
 
76 aa  94  7e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00885593  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  49.35 
 
 
87 aa  92.8  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  54.67 
 
 
78 aa  89.7  1e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  57.75 
 
 
82 aa  89.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  52.05 
 
 
78 aa  84.3  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00348  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.03 
 
 
69 aa  74.7  0.0000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50.77 
 
 
75 aa  72.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.48 
 
 
78 aa  62.4  0.000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.123557  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.33 
 
 
76 aa  60.1  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.15 
 
 
76 aa  58.5  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.15 
 
 
76 aa  58.2  0.00000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
74 aa  58.2  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2742  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.62 
 
 
82 aa  57.4  0.00000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0517  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.66 
 
 
95 aa  56.6  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.735802 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0764  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
92 aa  55.8  0.0000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.33 
 
 
76 aa  55.1  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2779  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.46 
 
 
78 aa  54.7  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01190  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.89 
 
 
83 aa  53.9  0.0000008  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1090  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.75 
 
 
89 aa  53.5  0.0000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0475  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.62 
 
 
95 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.44 
 
 
74 aa  52  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2887  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
81 aa  52.8  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.348602 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0141  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.89 
 
 
85 aa  52.4  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0508  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.62 
 
 
95 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.312854  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3289  hydrogenase assembly chaperone HypC  37.5 
 
 
81 aa  52.8  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1241  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.81 
 
 
71 aa  52.4  0.000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2177  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.79 
 
 
110 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0242172  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7253  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.67 
 
 
88 aa  52.4  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.401886 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0503  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.62 
 
 
95 aa  52.8  0.000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0050  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 
79 aa  52.4  0.000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.0199  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1429  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  36.84 
 
 
96 aa  52  0.000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.149613  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3635  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.46 
 
 
73 aa  51.6  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50460  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  45.31 
 
 
84 aa  51.2  0.000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0945297  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.26 
 
 
86 aa  51.2  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1215  hydrogenase maturation factor  37.31 
 
 
71 aa  51.6  0.000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0872  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  38.36 
 
 
97 aa  51.6  0.000004  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.644778  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0268  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.55 
 
 
83 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.12267 
 
 
-
 
NC_002936  DET1433  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  42.86 
 
 
71 aa  50.4  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0932  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.37 
 
 
92 aa  50.8  0.000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.305278  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1167  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.66 
 
 
100 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3924  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  46.03 
 
 
88 aa  50.4  0.000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.377852  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02578  HypC  36.49 
 
 
90 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.49 
 
 
90 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.775434  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0118  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  40 
 
 
76 aa  50.1  0.00001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00072564  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02543  hypothetical protein  36.49 
 
 
90 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2000  hydrogenase expression/formation  37.18 
 
 
96 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.125343  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3980  hydrogenase assembly chaperone  36.49 
 
 
90 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1892  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  47.46 
 
 
95 aa  49.7  0.00001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2865  hydrogenase assembly chaperone  36.49 
 
 
90 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3016  hydrogenase assembly chaperone  36.49 
 
 
90 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0790  hydrogenase assembly chaperone HypC  41.18 
 
 
93 aa  50.1  0.00001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.475375  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0984  hydrogenase assembly chaperone  36.49 
 
 
90 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.322582 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2853  hydrogenase assembly chaperone  36.49 
 
 
90 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.516809 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1095  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  43.48 
 
 
79 aa  49.3  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.44829  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2042  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.66 
 
 
79 aa  48.5  0.00003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3149  hydrogenase assembly chaperone  36.49 
 
 
90 aa  48.5  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0138  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.71 
 
 
75 aa  47.8  0.00004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0491338  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00530  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  46.77 
 
 
77 aa  48.1  0.00004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.379393  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3967  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.71 
 
 
81 aa  48.1  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2978  hydrogenase assembly chaperone  35.14 
 
 
90 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3166  hydrogenase assembly chaperone  35.14 
 
 
90 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.438087 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3061  hydrogenase assembly chaperone  35.14 
 
 
90 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.045323 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3045  hydrogenase assembly chaperone  35.14 
 
 
90 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.694918  hitchhiker  0.00501296 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3009  hydrogenase assembly chaperone  35.14 
 
 
90 aa  48.1  0.00004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00899127 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2140  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.19 
 
 
83 aa  47.8  0.00005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.930293  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1961  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.71 
 
 
85 aa  47.8  0.00005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2813  putative hypC  40.51 
 
 
81 aa  47.8  0.00005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2331  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40 
 
 
94 aa  47.8  0.00005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1644  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
80 aa  47.8  0.00005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.5 
 
 
96 aa  47.8  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0703588  normal  0.109109 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1835  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.11 
 
 
81 aa  47.4  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1097  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.14 
 
 
89 aa  47.4  0.00007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3760  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.86 
 
 
75 aa  47  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0307  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.67 
 
 
76 aa  46.6  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3768  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.06 
 
 
104 aa  46.6  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3681  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.67 
 
 
79 aa  46.6  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.14 
 
 
90 aa  46.6  0.0001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4558  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.21 
 
 
90 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2950  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.98 
 
 
80 aa  46.2  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.556547 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1882  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.11 
 
 
81 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1758  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  30.38 
 
 
82 aa  45.4  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0641  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.35 
 
 
85 aa  45.4  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.858421  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1907  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.11 
 
 
81 aa  45.8  0.0002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0933507  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2308  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.59 
 
 
83 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.685831 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1914  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.11 
 
 
81 aa  46.2  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.384554  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2447  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.29 
 
 
87 aa  45.8  0.0002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0458574 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2526  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 
96 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.234436  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1168  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.27 
 
 
77 aa  45.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.996311  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4093  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.84 
 
 
84 aa  45.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.227783  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1815  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  29.73 
 
 
81 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2162  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  28.38 
 
 
81 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2594  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.33 
 
 
85 aa  45.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3201  hydrogenase assembly chaperone  38.46 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0931  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.68 
 
 
90 aa  45.1  0.0003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08050  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.62 
 
 
90 aa  45.4  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2092  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  26.92 
 
 
81 aa  44.7  0.0004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1283  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  36 
 
 
75 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.409533 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1870  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  26.92 
 
 
81 aa  44.7  0.0004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0575  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  39.29 
 
 
88 aa  45.1  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.306359  normal  0.178324 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>