More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_1807 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011206  Lferr_1807  hydrogenase 4 subunit B  100 
 
 		 660 aa  1260    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.370569  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2149  hydrogenase 4 subunit B  100 
 
 		 660 aa  1260    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.33721  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0916  hydrogenase 4 subunit B  48.12 
 
 		 674 aa  533  1e-150  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4671  hydrogenase 4 subunit B  48.32 
 
 		 674 aa  514  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.130495 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3292  hydrogenase 4 subunit B  48.55 
 
 		 674 aa  511  1e-143  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0329  hydrogenase 4 subunit B  46.02 
 
 		 669 aa  501  1e-140  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6065  hydrogenase 4 subunit B  45.1 
 
 		 669 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.388772  hitchhiker  0.000500664 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  46.19 
 
 		 669 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1261  hydrogenase 4 subunit B  45.74 
 
 		 668 aa  444  1e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1617  hydrogenase 4 subunit B  46.41 
 
 		 668 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1532  hydrogenase 4 subunit B  46.41 
 
 		 668 aa  442  1e-123  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  44.15 
 
 		 748 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2460  NADH dehydrogenase (quinone)  42.1 
 
 		 683 aa  399  9.999999999999999e-111  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  45.3 
 
 		 687 aa  398  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2474  hydrogenase 4 subunit B  41.61 
 
 		 669 aa  384  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0166  hydrogenase 4 subunit B  43.29 
 
 		 681 aa  372  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.970512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1396  hydrogenase 4 subunit B  43.28 
 
 		 671 aa  366  1e-100  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3855  hydrogenase 4 subunit B  41.69 
 
 		 672 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2191  hydrogenase 4 subunit B  39.41 
 
 		 673 aa  358  1.9999999999999998e-97  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.660892 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1260  hydrogenase 4 subunit B  43.63 
 
 		 672 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0751084 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  34.91 
 
 		 662 aa  342  1e-92  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  37.22 
 
 		 669 aa  333  9e-90  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  37.17 
 
 		 669 aa  321  3e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1127  hydrogenase membrane subunit  35 
 
 		 649 aa  318  2e-85  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0224903  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  38.74 
 
 		 661 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.44 
 
 		 666 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1453  hydrogenase subunit, HycC-like protein  35.91 
 
 		 644 aa  315  1.9999999999999998e-84  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  36.64 
 
 		 668 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1321  hydrogenase membrane subunit  34.54 
 
 		 644 aa  313  6.999999999999999e-84  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.18 
 
 		 661 aa  313  6.999999999999999e-84  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  36.64 
 
 		 672 aa  311  2e-83  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.74 
 
 		 666 aa  307  4.0000000000000004e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  37.88 
 
 		 671 aa  306  6e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1691  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.62 
 
 		 688 aa  305  1.0000000000000001e-81  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000143823  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0070  NADH dehydrogenase (quinone)  37.72 
 
 		 667 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  38.04 
 
 		 662 aa  303  6.000000000000001e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1307  NADH dehydrogenase (quinone)  34.76 
 
 		 633 aa  300  4e-80  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02374  NADH dehydrogenase subunit N  35.77 
 
 		 672 aa  297  5e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02336  hypothetical protein  35.77 
 
 		 672 aa  297  5e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4288  NADH dehydrogenase (quinone)  35.42 
 
 		 637 aa  296  6e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000277072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1194  hydrogenase 4 subunit B  35.73 
 
 		 672 aa  296  6e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3704  hydrogenase 4 subunit B  35.77 
 
 		 672 aa  296  9e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.726938  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1187  NADH dehydrogenase (quinone)  35.56 
 
 		 672 aa  295  2e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2629  hydrogenase 4 subunit B  35.61 
 
 		 672 aa  295  2e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0336  NADH dehydrogenase (quinone)  38.36 
 
 		 665 aa  294  3e-78  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1822  hydrogenase membrane subunit  34.56 
 
 		 643 aa  293  8e-78  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0165692  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1069  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.27 
 
 		 659 aa  291  4e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.7000400000000002e-28 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1285  hydrogenase 4 subunit B  35.7 
 
 		 673 aa  290  5.0000000000000004e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.488809  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0375  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  37.5 
 
 		 669 aa  289  9e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.044448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2601  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.97 
 
 		 660 aa  289  1e-76  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3193  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.6 
 
 		 659 aa  289  1e-76  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.141056  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10084  oxidoreductase  37.94 
 
 		 640 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00281156  normal  0.170471 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2708  hydrogenase 4 subunit B  36.13 
 
 		 679 aa  285  3.0000000000000004e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1914  L-alanyl-D-glutamate peptidase  32.69 
 
 		 655 aa  283  6.000000000000001e-75  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2558  NADH dehydrogenase (quinone)  36.45 
 
 		 666 aa  283  9e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1575  hydrogenase membrane subunit  34.62 
 
 		 617 aa  281  2e-74  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1791  ATP-binding protein  32.18 
 
 		 655 aa  280  8e-74  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0608774  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4703  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.83 
 
 		 662 aa  278  2e-73  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2985  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.66 
 
 		 674 aa  278  3e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0690807  hitchhiker  0.0074409 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2560  NADH dehydrogenase (quinone)  38.79 
 
 		 663 aa  276  8e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2618  NADH dehydrogenase (quinone)  36.13 
 
 		 646 aa  274  4.0000000000000004e-72  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.430528  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4469  NADH dehydrogenase (quinone)  37.99 
 
 		 664 aa  271  2e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  36.61 
 
 		 577 aa  270  5.9999999999999995e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  36.45 
 
 		 737 aa  267  4e-70  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  36.13 
 
 		 654 aa  262  2e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3655  NADH dehydrogenase (quinone)  44.42 
 
 		 654 aa  260  5.0000000000000005e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0270969  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  30.99 
 
 		 650 aa  258  2e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  35.96 
 
 		 674 aa  255  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0778  NADH dehydrogenase (quinone)  36.36 
 
 		 682 aa  253  5.000000000000001e-66  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.590886  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3713  NADH dehydrogenase (quinone)  44.89 
 
 		 654 aa  243  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.117424  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3796  NADH dehydrogenase (quinone)  44.89 
 
 		 654 aa  240  5e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.273036  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  36.96 
 
 		 666 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  45.01 
 
 		 666 aa  232  1e-59  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0943  NADH dehydrogenase (quinone)  30.69 
 
 		 723 aa  226  1e-57  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.730208  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  43.17 
 
 		 665 aa  225  3e-57  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1862  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  30.4 
 
 		 646 aa  222  1.9999999999999999e-56  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00000307213  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3054  formate hydrogenlyase subunit 3  32.57 
 
 		 608 aa  192  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.920212  normal  0.22505 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2787  NADH dehydrogenase (quinone)  30.21 
 
 		 633 aa  192  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2795  NADH dehydrogenase (quinone)  30.21 
 
 		 633 aa  192  2e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3780  NADH dehydrogenase (quinone)  35.49 
 
 		 670 aa  189  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0116247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3194  NADH dehydrogenase (quinone)  35.68 
 
 		 1264 aa  187  7e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.466435 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0184  NADH dehydrogenase (quinone)  37.29 
 
 		 487 aa  186  1.0000000000000001e-45  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0966  NADH dehydrogenase (quinone)  32.04 
 
 		 608 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3974  formate hydrogenlyase subunit 3  31.86 
 
 		 608 aa  185  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02573  NADH dehydrogenase subunit N  32.04 
 
 		 608 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.621394  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2848  formate hydrogenlyase subunit 3  31.86 
 
 		 608 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.264273 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2859  formate hydrogenlyase subunit 3  32.04 
 
 		 608 aa  184  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3011  formate hydrogenlyase subunit 3  31.86 
 
 		 608 aa  183  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0989  formate hydrogenlyase subunit 3  32.04 
 
 		 608 aa  183  8.000000000000001e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.180245 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  36.24 
 
 		 531 aa  183  1e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3038  formate hydrogenlyase subunit 3  32.39 
 
 		 608 aa  182  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000419635 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3161  formate hydrogenlyase subunit 3  32.39 
 
 		 608 aa  182  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.253093 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  36.36 
 
 		 495 aa  182  2e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3003  formate hydrogenlyase subunit 3  32.39 
 
 		 608 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2432  NADH dehydrogenase (quinone)  34.05 
 
 		 622 aa  181  4.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.96835  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2972  formate hydrogenlyase subunit 3  31.96 
 
 		 608 aa  179  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3196  formate hydrogenlyase subunit 3  31.88 
 
 		 608 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0969  NADH dehydrogenase (quinone)  34.76 
 
 		 1253 aa  178  2e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0218073 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7008  proton-translocating NADH-quinone oxidoreductase, chain L  29.55 
 
 		 634 aa  177  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.102171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3276  NADH dehydrogenase (quinone)  33.03 
 
 		 671 aa  177  8e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>