More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3880 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_3880  exodeoxyribonuclease VII large subunit  100 
 
 
416 aa  790    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0846  exodeoxyribonuclease VII large subunit  81.11 
 
 
401 aa  596  1e-169  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.631776 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3067  exodeoxyribonuclease VII large subunit  61.56 
 
 
402 aa  448  1e-125  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.983467 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0878  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  63 
 
 
417 aa  451  1e-125  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8482  Exodeoxyribonuclease VII  62.37 
 
 
402 aa  442  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0468  exodeoxyribonuclease VII large subunit  63.61 
 
 
406 aa  440  9.999999999999999e-123  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5539  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  59.45 
 
 
414 aa  433  1e-120  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1089  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  61.44 
 
 
403 aa  428  1e-119  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0708461  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0823  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  62.21 
 
 
400 aa  429  1e-119  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.221921 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0127  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  60.35 
 
 
410 aa  431  1e-119  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.40242  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1006  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  58.78 
 
 
406 aa  415  9.999999999999999e-116  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.795132  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8274  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  57.32 
 
 
422 aa  415  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.426698  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1875  exodeoxyribonuclease VII large subunit  59.55 
 
 
416 aa  401  1e-111  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.128369  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1074  exodeoxyribonuclease VII large subunit  56.75 
 
 
411 aa  394  1e-108  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0727  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  57.25 
 
 
420 aa  385  1e-106  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31500  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  57.79 
 
 
419 aa  388  1e-106  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.208804  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1122  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  56.39 
 
 
427 aa  381  1e-104  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.618779  normal  0.921618 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26430  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  54.29 
 
 
427 aa  379  1e-104  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0524422  normal  0.366699 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0939  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.65 
 
 
412 aa  374  1e-102  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.443513  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_22970  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  52.64 
 
 
479 aa  365  1e-100  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.776819  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0968  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.15 
 
 
421 aa  362  5.0000000000000005e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.315378  hitchhiker  0.000127982 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1101  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.28 
 
 
432 aa  362  6e-99  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4633  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.39 
 
 
410 aa  359  5e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172446  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2077  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.62 
 
 
415 aa  354  2e-96  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.172367  normal  0.206552 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11130  exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.12 
 
 
415 aa  353  2.9999999999999997e-96  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4107  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.39 
 
 
411 aa  352  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4183  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.39 
 
 
411 aa  352  5.9999999999999994e-96  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.194601  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4338  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.65 
 
 
411 aa  350  2e-95  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.122512 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20410  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.97 
 
 
413 aa  350  3e-95  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.586183  normal  0.574914 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2550  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  52.94 
 
 
448 aa  349  6e-95  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000306428 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3116  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  55.86 
 
 
425 aa  346  4e-94  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.149038  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2835  exodeoxyribonuclease VII large subunit  51.35 
 
 
428 aa  345  1e-93  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0519996  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1678  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  53.96 
 
 
409 aa  340  2.9999999999999998e-92  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0746  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  51.65 
 
 
467 aa  331  1e-89  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4389  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  50.75 
 
 
432 aa  313  2.9999999999999996e-84  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16320  Exodeoxyribonuclease VII large subunit  50.13 
 
 
437 aa  293  3e-78  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1928  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40 
 
 
452 aa  251  2e-65  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0429  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  39.21 
 
 
491 aa  239  9e-62  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000348661 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3173  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.59 
 
 
393 aa  228  2e-58  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2900  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  39.25 
 
 
393 aa  213  5.999999999999999e-54  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0916  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.9 
 
 
397 aa  211  2e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0119351 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1662  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.2 
 
 
402 aa  210  4e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1327  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.33 
 
 
414 aa  210  4e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1386  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  33.33 
 
 
414 aa  209  5e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1683  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  36.06 
 
 
458 aa  202  9e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.763853  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.76 
 
 
463 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1904  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.12 
 
 
404 aa  200  5e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.950618  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1515  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.1 
 
 
402 aa  199  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.29 
 
 
463 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1021  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  37.87 
 
 
406 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00478651  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0567  exodeoxyribonuclease VII  31.91 
 
 
405 aa  197  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.116318  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1699  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  31.5 
 
 
423 aa  197  4.0000000000000005e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.183273 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0693  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.9 
 
 
458 aa  196  9e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  0.0687889 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0888  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.28 
 
 
443 aa  194  2e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.71 
 
 
476 aa  194  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1665  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.64 
 
 
448 aa  194  4e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.156088  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00415  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.04 
 
 
445 aa  192  8e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.391794  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2593  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.28 
 
 
400 aa  192  8e-48  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0637064  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1776  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  34.83 
 
 
469 aa  192  8e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.100322  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1863  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.9 
 
 
398 aa  192  9e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1030  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.93 
 
 
447 aa  192  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000189378  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0833  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.35 
 
 
411 aa  192  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0015301  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.99 
 
 
446 aa  192  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3493  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.32 
 
 
403 aa  191  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000660487  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1818  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  33.71 
 
 
467 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4149  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  30.43 
 
 
446 aa  191  2.9999999999999997e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000027114  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1268  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.97 
 
 
446 aa  189  8e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000016399  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.28 
 
 
459 aa  189  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1378  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.52 
 
 
448 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0279  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.93 
 
 
455 aa  189  1e-46  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.86893  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4197  exodeoxyribonuclease VII large subunit  34.29 
 
 
463 aa  189  1e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.822853  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1312  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.73 
 
 
445 aa  188  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.52 
 
 
448 aa  188  1e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0857  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.82 
 
 
443 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1072  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.53 
 
 
398 aa  188  2e-46  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.58037  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2647  exodeoxyribonuclease VII large subunit  29.96 
 
 
466 aa  187  2e-46  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1017  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.72 
 
 
398 aa  187  3e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0262  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.19 
 
 
427 aa  187  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1515  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.32 
 
 
407 aa  187  3e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000000000325061  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0736  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.09 
 
 
444 aa  187  4e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1670  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  35.12 
 
 
401 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000014352  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0248  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.77 
 
 
448 aa  186  6e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.57 
 
 
445 aa  186  7e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1234  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.57 
 
 
448 aa  186  8e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.181169  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39770  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.19 
 
 
456 aa  185  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.979844  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.28 
 
 
448 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.9 
 
 
457 aa  185  1.0000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2759  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.81 
 
 
443 aa  185  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.340088  normal  0.610939 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1233  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.04 
 
 
448 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1304  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.57 
 
 
448 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.566056  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2746  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.9 
 
 
449 aa  184  2.0000000000000003e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000699903  normal  0.210011 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004342  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.33 
 
 
443 aa  184  3e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3125  exodeoxyribonuclease VII large subunit  30.57 
 
 
442 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0284972  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2085  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.86 
 
 
465 aa  184  4.0000000000000006e-45  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2877  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.81 
 
 
449 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000174489  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0287  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  32.81 
 
 
408 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01075  exodeoxyribonuclease VII large subunit  32.4 
 
 
443 aa  183  4.0000000000000006e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  33.81 
 
 
449 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000315473  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15230  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.15 
 
 
459 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.173867  hitchhiker  0.000000000874033 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  31.04 
 
 
448 aa  183  6e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>