116 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_3111 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010002  Daci_3111  nickel responsive regulator  100 
 
 
164 aa  332  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0944552  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2805  nickel responsive regulator  57.89 
 
 
156 aa  180  6e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.20015  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3947  nickel responsive regulator  62.31 
 
 
154 aa  175  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0271  transcriptional regulator NikR, CopG family  56.15 
 
 
135 aa  154  5.0000000000000005e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1953  nickel responsive regulator  57.14 
 
 
167 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.414583  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0220  transcriptional regulator NikR, CopG family  52.31 
 
 
139 aa  147  4e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1234  nickel responsive regulator  44.74 
 
 
153 aa  146  1.0000000000000001e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7612  nickel responsive regulator  50 
 
 
132 aa  131  3.9999999999999996e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6191  CopG family transcriptional regulator  46.53 
 
 
167 aa  127  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0805  nickel responsive regulator  49.23 
 
 
132 aa  127  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.822913  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0755  nickel responsive regulator  49.23 
 
 
132 aa  127  7.000000000000001e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5239  nickel responsive regulator  50.77 
 
 
147 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3039  nickel responsive regulator  47.69 
 
 
139 aa  123  9e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2412  nickel responsive regulator  46.81 
 
 
140 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.0049093  normal  0.0222031 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2008  CopG family transcriptional regulator  42.34 
 
 
139 aa  121  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2956  nickel responsive regulator  45.38 
 
 
139 aa  121  5e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0649578  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1320  nickel responsive regulator  43.08 
 
 
139 aa  117  6e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00541993 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2980  nickel responsive regulator  44.44 
 
 
139 aa  117  7e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1201  nickel responsive regulator  38.46 
 
 
141 aa  117  7e-26  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0494  nickel responsive regulator  44.44 
 
 
139 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4064  CopG family transcriptional regulator  44.27 
 
 
147 aa  115  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.516784  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3628  nickel responsive regulator  47.41 
 
 
139 aa  115  3.9999999999999997e-25  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0772  nickel responsive regulator  44.44 
 
 
139 aa  114  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0474  nickel responsive regulator  42.31 
 
 
139 aa  114  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0139967 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1664  nickel responsive regulator  37.76 
 
 
141 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3562  nickel responsive regulator  47.06 
 
 
139 aa  114  7.999999999999999e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1182  nickel responsive regulator  37.76 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0929  nickel responsive regulator  37.76 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1135  putative transcriptional regulator, CopG family  40.94 
 
 
131 aa  113  1.0000000000000001e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.548865 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1017  nickel responsive regulator  37.76 
 
 
141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3231  nickel responsive regulator  40.16 
 
 
139 aa  111  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.758254  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3853  nickel responsive regulator  49.25 
 
 
145 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3896  nickel responsive regulator  49.25 
 
 
145 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3786  nickel responsive regulator  49.25 
 
 
145 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3956  nickel responsive regulator  49.25 
 
 
145 aa  110  6e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0039  CopG family transcriptional regulator  42.48 
 
 
152 aa  110  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.248709 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2090  nickel responsive regulator  44 
 
 
139 aa  110  9e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000414666  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1839  nickel responsive regulator  49.62 
 
 
133 aa  110  9e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.442629  normal  0.0456101 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3765  nickel responsive regulator  48.85 
 
 
133 aa  110  9e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03330  nickel responsive regulator  48.85 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0234  putative transcriptional regulator, CopG family  48.85 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3680  nickel responsive regulator  48.85 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3965  nickel responsive regulator  48.85 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0235  nickel responsive regulator  48.85 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3840  nickel responsive regulator  48.85 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3776  nickel responsive regulator  49.62 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.472074  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4821  nickel responsive regulator  48.85 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03283  hypothetical protein  48.85 
 
 
133 aa  110  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1765  nickel responsive regulator  45.16 
 
 
138 aa  109  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0193  nickel responsive regulator  36.43 
 
 
143 aa  108  4.0000000000000004e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0129549  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0210  transcriptional regulator NikR, CopG family  40.16 
 
 
140 aa  107  5e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.547655  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3341  nickel responsive regulator  42.42 
 
 
138 aa  107  6e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.370359  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00550  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain and metal-binding domain  37.58 
 
 
172 aa  107  7.000000000000001e-23  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0327438  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3004  nickel responsive regulator  42.42 
 
 
138 aa  107  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.37343 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1855  CopG family transcriptional regulator  36.84 
 
 
156 aa  102  2e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2218  nickel responsive regulator  38.58 
 
 
141 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0455847  hitchhiker  0.00550238 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2765  nickel responsive regulator  43.61 
 
 
139 aa  102  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.648121  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6071  CopG family transcriptional regulator  39.74 
 
 
153 aa  100  7e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0507  nickel responsive regulator  35.38 
 
 
140 aa  99.8  2e-20  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2041  CopG family transcriptional regulator  34.92 
 
 
140 aa  99.8  2e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.000563555  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1768  putative transcriptional regulator, CopG family  35.11 
 
 
135 aa  99.4  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.123509  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1344  putative transcriptional regulator, CopG family  38.19 
 
 
147 aa  98.6  3e-20  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000723092  unclonable  0.00000108063 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0662  nickel responsive regulator  38.1 
 
 
140 aa  96.7  1e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0229415  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0525  nickel responsive regulator  40.31 
 
 
139 aa  97.1  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.317174  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0530  nickel responsive regulator  39.53 
 
 
139 aa  95.9  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0440783  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0497  nickel responsive regulator  38.76 
 
 
139 aa  95.5  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.492849  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1293  putative transcriptional regulator, CopG family  37.69 
 
 
159 aa  95.5  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1371  transcriptional regulator NikR, CopG family  35.61 
 
 
135 aa  94.7  5e-19  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.551897  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0488  CopG family transcriptional regulator  37.69 
 
 
134 aa  94  9e-19  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.632627  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2003  putative transcriptional regulator, CopG family  37.59 
 
 
134 aa  93.6  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000417208  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00610  predicted transcriptional regulator with CopG/Arc/MetJ DNA-binding domain protein and metal-binding domain protein  39.23 
 
 
140 aa  92.4  3e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0616517  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1674  nickel-responsive regulator  37.21 
 
 
136 aa  91.7  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.750347  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1100  NikR nickel binding protein  32.8 
 
 
137 aa  91.3  5e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3075  transcriptional regulator NikR, CopG family  37.4 
 
 
140 aa  90.1  1e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.251737  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0355  nickel responsive regulator  35.71 
 
 
137 aa  89.4  2e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.000375481  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2743  CopG family transcriptional regulator  30.77 
 
 
138 aa  89  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.00281756  hitchhiker  0.00032337 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0842  CopG family transcriptional regulator  31.54 
 
 
151 aa  88.6  3e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.514267  normal  0.251181 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1397  putative transcriptional regulator, CopG family  32.81 
 
 
139 aa  88.2  5e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.640554  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1897  nickel responsive regulator  33.33 
 
 
137 aa  87.4  8e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0162  CopG family transcriptional regulator  30 
 
 
139 aa  86.3  2e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1643  CopG family transcriptional regulator  30.77 
 
 
140 aa  85.5  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  decreased coverage  0.0000269216 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3645  CopG family transcriptional regulator  34.92 
 
 
136 aa  85.1  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0606  putative transcriptional regulator, CopG family  29.63 
 
 
140 aa  84.7  5e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2250  CopG family transcriptional regulator  30.37 
 
 
141 aa  83.2  0.000000000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.000647292  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2239  CopG family transcriptional regulator  29.23 
 
 
140 aa  83.6  0.000000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.849236  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0934  nickel responsive regulator  32.8 
 
 
140 aa  82.8  0.000000000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3086  putative transcriptional regulator, CopG family  31.01 
 
 
150 aa  81.3  0.000000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.817448  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0870  nickel-responsive regulator  29.69 
 
 
138 aa  80.5  0.000000000000009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0076  CopG family transcriptional regulator  30.3 
 
 
151 aa  79.3  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3078  CopG family transcriptional regulator  32.45 
 
 
157 aa  76.3  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.274753  normal  0.368123 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0795  transcriptional regulator NikR, CopG family  29.46 
 
 
148 aa  76.3  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3433  CopG family transcriptional regulator  31.79 
 
 
157 aa  73.2  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.022435  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4027  transcriptional regulator NikR, CopG family  33.59 
 
 
128 aa  67  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0609  CopG family transcriptional regulator  26.52 
 
 
158 aa  63.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.396237  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1718  transcriptional regulator NikR, CopG family  25.58 
 
 
133 aa  61.6  0.000000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2747  transcriptional regulator NikR, CopG family  29.77 
 
 
132 aa  62  0.000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0411  CopG family transcriptional regulator  30.51 
 
 
132 aa  59.3  0.00000002  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.629331  normal  0.0285278 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4927  transcriptional regulator NikR, CopG family  28.12 
 
 
131 aa  59.7  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1563  CopG family transcriptional regulator  27.5 
 
 
130 aa  57.8  0.00000006  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1305  CopG family transcriptional regulator  23.64 
 
 
129 aa  57.8  0.00000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.145448  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>