More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0429 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0429  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  100 
 
 
491 aa  1003    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000348661 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1928  exodeoxyribonuclease VII large subunit  69.29 
 
 
452 aa  596  1e-169  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26430  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.24 
 
 
427 aa  345  7e-94  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0524422  normal  0.366699 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0939  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  46.04 
 
 
412 aa  325  1e-87  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.443513  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1122  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.6 
 
 
427 aa  319  6e-86  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.618779  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0746  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.47 
 
 
467 aa  318  1e-85  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1101  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.88 
 
 
432 aa  307  3e-82  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1006  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.64 
 
 
406 aa  303  3.0000000000000004e-81  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.795132  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2550  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.37 
 
 
448 aa  303  4.0000000000000003e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000306428 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8274  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.91 
 
 
422 aa  301  1e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.426698  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5539  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.73 
 
 
414 aa  301  2e-80  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3067  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.96 
 
 
402 aa  300  3e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.983467 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0968  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.72 
 
 
421 aa  298  1e-79  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.315378  hitchhiker  0.000127982 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1089  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.5 
 
 
403 aa  295  1e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0708461  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2835  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.15 
 
 
428 aa  291  2e-77  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0519996  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22970  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.64 
 
 
479 aa  291  3e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.776819  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0878  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.05 
 
 
417 aa  291  3e-77  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31500  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.47 
 
 
419 aa  288  2e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.208804  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0727  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.26 
 
 
420 aa  288  2e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0127  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.81 
 
 
410 aa  286  8e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.40242  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4389  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.73 
 
 
432 aa  285  9e-76  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20410  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.03 
 
 
413 aa  284  2.0000000000000002e-75  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.586183  normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8482  Exodeoxyribonuclease VII  43.56 
 
 
402 aa  284  3.0000000000000004e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16320  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.32 
 
 
437 aa  277  2e-73  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0823  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.58 
 
 
400 aa  276  6e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.221921 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0468  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.1 
 
 
406 aa  275  9e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4338  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.85 
 
 
411 aa  270  5e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.122512 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4107  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.6 
 
 
411 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4183  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.6 
 
 
411 aa  268  1e-70  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.194601  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11130  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.6 
 
 
415 aa  266  4e-70  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2077  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.65 
 
 
415 aa  267  4e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.172367  normal  0.206552 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1074  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.45 
 
 
411 aa  263  4e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3116  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.32 
 
 
425 aa  260  3e-68  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.149038  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4633  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41 
 
 
410 aa  260  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172446  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0846  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.51 
 
 
401 aa  248  2e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1678  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.32 
 
 
409 aa  242  1e-62  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3880  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.21 
 
 
416 aa  238  1e-61  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1875  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.04 
 
 
416 aa  234  3e-60  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128369  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1662  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.07 
 
 
402 aa  216  7e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0850  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.9 
 
 
407 aa  207  3e-52  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.647284  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0916  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  35.69 
 
 
397 aa  205  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0119351 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0154  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.89 
 
 
407 aa  201  3e-50  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.989275  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3173  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  35.36 
 
 
393 aa  199  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1753  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.78 
 
 
407 aa  193  5e-48  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.198539 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2900  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.97 
 
 
393 aa  192  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1615  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.95 
 
 
445 aa  192  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000193789  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.64 
 
 
453 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000207972  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1582  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.95 
 
 
445 aa  192  2e-47  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0117148  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1327  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.89 
 
 
414 aa  189  8e-47  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1386  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.89 
 
 
414 aa  189  1e-46  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0693  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.02 
 
 
458 aa  187  4e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  0.0687889 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1511  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.54 
 
 
451 aa  186  6e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.823365  normal  0.344595 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1072  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.3 
 
 
398 aa  186  6e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.58037  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1603  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.73 
 
 
410 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.81 
 
 
448 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2593  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.71 
 
 
400 aa  185  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0637064  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3493  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.11 
 
 
403 aa  184  3e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000660487  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.22 
 
 
455 aa  184  3e-45  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0567  exodeoxyribonuclease VII  29.32 
 
 
405 aa  184  3e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.116318  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1021  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  33.61 
 
 
406 aa  184  3e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00478651  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.65 
 
 
457 aa  183  5.0000000000000004e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0430  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.74 
 
 
414 aa  183  8.000000000000001e-45  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.894229  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1863  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.24 
 
 
398 aa  182  1e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0641  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.12 
 
 
449 aa  181  2e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.782635  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0529  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  35.31 
 
 
419 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0315  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  33.72 
 
 
406 aa  181  2.9999999999999997e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.6 
 
 
451 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1557  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.35 
 
 
445 aa  180  4e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3117  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.15 
 
 
424 aa  180  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.0000975107  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1030  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.6 
 
 
447 aa  179  7e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000189378  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2302  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.05 
 
 
445 aa  179  7e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0042  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.97 
 
 
396 aa  179  8e-44  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1915  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.28 
 
 
471 aa  179  8e-44  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2658  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.02 
 
 
455 aa  178  2e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000423152  normal  0.673985 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1126  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.56 
 
 
461 aa  178  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1458  exodeoxyribonuclease VII large subunit  27.64 
 
 
454 aa  178  2e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1818  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.1 
 
 
467 aa  177  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4728  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.29 
 
 
392 aa  177  4e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.139822  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.13 
 
 
459 aa  177  5e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.67 
 
 
476 aa  176  7e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4890  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.82 
 
 
444 aa  176  7e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0539  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.26 
 
 
459 aa  176  8e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0888  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.05 
 
 
443 aa  176  9.999999999999999e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.62 
 
 
463 aa  176  9.999999999999999e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1515  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.68 
 
 
407 aa  175  9.999999999999999e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000325061  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1932  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.44 
 
 
460 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2544  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.44 
 
 
460 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146847  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2568  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.44 
 
 
460 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0973694  normal  0.16842 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1002  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  26.17 
 
 
454 aa  175  1.9999999999999998e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000181465  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.87 
 
 
463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.32 
 
 
463 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5875  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.44 
 
 
460 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782017  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2873  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.15 
 
 
451 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0504713  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1356  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.25 
 
 
406 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1904  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.38 
 
 
404 aa  174  3.9999999999999995e-42  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.950618  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2462  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.44 
 
 
460 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422545 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.08 
 
 
459 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0516461  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06490  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  28.23 
 
 
405 aa  173  7.999999999999999e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000332629  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2730  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.13 
 
 
465 aa  172  9e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.00000422836  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2064  exodeoxyribonuclease VII large subunit  28.54 
 
 
403 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.227488 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>