More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1984 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 346 aa  673    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.016252  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0032  Alanine racemase  49.85 
 
 		 329 aa  261  8.999999999999999e-69  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.19154  normal  0.0639211 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0116  transcriptional regulator, LacI family  41.81 
 
 		 346 aa  233  3e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0292  transcriptional regulator, LacI family  46.65 
 
 		 336 aa  229  4e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  44.07 
 
 		 361 aa  224  2e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3350  LacI family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 364 aa  216  5e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4888  LacI family transcription regulator  39.46 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.630665  normal  0.338127 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  37.87 
 
 		 337 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0425  LacI family transcription regulator  39.41 
 
 		 364 aa  192  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.888688  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 348 aa  181  1e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  37.5 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.05 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  37.5 
 
 		 338 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  37.86 
 
 		 340 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  37.21 
 
 		 340 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6854  transcriptional regulator, LacI family  41.02 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000835434  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  37.06 
 
 		 340 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.34 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  37.2 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  35.95 
 
 		 329 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0436  LacI family transcription regulator  38.02 
 
 		 341 aa  174  2.9999999999999996e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.197252  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.42 
 
 		 347 aa  174  2.9999999999999996e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.23 
 
 		 353 aa  173  5e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0956  transcriptional regulator, LacI family  35.29 
 
 		 326 aa  172  1e-41  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.14 
 
 		 335 aa  172  1e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.22 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.44 
 
 		 335 aa  171  1e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.38 
 
 		 342 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5848  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 365 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 339 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  31.44 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.88 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  32.33 
 
 		 334 aa  167  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1905  LacI family transcription regulator  33.91 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.680295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.01 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  34.44 
 
 		 336 aa  166  5e-40  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  30.98 
 
 		 332 aa  166  6.9999999999999995e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1515  transcriptional regulator, LacI family  32.18 
 
 		 339 aa  166  8e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0699  transcriptional regulator, LacI family  32.18 
 
 		 341 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  34.36 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.96 
 
 		 347 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.29 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.46 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.46 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.46 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.46 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.46 
 
 		 341 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.29 
 
 		 342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.34 
 
 		 335 aa  163  5.0000000000000005e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 		 337 aa  162  6e-39  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.99 
 
 		 346 aa  162  6e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1333  transcriptional regulator, LacI family  34.8 
 
 		 347 aa  162  7e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00834702  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2870  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 		 342 aa  162  8.000000000000001e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  35.4 
 
 		 353 aa  162  8.000000000000001e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  35.22 
 
 		 343 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  35.22 
 
 		 343 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  35.22 
 
 		 343 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  32.52 
 
 		 341 aa  162  1e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  31.38 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  35.17 
 
 		 346 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2876  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 342 aa  160  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.900808  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  35.57 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  33.24 
 
 		 381 aa  160  4e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 343 aa  159  7e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.33 
 
 		 356 aa  159  7e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 343 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 342 aa  159  8e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  29.67 
 
 		 340 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.12 
 
 		 341 aa  158  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0279  transcriptional regulator, LacI family  35.57 
 
 		 351 aa  158  1e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  30.9 
 
 		 347 aa  157  2e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  33.22 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.96 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  32.68 
 
 		 332 aa  158  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  32.11 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 		 391 aa  157  3e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  33.03 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  34.69 
 
 		 354 aa  156  4e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.23 
 
 		 342 aa  157  4e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0927  LacI family transcription regulator  37.46 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1502  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.94 
 
 		 323 aa  156  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.725302 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  32.35 
 
 		 332 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4813  catabolite control protein A  33.01 
 
 		 332 aa  156  6e-37  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4410  catabolite control protein A  32.35 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  31.91 
 
 		 331 aa  155  7e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  34.22 
 
 		 346 aa  155  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4811  catabolite control protein A  32.68 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4795  catabolite control protein A  32.35 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  33.43 
 
 		 333 aa  155  7e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4479  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 342 aa  155  7e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.277487  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35.29 
 
 		 376 aa  155  8e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.66 
 
 		 343 aa  155  8e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  34.91 
 
 		 346 aa  155  8e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.66 
 
 		 343 aa  155  8e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 		 343 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.66 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.66 
 
 		 341 aa  155  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>