More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_4556 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_4556  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
320 aa  608  1e-173  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.741215  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3511  oligopeptide ABC transporter (permease)  48.79 
 
 
317 aa  280  3e-74  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24260  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  49.83 
 
 
313 aa  275  8e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  46.73 
 
 
341 aa  262  4.999999999999999e-69  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2459  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.77 
 
 
308 aa  251  8.000000000000001e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  46.51 
 
 
331 aa  248  7e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.19 
 
 
341 aa  248  8e-65  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.969826  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
344 aa  243  3e-63  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000360148  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1851  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  44.69 
 
 
331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.737422 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1288  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.27 
 
 
336 aa  239  4e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.02 
 
 
349 aa  237  2e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.233578  normal  0.142881 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0436  putative oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  39.48 
 
 
309 aa  225  7e-58  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000260197 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7147  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.91 
 
 
325 aa  221  9e-57  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.145776 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.37 
 
 
318 aa  219  7e-56  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.895461  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
278 aa  217  2.9999999999999998e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
322 aa  209  4e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.432995 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00710  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  41.1 
 
 
328 aa  206  4e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5890  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.63 
 
 
321 aa  202  5e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
336 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
280 aa  189  7e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.31 
 
 
299 aa  187  3e-46  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.74 
 
 
299 aa  186  3e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.58 
 
 
299 aa  186  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
280 aa  186  4e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  36.46 
 
 
282 aa  185  9e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.5 
 
 
284 aa  184  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2947  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.06 
 
 
300 aa  182  7e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.456335  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
285 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
293 aa  179  8e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.29 
 
 
296 aa  177  1e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.33 
 
 
310 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.59 
 
 
280 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
299 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.08 
 
 
299 aa  176  4e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.98 
 
 
310 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0628  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
294 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.881682  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3739  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
300 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.146994  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.72 
 
 
295 aa  174  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.1 
 
 
313 aa  174  2.9999999999999996e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
285 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.07 
 
 
318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.125727 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
309 aa  172  6.999999999999999e-42  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  37.38 
 
 
299 aa  172  1e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
291 aa  171  2e-41  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.532821  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.94 
 
 
309 aa  171  2e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.505775  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1899  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
297 aa  170  4e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0890  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  33.87 
 
 
303 aa  169  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.221253  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.17 
 
 
306 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
317 aa  169  8e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.367551 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00799  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  33.55 
 
 
303 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.55 
 
 
303 aa  168  9e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  33.55 
 
 
303 aa  168  9e-41  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.23 
 
 
303 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0977  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.699856  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0322  putative ABC transport system permease protein  38.36 
 
 
302 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2516  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  33.23 
 
 
303 aa  168  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.245881  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0983  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  33.23 
 
 
303 aa  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.631876 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1326  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
303 aa  168  1e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.999371 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0399  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.19947  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0903  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  33.23 
 
 
303 aa  168  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0241  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1850  ABC transporter permease  38.36 
 
 
302 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1765  putative glutathione ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
302 aa  167  1e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0374644  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1356  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 
302 aa  168  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.222916  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
305 aa  167  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.238767  normal  0.85069 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0857  glutathione ABC transporter, permease protein GsiD  33.23 
 
 
303 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4593  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.83 
 
 
308 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2419  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.78 
 
 
301 aa  167  2.9999999999999998e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.264728 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4424  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
297 aa  166  5e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.434464  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1924  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.3 
 
 
303 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0611  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.09 
 
 
300 aa  165  8e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.181968  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.91 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0860  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
287 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000642732  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.54 
 
 
302 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3573  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.172272  normal  0.144154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3250  dipeptide ABC transporter, permease protein DppC, putative  34.95 
 
 
301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.193894  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1115  dipeptide ABC transporter, permease protein, putative  38.7 
 
 
300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.42 
 
 
270 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.75 
 
 
295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00302437  normal  0.783819 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3351  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
297 aa  164  3e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.110641  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
297 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.774005  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3991  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
300 aa  164  3e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.368526  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4165  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.64 
 
 
297 aa  163  3e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00723958 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5359  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.08 
 
 
289 aa  162  5.0000000000000005e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.632265  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.93 
 
 
301 aa  162  7e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  34.56 
 
 
293 aa  162  7e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2704  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
301 aa  162  8.000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1865  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  36.3 
 
 
297 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.501762 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3128  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.96 
 
 
301 aa  162  9e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.265268  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.92 
 
 
308 aa  162  9e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.810845 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.68 
 
 
495 aa  162  9e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2848  ABC transporter permease protein  38.28 
 
 
276 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
302 aa  162  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.171582  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_930  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  37.33 
 
 
301 aa  161  1e-38  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.438382  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3758  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.16 
 
 
297 aa  161  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>