More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3777 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3777  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  100 
 
 
407 aa  818    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1297  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  69.82 
 
 
391 aa  558  1e-158  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0902031 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1002  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  70.59 
 
 
397 aa  545  1e-154  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1029  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  70.59 
 
 
397 aa  545  1e-154  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.918253  normal  0.963801 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1019  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  70.59 
 
 
397 aa  545  1e-154  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.26668  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5059  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  68.54 
 
 
391 aa  523  1e-147  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2361  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  69.09 
 
 
393 aa  522  1e-147  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10708  L-lactate dehydrogenase (cytochrome) lldD1  67.44 
 
 
396 aa  518  1e-146  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0776  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  66.84 
 
 
393 aa  516  1.0000000000000001e-145  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3205  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  63.31 
 
 
394 aa  480  1e-134  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.901483  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0573  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  64.32 
 
 
389 aa  480  1e-134  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3151  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  63.5 
 
 
400 aa  478  1e-134  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0698274  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2980  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  60.57 
 
 
402 aa  448  1e-125  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_17191  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent)-like alpha-hydroxy acid dehydrogenases  36.63 
 
 
390 aa  236  7e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2083  FMN-dependent dehydrogenase  37.03 
 
 
381 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.443709  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3514  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.53 
 
 
381 aa  223  6e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_20471  L-lactate dehydrogenase (FMN-dependent) and related alpha-hydroxy acid dehydrogenases  37.5 
 
 
398 aa  219  8.999999999999998e-56  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.819941 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1172  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.24 
 
 
394 aa  218  2e-55  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33860  L-lactate dehydrogenase  36.57 
 
 
383 aa  217  4e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.14557 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2879  L-lactate dehydrogenase  36.32 
 
 
383 aa  216  8e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.18663  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2829  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.82 
 
 
388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4852  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.3 
 
 
440 aa  214  1.9999999999999998e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00125514  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0085  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.27 
 
 
382 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3713  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.22 
 
 
382 aa  212  7e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.628377 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0068  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.58 
 
 
382 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.368436  normal  0.0189918 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2545  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.47 
 
 
381 aa  210  3e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3368  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.1 
 
 
406 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000428393  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2488  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  36.63 
 
 
385 aa  209  5e-53  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0763521  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6648  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.94 
 
 
391 aa  209  6e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0123873 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2398  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.43 
 
 
359 aa  208  1e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.940863  normal  0.750352 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2875  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.87 
 
 
380 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.189587  normal  0.0992837 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3143  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.25 
 
 
380 aa  207  3e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.325182  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6013  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.18 
 
 
397 aa  207  3e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0169115 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1075  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  33.68 
 
 
399 aa  204  2e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0219  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.5 
 
 
387 aa  204  2e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1371  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.61 
 
 
381 aa  204  2e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.75122  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1959  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.2 
 
 
386 aa  204  3e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.548069  normal  0.0478 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0948  L-lactate dehydrogenase  34.53 
 
 
390 aa  204  3e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0360  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  39.26 
 
 
370 aa  203  5e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1448  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.16 
 
 
381 aa  201  9.999999999999999e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7392  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.24 
 
 
405 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0187555  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3598  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.18 
 
 
387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0350  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.08 
 
 
387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0673391  normal  0.934318 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_50804  glycolate oxidase  35.47 
 
 
431 aa  198  1.0000000000000001e-49  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.114627  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5250  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  36.29 
 
 
381 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3333  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.29 
 
 
381 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0889608  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5034  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.29 
 
 
381 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.865641 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1831  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.14 
 
 
390 aa  197  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0453167  normal  0.549116 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4493  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.6 
 
 
378 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.14596 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5475  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.68 
 
 
396 aa  197  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2651  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.51 
 
 
390 aa  196  6e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4075  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.8 
 
 
387 aa  196  6e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.72179  normal  0.076317 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3298  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  33.51 
 
 
390 aa  196  8.000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.355781  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0920  L-lactate dehydrogenase  32.53 
 
 
381 aa  195  1e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.451732  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0862  L-lactate dehydrogenase  32.53 
 
 
381 aa  195  1e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.27299  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3916  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  35.29 
 
 
379 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1846  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  35.12 
 
 
382 aa  193  5e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.389161 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1331  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.65 
 
 
385 aa  192  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2999  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.58 
 
 
366 aa  191  1e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2117  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.96 
 
 
381 aa  191  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0829  lactate dehydrogenase  31.7 
 
 
387 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.967282  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4115  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.97 
 
 
379 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105278  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4800  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  33.95 
 
 
379 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700364  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2487  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.7 
 
 
387 aa  191  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0268147  normal  0.394393 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1074  Lactate 2-monooxygenase  38.71 
 
 
393 aa  191  2.9999999999999997e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5795  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.77 
 
 
383 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.821423 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1305  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  34.76 
 
 
379 aa  190  4e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.304754 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1816  putative L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.98 
 
 
378 aa  190  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0254  L-lactate dehydrogenase  35.48 
 
 
378 aa  189  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4737  L-lactate dehydrogenase  36.1 
 
 
381 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3154  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.04 
 
 
381 aa  187  3e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4413  L-lactate dehydrogenase  36.02 
 
 
386 aa  187  4e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5754  L-lactate dehydrogenase  31.59 
 
 
386 aa  186  5e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.202266  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0695  L-lactate dehydrogenase  36.29 
 
 
381 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000139507 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001223  L-lactate dehydrogenase  33.6 
 
 
379 aa  186  7e-46  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4736  L-lactate dehydrogenase  35.75 
 
 
381 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000909372 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1430  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  37.07 
 
 
366 aa  186  9e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0230431  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4602  L-lactate dehydrogenase  35.75 
 
 
381 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515412  normal  0.0177303 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3859  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.28 
 
 
390 aa  185  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0579  FMN-dependent dehydrogenase  34.55 
 
 
412 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4132  L-lactate dehydrogenase  34.95 
 
 
386 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3678  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  31.46 
 
 
383 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0259066  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5294  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  32.9 
 
 
391 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2360  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  35.22 
 
 
379 aa  184  2.0000000000000003e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1871  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  36.93 
 
 
358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0136  S-mandelate dehydrogenase (MdlB)  32.56 
 
 
394 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03020  alpha-hydroxyacid dehydrogenase, FMN-dependent L-lactate dehydrogenase  34.84 
 
 
409 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2407  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  33.51 
 
 
406 aa  184  3e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.463668  normal  0.0231198 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2351  L-lactate dehydrogenase (cytochrome)  30.83 
 
 
385 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.599671  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3817  L-lactate dehydrogenase  34.95 
 
 
396 aa  183  6e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03463  L-lactate dehydrogenase, FMN-linked  34.95 
 
 
396 aa  183  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0100  FMN-dependent alpha-hydroxy acid dehydrogenase  34.95 
 
 
396 aa  183  6e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0103  L-lactate dehydrogenase  34.95 
 
 
396 aa  183  6e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3942  L-lactate dehydrogenase  34.95 
 
 
396 aa  183  6e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03414  hypothetical protein  34.95 
 
 
396 aa  183  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4031  L-lactate dehydrogenase  34.95 
 
 
396 aa  183  6e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4109  L-lactate dehydrogenase  34.95 
 
 
396 aa  182  6e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4978  L-lactate dehydrogenase  34.95 
 
 
396 aa  182  6e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08744  FMN dependent dehydrogenase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02720)  31.03 
 
 
403 aa  182  1e-44  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3845  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  31.7 
 
 
397 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>