More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2871 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2871  cytochrome c assembly protein  100 
 
 		 276 aa  557  1e-158  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2890  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  34.6 
 
 		 275 aa  166  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0734214  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0594  cytochrome c assembly protein  34.85 
 
 		 275 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0705  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  35.29 
 
 		 276 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.80358  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0523  cytochrome c assembly protein  35.45 
 
 		 276 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0511  cytochrome c assembly protein  32.84 
 
 		 275 aa  157  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000900002  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1161  cytochrome c assembly protein  34.69 
 
 		 275 aa  154  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.14813  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0573  cytochrome c assembly protein  33.88 
 
 		 278 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3357  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.65 
 
 		 284 aa  152  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000743711  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0579  cytochrome c assembly protein  36.94 
 
 		 269 aa  152  8e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3558  cytochrome c assembly protein  33.92 
 
 		 286 aa  150  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2880  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  32.73 
 
 		 277 aa  142  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.976784  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3537  cytochrome c assembly protein  31.99 
 
 		 275 aa  143  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2200  cytochrome c assembly protein  30.74 
 
 		 276 aa  130  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1120  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.55 
 
 		 283 aa  125  9e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.226676  normal  0.779146 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3282  cytochrome c assembly protein  30.57 
 
 		 407 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3145  cytochrome c assembly protein  30.19 
 
 		 401 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1894  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.04 
 
 		 272 aa  120  3e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.29708  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8079  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  31.94 
 
 		 358 aa  120  3e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0986266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2228  ABC-type transport system, permease component  30.5 
 
 		 285 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.062571  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0254  cytochrome c assembly protein  33.19 
 
 		 378 aa  118  9e-26  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.409306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3481  cytochrome c assembly protein  29.06 
 
 		 396 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0361  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.06 
 
 		 396 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.342475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0310  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.06 
 
 		 396 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.269517 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0382  cytochrome c assembly protein  29.06 
 
 		 396 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0171  putative heme transporter  29.58 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2725  cytochrome c assembly protein  29.06 
 
 		 396 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0301  cytochrome c assembly protein  29.06 
 
 		 396 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.816512  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0283  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.43 
 
 		 396 aa  116  5e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.19464  normal  0.962379 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2756  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.48 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00415775  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08031  putative heme transporter  29.58 
 
 		 315 aa  115  6e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.966125 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0703  cytochrome c assembly protein  28.45 
 
 		 283 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2075  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.02 
 
 		 258 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3712  cytochrome C assembly protein  28.68 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3135  cytochrome C assembly protein  28.68 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2597  cytochrome c assembly family protein  28.68 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3741  cytochrome c assembly family protein  28.68 
 
 		 408 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124691  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3512  cytochrome C assembly protein  28.68 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1958  cytochrome C assembly protein  28.68 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.32068  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3770  cytochrome C assembly protein  28.68 
 
 		 396 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1103  cytochrome c assembly protein  31.65 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208072  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3232  cytochrome c assembly protein  31.96 
 
 		 271 aa  113  3e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00268584  normal  0.260264 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3034  cytochrome c assembly family protein  28.3 
 
 		 396 aa  113  3e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4428  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  31.82 
 
 		 339 aa  114  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0547  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.06 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3609  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.7 
 
 		 401 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.122456  hitchhiker  0.00000004022 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0348  cytochrome c assembly protein  29.7 
 
 		 403 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00374335 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2701  CcsB  30.52 
 
 		 329 aa  112  9e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.223788  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3519  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.19 
 
 		 282 aa  111  1.0000000000000001e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00186818 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2851  cytochrome c assembly protein  30.09 
 
 		 395 aa  111  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.73 
 
 		 271 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3841  cytochrome c assembly protein  32.19 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000353743  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1231  heme transporter  30 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.892503  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2587  cytochrome c assembly protein  32.8 
 
 		 284 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.192397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.73 
 
 		 271 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0600631  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3453  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.63 
 
 		 282 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0684308  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4121  cytochrome c assembly protein  31.48 
 
 		 274 aa  110  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.492563 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0361  cytochrome c assembly protein  31.05 
 
 		 271 aa  110  3e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2805  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  28.09 
 
 		 405 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2995  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.64 
 
 		 328 aa  109  6e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0447  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.58 
 
 		 321 aa  108  7.000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08181  putative heme transporter  32.14 
 
 		 312 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0614  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  31.76 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08251  putative heme transporter  28.19 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.379611  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3263  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  28.3 
 
 		 395 aa  107  2e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147783  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4463  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.39 
 
 		 349 aa  107  2e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0773  putative heme transporter  27.97 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.694231  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08271  putative heme transporter  29.24 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.958198  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1133  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  25.71 
 
 		 438 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0091  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  28.36 
 
 		 454 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0695  cytochrome c assembly protein  31.94 
 
 		 283 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00968755  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0504  cytochrome c assembly protein  34.43 
 
 		 341 aa  107  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0350668  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0774  cytochrome c assembly protein  25.62 
 
 		 465 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0049  cytochrome c assembly protein  28.03 
 
 		 391 aa  106  4e-22  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00321304  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2514  cytochrome c assembly protein  30.59 
 
 		 284 aa  106  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000017273  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2985  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  29.15 
 
 		 395 aa  105  5e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1248  heme transporter  31.22 
 
 		 304 aa  105  6e-22  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16811  putative heme transporter  29.33 
 
 		 318 aa  105  6e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.89752 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2916  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  28.3 
 
 		 395 aa  105  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652315  hitchhiker  0.00362581 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2900  cytochrome c assembly protein  30.04 
 
 		 284 aa  105  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000276179  normal  0.563922 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0038  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.94 
 
 		 390 aa  105  8e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.854137 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43520  plastid-localized, cytochrome c assembly protein  29.77 
 
 		 295 aa  105  8e-22  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.635998 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1519  cytochrome c assembly protein  31.42 
 
 		 255 aa  105  9e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.92 
 
 		 340 aa  105  1e-21  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4570  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6117  cytochrome c assembly protein  31.86 
 
 		 396 aa  104  2e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0575  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like protein  30.05 
 
 		 320 aa  103  2e-21  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0524  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.09 
 
 		 301 aa  103  2e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389658 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5011  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.54 
 
 		 330 aa  103  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0185  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  27.82 
 
 		 379 aa  103  3e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107492  normal  0.161414 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.8 
 
 		 358 aa  103  3e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.795122  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09813  hypothetical protein  28.69 
 
 		 1054 aa  103  3e-21  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.48 
 
 		 405 aa  103  3e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0666  cytochrome c assembly protein  26.4 
 
 		 463 aa  103  4e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.813588  normal  0.0198915 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4471  cytochrome c assembly protein  29.18 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4302  cytochrome c assembly protein  29.18 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.694809  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4202  cytochrome c assembly protein  29.18 
 
 		 366 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3283  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  32.42 
 
 		 271 aa  102  5e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3088  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  30.04 
 
 		 360 aa  102  5e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0986  cytochrome c assembly protein  25.62 
 
 		 444 aa  102  5e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>