More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A3054 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  89.31 
 
 		 608 aa  1023    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  89.14 
 
 		 608 aa  1021    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  89.14 
 
 		 608 aa  1019    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.180245 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  99.34 
 
 		 608 aa  1176    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  89.14 
 
 		 608 aa  1021    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264273 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  88.98 
 
 		 608 aa  1022    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  99.51 
 
 		 608 aa  1178    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  76.48 
 
 		 608 aa  893    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  88.98 
 
 		 608 aa  1020    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  99.84 
 
 		 608 aa  1184    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  100 
 
 		 608 aa  1186    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  99.67 
 
 		 608 aa  1181    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  89.31 
 
 		 608 aa  1023    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  48.03 
 
 		 622 aa  391  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  37.79 
 
 		 671 aa  362  8e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  38.95 
 
 		 673 aa  360  4e-98  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  40.14 
 
 		 673 aa  341  2.9999999999999998e-92  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  39.51 
 
 		 672 aa  336  7.999999999999999e-91  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  39.33 
 
 		 672 aa  335  2e-90  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  39.33 
 
 		 672 aa  335  2e-90  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  39.14 
 
 		 672 aa  333  4e-90  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  39.33 
 
 		 672 aa  333  4e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  42.41 
 
 		 679 aa  332  1e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  38.76 
 
 		 672 aa  328  2.0000000000000001e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  34.95 
 
 		 672 aa  314  2.9999999999999996e-84  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  32.77 
 
 		 655 aa  253  8.000000000000001e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.17 
 
 		 661 aa  252  1e-65  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  34.09 
 
 		 668 aa  251  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  32.83 
 
 		 655 aa  249  9e-65  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  29.7 
 
 		 650 aa  248  2e-64  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  35.68 
 
 		 669 aa  244  3.9999999999999997e-63  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  31.55 
 
 		 644 aa  243  6e-63  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  33.27 
 
 		 683 aa  243  7.999999999999999e-63  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  38.17 
 
 		 654 aa  240  5.999999999999999e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  31.72 
 
 		 644 aa  239  1e-61  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  32.19 
 
 		 617 aa  238  3e-61  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  34.66 
 
 		 669 aa  237  5.0000000000000005e-61  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  33.89 
 
 		 667 aa  236  6e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  29.84 
 
 		 646 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  37.21 
 
 		 662 aa  231  2e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  35.29 
 
 		 649 aa  230  5e-59  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.82 
 
 		 666 aa  229  8e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.71 
 
 		 669 aa  226  9e-58  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.32 
 
 		 666 aa  226  1e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  38.07 
 
 		 654 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  33.15 
 
 		 669 aa  216  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  35.42 
 
 		 663 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.95 
 
 		 660 aa  215  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.7 
 
 		 661 aa  214  2.9999999999999995e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  29.24 
 
 		 662 aa  214  2.9999999999999995e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  32.06 
 
 		 669 aa  214  3.9999999999999995e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  32.47 
 
 		 669 aa  212  2e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.7 
 
 		 688 aa  212  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  33.77 
 
 		 672 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  32.77 
 
 		 672 aa  211  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  32.01 
 
 		 669 aa  211  4e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  32.57 
 
 		 674 aa  209  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  36.63 
 
 		 577 aa  209  2e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  31.5 
 
 		 674 aa  208  2e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  35.64 
 
 		 666 aa  207  4e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  32.1 
 
 		 748 aa  207  4e-52  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  31.76 
 
 		 687 aa  206  8e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  42.81 
 
 		 654 aa  206  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  32.17 
 
 		 668 aa  206  1e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.65 
 
 		 659 aa  205  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  31.96 
 
 		 723 aa  205  2e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  33.04 
 
 		 668 aa  204  5e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  33.04 
 
 		 668 aa  204  5e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  39.94 
 
 		 654 aa  203  8e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  33.94 
 
 		 737 aa  202  1.9999999999999998e-50  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.49 
 
 		 659 aa  201  5e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  29.52 
 
 		 633 aa  197  4.0000000000000005e-49  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  30.83 
 
 		 674 aa  196  1e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  37.68 
 
 		 646 aa  196  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  29.68 
 
 		 681 aa  192  2e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  30.36 
 
 		 674 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  30.4 
 
 		 637 aa  183  7e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  34.45 
 
 		 682 aa  182  2e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  35.43 
 
 		 665 aa  182  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  30.65 
 
 		 671 aa  176  9.999999999999999e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2586  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  30.38 
 
 		 522 aa  175  1.9999999999999998e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  29.01 
 
 		 643 aa  172  2e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  31.02 
 
 		 674 aa  172  2e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  33.92 
 
 		 671 aa  169  2e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.39 
 
 		 662 aa  167  5e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  33.92 
 
 		 666 aa  159  1e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4834  NADH dehydrogenase (quinone)  31.61 
 
 		 585 aa  157  6e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  32.57 
 
 		 660 aa  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  32.57 
 
 		 660 aa  155  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  29.43 
 
 		 640 aa  154  2.9999999999999998e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  33.42 
 
 		 665 aa  155  2.9999999999999998e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  33.42 
 
 		 666 aa  154  5e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0588  NADH dehydrogenase (quinone)  28.05 
 
 		 609 aa  154  5.9999999999999996e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2787  NADH dehydrogenase (quinone)  29.15 
 
 		 633 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  29.15 
 
 		 633 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0509  NADH dehydrogenase (quinone)  28.4 
 
 		 748 aa  148  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000352419  hitchhiker  0.0000000405513 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0671  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  27.25 
 
 		 525 aa  148  4.0000000000000006e-34  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4506  NADH dehydrogenase (quinone)  29.44 
 
 		 1265 aa  147  8.000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.105233 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  26.42 
 
 		 500 aa  146  1e-33  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  30.97 
 
 		 664 aa  145  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>