110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpen_1236 on replicon NC_008698
Organism: Thermofilum pendens Hrk 5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008698  Tpen_1236  CopG family transcriptional regulator  100 
 
 
133 aa  264  2.9999999999999995e-70  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1664  nickel responsive regulator  34.85 
 
 
141 aa  75.9  0.0000000000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1017  nickel responsive regulator  34.85 
 
 
141 aa  74.7  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0929  nickel responsive regulator  34.85 
 
 
141 aa  75.1  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0507  nickel responsive regulator  35.25 
 
 
140 aa  73.9  0.0000000000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1718  transcriptional regulator NikR, CopG family  32.2 
 
 
133 aa  73.2  0.000000000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1201  nickel responsive regulator  34.09 
 
 
141 aa  72.8  0.000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1643  CopG family transcriptional regulator  33.33 
 
 
140 aa  72.8  0.000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  decreased coverage  0.0000269216 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1305  CopG family transcriptional regulator  35.4 
 
 
129 aa  71.6  0.000000000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.145448  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2041  CopG family transcriptional regulator  34.13 
 
 
140 aa  71.2  0.000000000004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000563555  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0842  CopG family transcriptional regulator  32.09 
 
 
151 aa  69.7  0.00000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.514267  normal  0.251181 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0162  CopG family transcriptional regulator  30.6 
 
 
139 aa  69.3  0.00000000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0411  CopG family transcriptional regulator  31.86 
 
 
132 aa  68.9  0.00000000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.629331  normal  0.0285278 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1182  nickel responsive regulator  33.33 
 
 
141 aa  67.8  0.00000000005  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0606  putative transcriptional regulator, CopG family  33.58 
 
 
140 aa  67.8  0.00000000005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1563  CopG family transcriptional regulator  33.63 
 
 
130 aa  66.6  0.0000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2239  CopG family transcriptional regulator  31.34 
 
 
140 aa  65.9  0.0000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.849236  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0193  CopG family transcriptional regulator  32.74 
 
 
132 aa  65.5  0.0000000003  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  normal  0.272405 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0662  nickel responsive regulator  34.92 
 
 
140 aa  64.3  0.0000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0229415  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0609  CopG family transcriptional regulator  34.17 
 
 
158 aa  63.9  0.0000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396237  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0488  CopG family transcriptional regulator  31.2 
 
 
134 aa  63.9  0.0000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.632627  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0164  transcriptional regulator NikR, CopG family  31.67 
 
 
172 aa  63.5  0.0000000009  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.200645  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1135  putative transcriptional regulator, CopG family  28.1 
 
 
131 aa  63.2  0.000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.548865 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0805  nickel responsive regulator  33.05 
 
 
132 aa  60.5  0.000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.822913  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0755  nickel responsive regulator  33.05 
 
 
132 aa  60.5  0.000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1344  putative transcriptional regulator, CopG family  27.5 
 
 
147 aa  60.1  0.000000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000723092  unclonable  0.00000108063 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2743  CopG family transcriptional regulator  27.61 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00281756  hitchhiker  0.00032337 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2956  nickel responsive regulator  29.92 
 
 
139 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0649578  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4927  transcriptional regulator NikR, CopG family  31.54 
 
 
131 aa  60.1  0.00000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1765  nickel responsive regulator  30.51 
 
 
138 aa  59.7  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00550  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain and metal-binding domain  29.46 
 
 
172 aa  60.1  0.00000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0327438  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3075  transcriptional regulator NikR, CopG family  30.33 
 
 
140 aa  59.7  0.00000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.251737  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0494  nickel responsive regulator  31.93 
 
 
139 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3039  nickel responsive regulator  29.75 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0474  nickel responsive regulator  31.93 
 
 
139 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2003  putative transcriptional regulator, CopG family  37.84 
 
 
134 aa  58.2  0.00000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000417208  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00610  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain protein and metal-binding domain protein  29.03 
 
 
140 aa  58.2  0.00000004  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0616517  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2090  nickel responsive regulator  31.09 
 
 
139 aa  57.8  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000414666  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2747  transcriptional regulator NikR, CopG family  28.35 
 
 
132 aa  57.8  0.00000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2412  nickel responsive regulator  29.75 
 
 
140 aa  57.4  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0049093  normal  0.0222031 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4027  transcriptional regulator NikR, CopG family  30.23 
 
 
128 aa  57.4  0.00000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2250  CopG family transcriptional regulator  29.84 
 
 
141 aa  56.2  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000647292  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0795  transcriptional regulator NikR, CopG family  29.92 
 
 
148 aa  56.6  0.0000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4064  CopG family transcriptional regulator  33.33 
 
 
147 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.516784  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3562  nickel responsive regulator  30.25 
 
 
139 aa  56.2  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7612  nickel responsive regulator  32.14 
 
 
132 aa  56.6  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3628  nickel responsive regulator  30.25 
 
 
139 aa  56.6  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1320  nickel responsive regulator  29.77 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00541993 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2218  nickel responsive regulator  27.87 
 
 
141 aa  55.5  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0455847  hitchhiker  0.00550238 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1397  putative transcriptional regulator, CopG family  24.79 
 
 
139 aa  55.5  0.0000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.640554  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1768  putative transcriptional regulator, CopG family  29.27 
 
 
135 aa  54.7  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.123509  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2008  CopG family transcriptional regulator  26.67 
 
 
139 aa  53.9  0.0000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1234  nickel responsive regulator  28.69 
 
 
153 aa  53.5  0.0000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1855  CopG family transcriptional regulator  27.56 
 
 
156 aa  53.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2214  transcriptional regulator NikR, CopG family  30.83 
 
 
136 aa  53.1  0.000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5239  nickel responsive regulator  29.27 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0076  CopG family transcriptional regulator  30.47 
 
 
151 aa  52  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1100  NikR nickel binding protein  24.37 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2980  nickel responsive regulator  30.25 
 
 
139 aa  52  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0772  nickel responsive regulator  29.41 
 
 
139 aa  51.6  0.000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0870  nickel-responsive regulator  24.59 
 
 
138 aa  51.6  0.000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4446  CopG family transcriptional regulator  28.57 
 
 
154 aa  52  0.000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3543  putative transcriptional regulator, CopG family  28.35 
 
 
129 aa  52  0.000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0220  transcriptional regulator NikR, CopG family  24.44 
 
 
139 aa  52  0.000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1371  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.92 
 
 
135 aa  51.6  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.551897  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0193  nickel responsive regulator  25.21 
 
 
143 aa  51.2  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0129549  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0911  transcriptional regulator NikR, CopG family  23.13 
 
 
142 aa  50.8  0.000005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3104  transcriptional regulator NikR, CopG family  25.37 
 
 
142 aa  50.4  0.000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6191  CopG family transcriptional regulator  25 
 
 
167 aa  49.7  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3341  nickel responsive regulator  30.58 
 
 
138 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.370359  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3947  nickel responsive regulator  26.52 
 
 
154 aa  49.3  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2805  nickel responsive regulator  26.23 
 
 
156 aa  49.3  0.00002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.20015  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3004  nickel responsive regulator  30.58 
 
 
138 aa  48.9  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.37343 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3086  putative transcriptional regulator, CopG family  29.37 
 
 
150 aa  49.3  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.817448  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0210  transcriptional regulator NikR, CopG family  26.45 
 
 
140 aa  49.3  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.547655  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0934  nickel responsive regulator  26.23 
 
 
140 aa  48.5  0.00003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0269  transcriptional regulator NikR, CopG family  23.13 
 
 
142 aa  48.5  0.00003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.38556  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1897  transcriptional regulator NikR, CopG family  21.64 
 
 
142 aa  48.5  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.208975 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3231  nickel responsive regulator  28.57 
 
 
139 aa  47.8  0.00005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.758254  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3765  nickel responsive regulator  27.27 
 
 
133 aa  47.4  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3853  nickel responsive regulator  27.27 
 
 
145 aa  47.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3896  nickel responsive regulator  27.27 
 
 
145 aa  47.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3776  nickel responsive regulator  27.27 
 
 
133 aa  47.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.472074  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3786  nickel responsive regulator  27.27 
 
 
145 aa  47.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3956  nickel responsive regulator  27.27 
 
 
145 aa  47.4  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1897  nickel responsive regulator  23.53 
 
 
137 aa  47  0.00008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03330  nickel responsive regulator  26.45 
 
 
133 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0234  putative transcriptional regulator, CopG family  26.45 
 
 
133 aa  47  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3680  nickel responsive regulator  26.45 
 
 
133 aa  47  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3965  nickel responsive regulator  26.45 
 
 
133 aa  47  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0355  nickel responsive regulator  24.37 
 
 
137 aa  46.6  0.0001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000375481  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0235  nickel responsive regulator  26.45 
 
 
133 aa  47  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3840  nickel responsive regulator  26.45 
 
 
133 aa  47  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4821  nickel responsive regulator  26.45 
 
 
133 aa  47  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0271  transcriptional regulator NikR, CopG family  24.24 
 
 
135 aa  47  0.0001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03283  hypothetical protein  26.45 
 
 
133 aa  47  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0165  CopG family transcriptional regulator  25.4 
 
 
135 aa  45.4  0.0002  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.518598  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3111  nickel responsive regulator  26.83 
 
 
164 aa  45.4  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2005  CopG family transcriptional regulator  28.71 
 
 
128 aa  44.7  0.0004  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1839  nickel responsive regulator  26.45 
 
 
133 aa  44.3  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.442629  normal  0.0456101 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>