85 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hlac_3543 on replicon NC_012030
Organism: Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012030  Hlac_3543  putative transcriptional regulator, CopG family  100 
 
 		 129 aa  268  2e-71  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4927  transcriptional regulator NikR, CopG family  79.69 
 
 		 131 aa  218  1.9999999999999999e-56  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2747  transcriptional regulator NikR, CopG family  62.2 
 
 		 132 aa  181  3e-45  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4027  transcriptional regulator NikR, CopG family  61.42 
 
 		 128 aa  179  9.000000000000001e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1664  nickel responsive regulator  31.25 
 
 		 141 aa  82  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0929  nickel responsive regulator  31.25 
 
 		 141 aa  81.6  0.000000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1201  nickel responsive regulator  30.47 
 
 		 141 aa  78.2  0.00000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1182  nickel responsive regulator  32.03 
 
 		 141 aa  78.2  0.00000000000004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1017  nickel responsive regulator  29.69 
 
 		 141 aa  76.6  0.00000000000009  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0662  nickel responsive regulator  29.37 
 
 		 140 aa  71.2  0.000000000004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0229415  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0842  CopG family transcriptional regulator  27.34 
 
 		 151 aa  71.2  0.000000000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.514267  normal  0.251181 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2041  CopG family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 140 aa  68.9  0.00000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000563555  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2250  CopG family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 141 aa  68.9  0.00000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000647292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0162  CopG family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 139 aa  68.9  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0220  transcriptional regulator NikR, CopG family  29.69 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0606  putative transcriptional regulator, CopG family  26.56 
 
 		 140 aa  64.7  0.0000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1768  putative transcriptional regulator, CopG family  30.53 
 
 		 135 aa  63.2  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.123509  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3947  nickel responsive regulator  32.03 
 
 		 154 aa  63.2  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1643  CopG family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 140 aa  62  0.000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.0000269216 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2743  CopG family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 138 aa  61.2  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00281756  hitchhiker  0.00032337 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0507  nickel responsive regulator  25.58 
 
 		 140 aa  61.6  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1718  transcriptional regulator NikR, CopG family  27.2 
 
 		 133 aa  60.8  0.000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0488  CopG family transcriptional regulator  27.2 
 
 		 134 aa  60.5  0.000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.632627  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0411  CopG family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.629331  normal  0.0285278 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2239  CopG family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 140 aa  59.3  0.00000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.849236  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1100  NikR nickel binding protein  28.35 
 
 		 137 aa  59.3  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1953  nickel responsive regulator  33.88 
 
 		 167 aa  56.2  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.414583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2214  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.77 
 
 		 136 aa  55.5  0.0000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2805  nickel responsive regulator  28.91 
 
 		 156 aa  55.1  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.20015  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0934  nickel responsive regulator  26.77 
 
 		 140 aa  55.1  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0911  transcriptional regulator NikR, CopG family  30.09 
 
 		 142 aa  55.5  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0193  CopG family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 132 aa  54.3  0.0000005  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.272405 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3111  nickel responsive regulator  27.34 
 
 		 164 aa  54.3  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1305  CopG family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.145448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1135  putative transcriptional regulator, CopG family  22.88 
 
 		 131 aa  53.5  0.0000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.548865 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1897  nickel responsive regulator  24.6 
 
 		 137 aa  52.8  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0271  transcriptional regulator NikR, CopG family  25.78 
 
 		 135 aa  52.8  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1371  transcriptional regulator NikR, CopG family  29.6 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.551897  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1594  CopG family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 135 aa  52.4  0.000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.334821  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0164  transcriptional regulator NikR, CopG family  28.45 
 
 		 172 aa  51.6  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.200645  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00550  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain and metal-binding domain  27.87 
 
 		 172 aa  52  0.000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0327438  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1236  CopG family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 133 aa  52  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2956  nickel responsive regulator  27.34 
 
 		 139 aa  52  0.000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0649578  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0210  transcriptional regulator NikR, CopG family  27.27 
 
 		 140 aa  51.6  0.000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.547655  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1563  CopG family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1234  nickel responsive regulator  25.78 
 
 		 153 aa  51.6  0.000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0299  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.09 
 
 		 136 aa  50.8  0.000005  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.345818  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3104  transcriptional regulator NikR, CopG family  27.43 
 
 		 142 aa  50.8  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0795  transcriptional regulator NikR, CopG family  27.5 
 
 		 148 aa  50.8  0.000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0474  nickel responsive regulator  25 
 
 		 139 aa  50.8  0.000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2003  putative transcriptional regulator, CopG family  24.8 
 
 		 134 aa  50.1  0.000009  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000417208  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0870  nickel-responsive regulator  22.5 
 
 		 138 aa  50.1  0.00001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3075  transcriptional regulator NikR, CopG family  25 
 
 		 140 aa  50.1  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.251737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1656  CopG family transcriptional regulator  25 
 
 		 127 aa  48.9  0.00002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1320  nickel responsive regulator  25.78 
 
 		 139 aa  48.9  0.00002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00541993 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0497  nickel responsive regulator  29.23 
 
 		 139 aa  49.3  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.492849  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1344  putative transcriptional regulator, CopG family  29.51 
 
 		 147 aa  48.9  0.00003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000723092  unclonable  0.00000108063 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2090  nickel responsive regulator  26.56 
 
 		 139 aa  48.5  0.00003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000414666  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0530  nickel responsive regulator  28.46 
 
 		 139 aa  48.1  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0440783  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0525  nickel responsive regulator  28.46 
 
 		 139 aa  47.4  0.00006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.317174  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0355  nickel responsive regulator  23.81 
 
 		 137 aa  47.8  0.00006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000375481  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0609  CopG family transcriptional regulator  26.36 
 
 		 158 aa  47.4  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396237  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3628  nickel responsive regulator  28.12 
 
 		 139 aa  47.4  0.00007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3562  nickel responsive regulator  28.12 
 
 		 139 aa  47  0.00009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0494  nickel responsive regulator  27.34 
 
 		 139 aa  47  0.00009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3231  nickel responsive regulator  24.6 
 
 		 139 aa  46.6  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.758254  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00610  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain protein and metal-binding domain protein  25 
 
 		 140 aa  46.2  0.0001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0616517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1765  nickel responsive regulator  27.5 
 
 		 138 aa  46.6  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0772  nickel responsive regulator  26.56 
 
 		 139 aa  46.6  0.0001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2980  nickel responsive regulator  27.07 
 
 		 139 aa  45.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2067  putative transcriptional regulator, CopG family  26.55 
 
 		 164 aa  46.2  0.0002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0391455  normal  0.235465 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1897  transcriptional regulator NikR, CopG family  25.66 
 
 		 142 aa  45.4  0.0003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.208975 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2218  nickel responsive regulator  26.98 
 
 		 141 aa  45.1  0.0004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0455847  hitchhiker  0.00550238 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3086  putative transcriptional regulator, CopG family  24.79 
 
 		 150 aa  44.7  0.0005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.817448  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0193  nickel responsive regulator  22.22 
 
 		 143 aa  44.3  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0129549  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1855  CopG family transcriptional regulator  24.43 
 
 		 156 aa  43.9  0.0007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1789  CopG family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 157 aa  43.9  0.0007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0269  transcriptional regulator NikR, CopG family  25.66 
 
 		 142 aa  43.1  0.001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.38556  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2008  CopG family transcriptional regulator  25.23 
 
 		 139 aa  42.7  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0420  transcriptional regulator NikR, CopG family  29.67 
 
 		 160 aa  41.6  0.003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1397  putative transcriptional regulator, CopG family  24.8 
 
 		 139 aa  41.6  0.003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.640554  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3341  nickel responsive regulator  27.34 
 
 		 138 aa  42  0.003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.370359  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3004  nickel responsive regulator  26.56 
 
 		 138 aa  41.2  0.005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.37343 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0165  CopG family transcriptional regulator  22.13 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.518598  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7612  nickel responsive regulator  25.93 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>