More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0436 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0436  putative oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  100 
 
 
309 aa  608  1e-173  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000260197 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2459  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.84 
 
 
308 aa  304  1.0000000000000001e-81  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24260  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  49.83 
 
 
313 aa  301  1e-80  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00710  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  50.18 
 
 
328 aa  265  1e-69  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3511  oligopeptide ABC transporter (permease)  43.1 
 
 
317 aa  235  9e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
344 aa  230  2e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000360148  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  41.12 
 
 
331 aa  228  7e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  40.48 
 
 
341 aa  228  8e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1851  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  43.16 
 
 
331 aa  224  1e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.737422 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
341 aa  220  1.9999999999999999e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.969826  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.48 
 
 
320 aa  217  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
349 aa  217  2e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.142881 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.46 
 
 
336 aa  216  4e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
278 aa  210  3e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
318 aa  206  5e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.895461  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7147  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.81 
 
 
325 aa  180  2.9999999999999997e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.145776 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
336 aa  175  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
321 aa  173  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
280 aa  172  5.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.53 
 
 
280 aa  171  1e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0981  glutathione transport system permease GsiD  37.72 
 
 
303 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0892  glutathione transport system permease protein GsiD  37.72 
 
 
303 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0919  glutathione transport system permease protein GsiD  37.72 
 
 
303 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.285756  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1002  glutathione transport system permease GsiD  37.72 
 
 
303 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0952  glutathione transport system permease GsiD  37.72 
 
 
303 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.642486  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.23 
 
 
303 aa  169  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  33.44 
 
 
299 aa  169  8e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  33.44 
 
 
299 aa  169  8e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  33.44 
 
 
299 aa  169  8e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  33.44 
 
 
299 aa  169  8e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.57 
 
 
303 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.57 
 
 
303 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  33.44 
 
 
299 aa  168  1e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
341 aa  168  1e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.671843  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.1 
 
 
322 aa  168  1e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.432995 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.23 
 
 
303 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  35.57 
 
 
303 aa  167  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.23 
 
 
303 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.23 
 
 
303 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.11 
 
 
299 aa  167  2e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  38.52 
 
 
276 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.23 
 
 
303 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
287 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  35.23 
 
 
303 aa  167  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
310 aa  167  2.9999999999999998e-40  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4129  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  36.04 
 
 
293 aa  167  2.9999999999999998e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
307 aa  166  4e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.49 
 
 
310 aa  166  4e-40  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
284 aa  166  4e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.399737 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.28 
 
 
300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
299 aa  166  6.9999999999999995e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.38 
 
 
302 aa  165  6.9999999999999995e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2594  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.55 
 
 
285 aa  165  8e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.27 
 
 
280 aa  165  8e-40  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  37.05 
 
 
282 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
291 aa  165  1.0000000000000001e-39  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.532821  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.56 
 
 
284 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.14 
 
 
310 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  35.82 
 
 
317 aa  164  2.0000000000000002e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0269  ABC transporter related protein  34.88 
 
 
867 aa  164  2.0000000000000002e-39  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.36 
 
 
294 aa  163  3e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.789298  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
285 aa  163  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.9 
 
 
303 aa  162  6e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
293 aa  162  7e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0210  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.39 
 
 
307 aa  162  8.000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.46 
 
 
299 aa  162  9e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0207  oligopeptide ABC transporter, permease  37.82 
 
 
307 aa  161  1e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.34 
 
 
309 aa  162  1e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
258 aa  161  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.289806  normal  0.295413 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
299 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
305 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.429723  normal  0.768739 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0112  dipeptide transporter  34.4 
 
 
304 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0268  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.82 
 
 
307 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0243  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.78 
 
 
307 aa  160  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0211  oligopeptide ABC transporter, permease  36.78 
 
 
307 aa  160  3e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2849  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
304 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5078  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.39 
 
 
306 aa  160  3e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0247  oligopeptide ABC transporter, permease protein  37.39 
 
 
306 aa  160  3e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0546254  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.4 
 
 
299 aa  159  4e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.2 
 
 
285 aa  160  4e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
300 aa  159  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0895579  normal  0.0461956 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1504  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36 
 
 
289 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.109416  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  37.85 
 
 
300 aa  158  9e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1901  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
371 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
301 aa  158  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1925  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.06 
 
 
371 aa  158  1e-37  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.866593  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0250  oligopeptide ABC transporter, permease protein  36.4 
 
 
307 aa  157  2e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0143  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.06 
 
 
310 aa  157  2e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
495 aa  157  2e-37  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2553  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  36.48 
 
 
304 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2256  oligopeptide ABC transporter, permease component  36.48 
 
 
304 aa  157  2e-37  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4732  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
299 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1183  putative permease of ABC transporter  33.69 
 
 
301 aa  157  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.056047  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.42 
 
 
318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19890  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  40.36 
 
 
289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00186711  hitchhiker  0.000357505 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.2 
 
 
300 aa  155  6e-37  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  33.33 
 
 
279 aa  155  6e-37  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2855  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
316 aa  155  6e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.13229 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0778  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
300 aa  155  6e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0620007  normal  0.517219 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>