More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_0287 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_0315  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  87.16 
 
 
406 aa  731    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0287  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  100 
 
 
408 aa  837    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2462  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.42 
 
 
460 aa  413  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422545 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5875  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.42 
 
 
460 aa  414  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0782017  normal  0.288359 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2568  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.97 
 
 
460 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0973694  normal  0.16842 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1932  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.75 
 
 
460 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.2 
 
 
460 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144595  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2544  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.75 
 
 
460 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.146847  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0752  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.97 
 
 
460 aa  410  1e-113  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.955357  normal  0.27096 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0932  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.5 
 
 
460 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.29303  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2149  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.5 
 
 
460 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.927626  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1044  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.5 
 
 
460 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000021456  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2272  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.5 
 
 
460 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00826344  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1084  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.5 
 
 
510 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00935981  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0539  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.51 
 
 
459 aa  392  1e-108  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0929  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.5 
 
 
460 aa  393  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.344174  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0567  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.5 
 
 
510 aa  392  1e-108  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0175948  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0743  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.28 
 
 
561 aa  391  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.61 
 
 
459 aa  385  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0516461  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3195  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.29 
 
 
459 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.300243  normal  0.30831 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0596  exodeoxyribonuclease VII large subunit  49.09 
 
 
448 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000355871  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2527  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.02 
 
 
440 aa  367  1e-100  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.258922  normal  0.0312935 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0538  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.38 
 
 
481 aa  365  1e-100  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839459  unclonable  0.0000000860109 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2398  exodeoxyribonuclease VII large subunit  47.38 
 
 
467 aa  361  1e-98  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2804  exodeoxyribonuclease VII large subunit  48.05 
 
 
469 aa  360  2e-98  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.345975  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1030  exodeoxyribonuclease VII large subunit  53.73 
 
 
447 aa  352  5e-96  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000189378  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1557  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.91 
 
 
445 aa  349  4e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.260708  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2302  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.91 
 
 
445 aa  348  8e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0779138 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1863  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46.88 
 
 
398 aa  345  7e-94  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2946  exodeoxyribonuclease VII large subunit  46 
 
 
436 aa  344  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.877345 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3218  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.24 
 
 
457 aa  342  5e-93  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1511  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.73 
 
 
451 aa  338  9.999999999999999e-92  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.823365  normal  0.344595 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3573  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  44.13 
 
 
445 aa  336  3.9999999999999995e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.168579  hitchhiker  0.00774159 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2644  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.76 
 
 
436 aa  335  1e-90  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.603733  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1458  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.48 
 
 
454 aa  335  1e-90  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1926  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  45.43 
 
 
439 aa  331  2e-89  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2567  exodeoxyribonuclease VII large subunit  44.55 
 
 
436 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00271156 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3152  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.86 
 
 
472 aa  323  4e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.782441  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1327  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.82 
 
 
414 aa  322  6e-87  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.180784  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1386  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  43.07 
 
 
414 aa  322  8e-87  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3211  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.22 
 
 
450 aa  318  1e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000173866  normal  0.203327 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1729  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.9 
 
 
451 aa  317  3e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.038914  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4890  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.23 
 
 
444 aa  312  5.999999999999999e-84  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.357891 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02974  exonuclease VII, large subunit  39.1 
 
 
450 aa  309  5e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.143789  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1126  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.06 
 
 
461 aa  309  5e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000645996  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2746  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.25 
 
 
449 aa  309  5.9999999999999995e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000699903  normal  0.210011 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2877  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.25 
 
 
449 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000174489  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2768  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.25 
 
 
449 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000315473  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2705  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.25 
 
 
449 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000963372  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2661  exodeoxyribonuclease VII large subunit  43.25 
 
 
449 aa  307  2.0000000000000002e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000015005  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.99 
 
 
457 aa  306  6e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.00000210085  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1790  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.2 
 
 
400 aa  305  7e-82  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00554465  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1234  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.14 
 
 
448 aa  304  1.0000000000000001e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.181169  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2885  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.19 
 
 
456 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.0000000000000248025  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2076  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.25 
 
 
400 aa  304  2.0000000000000002e-81  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0347558  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1216  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.18 
 
 
448 aa  304  2.0000000000000002e-81  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0401789  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2658  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.98 
 
 
455 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000423152  normal  0.673985 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004342  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.18 
 
 
443 aa  301  1e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2482  exodeoxyribonuclease VII large subunit  41.3 
 
 
447 aa  301  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.780603  normal  0.458338 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1168  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.4 
 
 
456 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000633307  normal  0.0126087 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2660  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.4 
 
 
456 aa  301  2e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.87444e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1304  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.46 
 
 
448 aa  301  2e-80  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.566056  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02401  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.71 
 
 
456 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000149221  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1159  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  39.71 
 
 
456 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000102008  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02363  hypothetical protein  39.71 
 
 
456 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000142965  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2323  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.76 
 
 
453 aa  300  3e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000207972  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2730  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.33 
 
 
465 aa  300  4e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.00000422836  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1233  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.68 
 
 
448 aa  300  4e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06490  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.92 
 
 
405 aa  299  5e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000332629  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4149  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.22 
 
 
446 aa  298  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000027114  normal  0.773576 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3734  exodeoxyribonuclease VII large subunit  45.4 
 
 
456 aa  298  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000326312  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1378  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.7 
 
 
448 aa  298  1e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3000  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.7 
 
 
448 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3597  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.84 
 
 
458 aa  297  2e-79  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000130865  normal  0.463212 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0612  exodeoxyribonuclease VII  38.32 
 
 
452 aa  297  3e-79  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000716955  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1312  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.17 
 
 
445 aa  296  3e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1818  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  40.27 
 
 
467 aa  296  4e-79  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2985  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.7 
 
 
448 aa  296  5e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.274759  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.99 
 
 
446 aa  296  5e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0693  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.12 
 
 
458 aa  295  8e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.183752  normal  0.0687889 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1267  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.72 
 
 
464 aa  294  1e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000176036  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01075  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.41 
 
 
443 aa  295  1e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3005  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.5 
 
 
462 aa  294  2e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000184236  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3490  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.5 
 
 
476 aa  294  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.655561  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1136  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.39 
 
 
450 aa  294  2e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000110023  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3143  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.64 
 
 
448 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.246096 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4244  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.67 
 
 
444 aa  293  4e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3493  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  42.09 
 
 
403 aa  291  2e-77  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000660487  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4592  exodeoxyribonuclease VII large subunit  37.78 
 
 
459 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1296  exodeoxyribonuclease VII large subunit  39.62 
 
 
442 aa  291  2e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0430502  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2647  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.03 
 
 
466 aa  290  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1259  exodeoxyribonuclease VII large subunit  38.51 
 
 
463 aa  289  6e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0736  exodeoxyribonuclease VII large subunit  36.95 
 
 
444 aa  288  8e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3294  exodeoxyribonuclease VII large subunit  40.5 
 
 
445 aa  287  2e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1268  exodeoxyribonuclease VII large subunit  42.5 
 
 
446 aa  287  2.9999999999999996e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000016399  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2552  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  41.67 
 
 
432 aa  286  4e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00277248 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1446  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.06 
 
 
463 aa  285  7e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2951  exodeoxyribonuclease VII, large subunit  38.95 
 
 
447 aa  286  7e-76  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.19698  normal  0.152138 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4253  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.51 
 
 
452 aa  285  8e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0297469  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4310  exodeoxyribonuclease VII large subunit  35.51 
 
 
452 aa  285  8e-76  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00178952  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>