38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0602 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0602  TM2 domain protein  100 
 
 		 109 aa  220  4e-57  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0604  TM2 domain protein  68.32 
 
 		 190 aa  148  2e-35  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0052  hypothetical protein  61.45 
 
 		 210 aa  87.8  4e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00000726443  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_35490  predicted membrane protein  51.28 
 
 		 212 aa  84.7  4e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_204  hypothetical protein  37.84 
 
 		 107 aa  74.3  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0591  TM2 domain containing protein  50 
 
 		 133 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000337836  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0125  TM2 domain-containing protein  44.94 
 
 		 107 aa  70.5  0.000000000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0230  TM2 domain-containing protein  41.35 
 
 		 107 aa  69.7  0.00000000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0254008  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23650  predicted membrane protein  42.67 
 
 		 336 aa  62.8  0.000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.360975 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4904  TM2 domain-containing protein  45 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.097022  hitchhiker  0.00581278 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03530  predicted membrane protein  40 
 
 		 159 aa  57.8  0.00000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.0851449 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_15340  TM2 domain-containing protein  35.71 
 
 		 253 aa  57.8  0.00000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1922  TM2 domain-containing protein  45.16 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.134509 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0822  TM2 domain containing protein  40 
 
 		 161 aa  55.5  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.966716  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1913  TM2 domain-containing protein  37.04 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.114845  hitchhiker  0.00105597 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2984  TM2 domain containing protein  40.3 
 
 		 305 aa  53.5  0.0000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.39909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0382  hypothetical protein  55.56 
 
 		 88 aa  53.1  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3666  TM2 domain containing protein  34.09 
 
 		 160 aa  50.4  0.000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27311  hypothetical protein  42.65 
 
 		 92 aa  49.7  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.848779 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01500  predicted membrane protein  37.18 
 
 		 265 aa  50.1  0.00001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.138392  normal  0.440212 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0226  TM2  37.5 
 
 		 201 aa  49.3  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.162591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53630  hypothetical protein  50.91 
 
 		 111 aa  48.5  0.00003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0142273  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1089  TM2  46.43 
 
 		 117 aa  48.1  0.00004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4699  hypothetical protein  49.09 
 
 		 111 aa  48.1  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0836  TM2 domain-containing protein  57.89 
 
 		 79 aa  48.1  0.00004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2315  hypothetical protein  27.73 
 
 		 146 aa  47.8  0.00005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5432  protein of unknown function DUF1707  34.57 
 
 		 194 aa  47.4  0.00007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00776452  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1837  TM2  35.21 
 
 		 148 aa  47  0.00008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.535212  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0353  hypothetical protein  39.24 
 
 		 181 aa  46.2  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000372967  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1899  TM2 domain-containing protein  41.27 
 
 		 155 aa  46.6  0.0001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.47053  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0837  TM2 domain-containing protein  36.76 
 
 		 92 aa  45.8  0.0002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1506  TM2 domain containing protein  46.67 
 
 		 87 aa  45.1  0.0004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3595  TM2 domain-containing protein  32.18 
 
 		 161 aa  42.4  0.002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.687188  normal  0.546417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0888  TM2 domain-containing protein  35.21 
 
 		 154 aa  42  0.003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.155279 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1814  hypothetical protein  34.67 
 
 		 91 aa  40.8  0.005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2064  hypothetical protein  54.29 
 
 		 364 aa  41.2  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00393707  normal  0.614114 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1547  hypothetical protein  31.88 
 
 		 91 aa  40.8  0.006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0248034 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17940  predicted membrane protein  41.38 
 
 		 344 aa  40  0.01  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.300515  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>