40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2000 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2000  hydrogenase expression/formation  100 
 
 		 96 aa  192  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.125343  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1167  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  60.42 
 
 		 100 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3768  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  60.42 
 
 		 104 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1159  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  53.12 
 
 		 100 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.16504  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2177  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  50.51 
 
 		 110 aa  84.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0242172  normal  0.179012 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1154  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  47.52 
 
 		 112 aa  73.9  0.0000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.583061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2025  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.75 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.306695  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50550  hydrogenase assembly chaperone HoxL (HypC/HupF family)  39.8 
 
 		 106 aa  60.8  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00348713  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1165  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  42.11 
 
 		 123 aa  59.7  0.00000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.297404  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1292  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  39.24 
 
 		 100 aa  57.4  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000883149  normal  0.714979 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7261  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  37.11 
 
 		 102 aa  57  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.409873  normal  0.408688 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1664  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  42.62 
 
 		 78 aa  54.7  0.0000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.473831  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3102  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  40.62 
 
 		 103 aa  54.7  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3969  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  38.27 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2821  hypothetical protein  39.74 
 
 		 110 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1272  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.08 
 
 		 82 aa  52.4  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.444775  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1636  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.35 
 
 		 99 aa  50.8  0.000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.668575  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1639  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  35.35 
 
 		 99 aa  50.8  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3985  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  43.3 
 
 		 100 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0177  hydrogenase expression/formation protein  37.18 
 
 		 79 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2490  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.76 
 
 		 87 aa  49.7  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.228537 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0326  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.98 
 
 		 75 aa  48.5  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00530973  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1381  hydrogenase expression/formation protein (HUPF/HYPC)  39.34 
 
 		 76 aa  47  0.00008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00885593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1970  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  31.65 
 
 		 108 aa  45.8  0.0002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1600  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 		 78 aa  45.8  0.0002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0463  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  43.1 
 
 		 74 aa  45.8  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0604449  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1951  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  41.67 
 
 		 76 aa  45.8  0.0002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3064  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163883  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.33 
 
 		 76 aa  45.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1131  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  34.33 
 
 		 76 aa  44.7  0.0004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3402  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  35.44 
 
 		 80 aa  44.7  0.0005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1706  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  34.69 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.371341  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1801  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  34.69 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.102221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1647  hydrogenase assembly chaperone HypC/HupF  34.69 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.963071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2501  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.1 
 
 		 86 aa  42.4  0.002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0595307 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0088  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  36.36 
 
 		 71 aa  42  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3235  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.75 
 
 		 90 aa  41.6  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2008  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  40.32 
 
 		 86 aa  40.8  0.006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0683  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  32.31 
 
 		 74 aa  40.8  0.007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3980  hydrogenase assembly chaperone hypC/hupF  38.1 
 
 		 105 aa  40.4  0.009  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.943187  normal  0.61085 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>