More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_0375 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  57.71 
 
 		 668 aa  678    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  100 
 
 		 669 aa  1302    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  60.09 
 
 		 669 aa  755    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  53.43 
 
 		 669 aa  675    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  56.63 
 
 		 667 aa  662    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  52.96 
 
 		 666 aa  617  1e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  57.35 
 
 		 663 aa  609  1e-173  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  54.55 
 
 		 666 aa  609  1e-173  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  50.82 
 
 		 661 aa  587  1e-166  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.79 
 
 		 660 aa  578  1.0000000000000001e-163  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.33 
 
 		 659 aa  531  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  48.11 
 
 		 659 aa  528  1e-148  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  48.26 
 
 		 665 aa  526  1e-148  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  48.35 
 
 		 666 aa  507  9.999999999999999e-143  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  50.6 
 
 		 654 aa  485  1e-135  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  49.41 
 
 		 662 aa  482  1e-134  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  47.7 
 
 		 577 aa  451  1e-125  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  50.09 
 
 		 654 aa  425  1e-117  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  44.79 
 
 		 646 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  49.92 
 
 		 654 aa  413  1e-114  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  56.38 
 
 		 654 aa  398  1e-109  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  40.13 
 
 		 723 aa  385  1e-106  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  39.8 
 
 		 673 aa  375  1e-102  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  41.05 
 
 		 683 aa  365  2e-99  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  38.64 
 
 		 644 aa  358  1.9999999999999998e-97  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.09 
 
 		 661 aa  354  2e-96  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  37.94 
 
 		 644 aa  348  2e-94  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  40.29 
 
 		 617 aa  340  5e-92  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  37.74 
 
 		 649 aa  332  9e-90  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  40.03 
 
 		 682 aa  332  1e-89  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  38.02 
 
 		 671 aa  331  2e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  37.09 
 
 		 672 aa  331  3e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  37.09 
 
 		 672 aa  330  4e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  37.09 
 
 		 672 aa  330  4e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  37.09 
 
 		 672 aa  330  4e-89  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  36.92 
 
 		 672 aa  328  1.0000000000000001e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  36.42 
 
 		 672 aa  325  2e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.43 
 
 		 688 aa  320  7e-86  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  35.95 
 
 		 672 aa  320  7e-86  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  33.64 
 
 		 643 aa  317  4e-85  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  37.12 
 
 		 748 aa  316  8e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  48.88 
 
 		 665 aa  310  5.9999999999999995e-83  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  48.38 
 
 		 666 aa  309  1.0000000000000001e-82  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  38.23 
 
 		 679 aa  308  2.0000000000000002e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  33.07 
 
 		 662 aa  306  6e-82  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  42.6 
 
 		 673 aa  306  7e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  35.97 
 
 		 674 aa  304  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  48.09 
 
 		 666 aa  300  4e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  36.12 
 
 		 669 aa  298  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  45.38 
 
 		 737 aa  295  1e-78  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  35.99 
 
 		 669 aa  295  1e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  36.82 
 
 		 674 aa  290  7e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  36.41 
 
 		 669 aa  288  2e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  38.19 
 
 		 681 aa  285  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  33.44 
 
 		 674 aa  285  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  36.42 
 
 		 669 aa  282  2e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  36.2 
 
 		 687 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  36.74 
 
 		 668 aa  279  1e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  36.74 
 
 		 668 aa  279  1e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  33.72 
 
 		 637 aa  276  6e-73  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  30.14 
 
 		 650 aa  275  2.0000000000000002e-72  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.34 
 
 		 662 aa  272  1e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  35.57 
 
 		 668 aa  272  2e-71  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  33.05 
 
 		 633 aa  267  5e-70  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  37.52 
 
 		 671 aa  267  5e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  37.99 
 
 		 660 aa  266  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  37.99 
 
 		 660 aa  266  7e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3780  NADH dehydrogenase (quinone)  41.26 
 
 		 670 aa  265  1e-69  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0116247  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  36.07 
 
 		 664 aa  266  1e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  31.8 
 
 		 655 aa  261  3e-68  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  31.86 
 
 		 655 aa  258  2e-67  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  36.39 
 
 		 672 aa  258  2e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  35.34 
 
 		 671 aa  258  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  35.89 
 
 		 672 aa  256  8e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  35.3 
 
 		 674 aa  250  5e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  34.62 
 
 		 640 aa  245  1.9999999999999999e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.82 
 
 		 646 aa  242  1e-62  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  34.65 
 
 		 608 aa  236  7e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  35.3 
 
 		 608 aa  232  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  35.3 
 
 		 608 aa  232  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  35.13 
 
 		 608 aa  233  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  35.3 
 
 		 608 aa  232  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  35.3 
 
 		 608 aa  232  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.180245 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  35.27 
 
 		 608 aa  233  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  35.13 
 
 		 608 aa  232  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264273 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  35.13 
 
 		 608 aa  232  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  34.65 
 
 		 608 aa  228  4e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  34.65 
 
 		 608 aa  227  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  34.65 
 
 		 608 aa  227  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  34.47 
 
 		 608 aa  224  3e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.09 
 
 		 674 aa  203  7e-51  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  35.96 
 
 		 622 aa  202  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2787  NADH dehydrogenase (quinone)  29.72 
 
 		 633 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  29.72 
 
 		 633 aa  185  2.0000000000000003e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  31.87 
 
 		 500 aa  185  2.0000000000000003e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  37.14 
 
 		 1264 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  35.03 
 
 		 1253 aa  182  1e-44  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  32.09 
 
 		 522 aa  180  9e-44  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0955  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.23 
 
 		 523 aa  179  2e-43  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00424687  normal  0.153051 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1880  NADH dehydrogenase (quinone)  37.46 
 
 		 1245 aa  176  9.999999999999999e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.374238  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>