More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0284 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0284  transcription termination factor NusA  100 
 
 		 360 aa  726    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1742  transcription elongation factor NusA  85.8 
 
 		 355 aa  590  1e-167  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1018  NusA antitermination factor  52.97 
 
 		 354 aa  359  5e-98  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23470  transcription termination factor NusA  53.89 
 
 		 365 aa  353  2e-96  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.156847  normal  0.0534331 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1209  NusA antitermination factor  55.12 
 
 		 344 aa  342  4e-93  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0489852  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3332  NusA antitermination factor  54.8 
 
 		 351 aa  336  5e-91  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.166447  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1508  transcription termination factor NusA  54.04 
 
 		 364 aa  334  1e-90  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.736288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7749  NusA antitermination factor  52.71 
 
 		 324 aa  333  2e-90  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1059  NusA antitermination factor  52.12 
 
 		 333 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  hitchhiker  0.00843571  normal  0.0553593 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5836  transcription elongation factor NusA  51.46 
 
 		 337 aa  326  3e-88  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0776  transcription elongation factor NusA  52.66 
 
 		 329 aa  326  5e-88  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.387304  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11460  transcription termination factor NusA  51.56 
 
 		 357 aa  322  5e-87  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00403363  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3192  transcription elongation factor NusA  52.4 
 
 		 327 aa  322  6e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0218268  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1517  transcription elongation factor NusA  49.03 
 
 		 348 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.261597  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2204  transcription elongation factor NusA  51.34 
 
 		 336 aa  319  5e-86  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000000400476  decreased coverage  0.000554149 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2491  NusA antitermination factor  51.17 
 
 		 346 aa  318  7.999999999999999e-86  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1414  NusA antitermination factor  51.98 
 
 		 326 aa  318  7.999999999999999e-86  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0386323  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14550  transcription elongation factor NusA  51.36 
 
 		 348 aa  315  7e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0106294  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1368  transcription elongation factor NusA  50 
 
 		 347 aa  315  9.999999999999999e-85  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.219498  normal  0.327685 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1425  NusA antitermination factor  50.15 
 
 		 326 aa  313  3.9999999999999997e-84  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000324988 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06990  transcription termination factor NusA  51.06 
 
 		 328 aa  312  5.999999999999999e-84  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.045729  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1325  transcription elongation factor NusA  49.57 
 
 		 347 aa  310  2e-83  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0147733 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3564  NusA antitermination factor  48.94 
 
 		 365 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0133345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1180  NusA antitermination factor  48.8 
 
 		 361 aa  308  1.0000000000000001e-82  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.00193855  normal  0.133993 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3594  NusA antitermination factor  50.91 
 
 		 337 aa  306  2.0000000000000002e-82  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1419  NusA antitermination factor  50.15 
 
 		 347 aa  307  2.0000000000000002e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10300  transcription termination factor NusA  49.85 
 
 		 328 aa  306  3e-82  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.25441  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1441  NusA antitermination factor  50.15 
 
 		 339 aa  305  6e-82  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0567869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2063  transcription elongation factor NusA  48.51 
 
 		 347 aa  305  7e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2080  transcription elongation factor NusA  48.51 
 
 		 347 aa  305  7e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2126  transcription elongation factor NusA  48.51 
 
 		 347 aa  305  7e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.312035  normal  0.0121044 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4041  transcription elongation factor NusA  48.66 
 
 		 353 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.00507131  normal  0.461903 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2115  transcription elongation factor NusA  49.85 
 
 		 331 aa  301  1e-80  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.781064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2151  transcription termination factor NusA  47.43 
 
 		 340 aa  300  4e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.154798  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2312  transcription elongation factor NusA  48.04 
 
 		 333 aa  295  7e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0988305  normal  0.0487624 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12856  transcription elongation factor NusA  49.55 
 
 		 347 aa  295  9e-79  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000023411  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1713  NusA antitermination factor  46.57 
 
 		 333 aa  289  5.0000000000000004e-77  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0994  NusA antitermination factor  43.57 
 
 		 404 aa  284  1.0000000000000001e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000558995  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1960  transcription elongation factor NusA  42.66 
 
 		 384 aa  282  8.000000000000001e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0055359  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3679  NusA antitermination factor  44.88 
 
 		 493 aa  278  9e-74  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000224558  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1665  NusA antitermination factor  43.3 
 
 		 365 aa  276  3e-73  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000721447  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1152  transcription elongation factor NusA  44.15 
 
 		 382 aa  275  6e-73  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162475  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1432  NusA antitermination factor  42.05 
 
 		 373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000109855  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1648  transcription elongation factor NusA  43.03 
 
 		 346 aa  273  3e-72  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000247005  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1047  NusA antitermination factor  44.74 
 
 		 362 aa  272  5.000000000000001e-72  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000154988  unclonable  0.0000000137146 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2044  transcription elongation factor NusA  44.12 
 
 		 383 aa  272  5.000000000000001e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3191  transcription elongation factor NusA  43.27 
 
 		 381 aa  271  9e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000141994  normal  0.115207 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3219  NusA antitermination factor  44.35 
 
 		 503 aa  271  1e-71  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.517549  normal  0.104407 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3914  transcription elongation factor NusA  43.5 
 
 		 368 aa  270  2e-71  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000262405  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3854  transcription elongation factor NusA  43.5 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000110606  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3667  transcription elongation factor NusA  43.5 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000535514  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3557  transcription elongation factor NusA  43.5 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000374855  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3575  transcription elongation factor NusA  43.5 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000544237  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3953  transcription elongation factor NusA  43.5 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000569611  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3863  transcription elongation factor NusA  43.5 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000188549  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3828  transcription elongation factor NusA  43.5 
 
 		 368 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.7515e-61 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1330  transcription elongation factor NusA  43.22 
 
 		 368 aa  269  4e-71  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000381059  hitchhiker  0.000133045 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3638  transcription elongation factor NusA  43.22 
 
 		 368 aa  269  7e-71  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000480862  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07820  NusA antitermination factor  43.59 
 
 		 377 aa  268  1e-70  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0923  transcription elongation factor NusA  44.16 
 
 		 359 aa  267  2e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000194155  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2468  transcription elongation factor NusA  43.64 
 
 		 366 aa  268  2e-70  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000156927  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0833  transcription elongation factor NusA  44.81 
 
 		 407 aa  266  2.9999999999999995e-70  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.792423  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1326  transcription elongation factor NusA  44.81 
 
 		 391 aa  266  5e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1352  transcription elongation factor NusA  44.81 
 
 		 391 aa  266  5e-70  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3749  NusA antitermination factor  43.24 
 
 		 442 aa  265  8.999999999999999e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00409142  unclonable  0.0000152852 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1134  NusA antitermination factor  42.32 
 
 		 442 aa  265  1e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.0000746814  normal  0.939177 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1441  NusA antitermination factor  42.26 
 
 		 380 aa  265  1e-69  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0429547  normal  0.129125 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0454  NusA antitermination factor  44.71 
 
 		 382 aa  263  4.999999999999999e-69  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0811  transcription elongation factor NusA  42.73 
 
 		 423 aa  259  4e-68  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.0000010954  hitchhiker  0.00234388 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3683  NusA antitermination factor  40.88 
 
 		 442 aa  258  9e-68  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00388019  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0985  transcription elongation factor NusA  42.11 
 
 		 491 aa  257  2e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00150789  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0876  transcription elongation factor NusA  42.69 
 
 		 491 aa  256  4e-67  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0313079  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0473  NusA antitermination factor  41.35 
 
 		 444 aa  255  7e-67  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.0000679634  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1661  transcription elongation factor NusA  40.47 
 
 		 366 aa  253  2.0000000000000002e-66  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1943  transcription elongation factor NusA  40.47 
 
 		 366 aa  253  3e-66  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0897  transcription elongation factor NusA  41.86 
 
 		 378 aa  252  7e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0054777  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_857  transcription elongation factor  41.64 
 
 		 487 aa  249  5e-65  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000272174  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2777  NusA antitermination factor  41 
 
 		 354 aa  248  1e-64  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000726051  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0607  NusA antitermination factor  39.3 
 
 		 433 aa  246  4e-64  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000457156  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09350  transcription termination factor NusA  43.68 
 
 		 401 aa  243  3e-63  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.0000834112  normal  0.892609 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1410  NusA antitermination factor  42.64 
 
 		 381 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0636  NusA antitermination factor  42.99 
 
 		 330 aa  243  5e-63  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.602525  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1812  NusA antitermination factor  43.23 
 
 		 405 aa  239  6.999999999999999e-62  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.768572  normal  0.780968 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0996  NusA antitermination factor  41.42 
 
 		 369 aa  238  1e-61  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000936712  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1227  transcription elongation factor NusA  39.18 
 
 		 449 aa  238  1e-61  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000158035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  38.27 
 
 		 506 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3036  transcription elongation factor NusA  40.18 
 
 		 475 aa  237  3e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00201036  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1047  transcription elongation factor NusA  39.64 
 
 		 344 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000699393  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1358  transcription elongation factor  39.07 
 
 		 365 aa  235  1.0000000000000001e-60  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.946051  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1206  NusA antitermination factor  38.05 
 
 		 360 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000000876177  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1139  NusA antitermination factor  38.9 
 
 		 556 aa  232  7.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0315403 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0912  NusA antitermination factor  39.77 
 
 		 372 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1932  NusA antitermination factor  38.97 
 
 		 392 aa  232  8.000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000167668  decreased coverage  0.000000000752271 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0696  NusA antitermination factor  38.4 
 
 		 395 aa  232  9e-60  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000696258  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1160  NusA antitermination factor  38.63 
 
 		 557 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1228  NusA antitermination factor  38.63 
 
 		 557 aa  231  1e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1100  NusA antitermination factor  38.63 
 
 		 557 aa  231  2e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1065  transcription elongation factor NusA  38.53 
 
 		 344 aa  231  2e-59  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000123432  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08060  transcription termination factor NusA  41.95 
 
 		 402 aa  231  2e-59  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0969065  normal  0.170976 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0497  transcription elongation factor NusA  38.42 
 
 		 440 aa  229  6e-59  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>