More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1133 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_0666  cytochrome c assembly protein  75.11 
 
 
463 aa  672    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.813588  normal  0.0198915 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5587  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  76.27 
 
 
446 aa  669    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.405546  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4837  cytochrome c assembly protein  73.08 
 
 
442 aa  641    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294706  normal  0.658248 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0774  cytochrome c assembly protein  77.38 
 
 
465 aa  677    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0986  cytochrome c assembly protein  77.73 
 
 
444 aa  670    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0712  cytochrome c assembly protein  76.59 
 
 
444 aa  678    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.189956 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0692  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  76.36 
 
 
444 aa  678    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.374119  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1133  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  100 
 
 
438 aa  869    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0434  putative cytochrome c asssembly protein  61.97 
 
 
473 aa  525  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.105274  normal  0.205387 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3282  cytochrome c assembly protein  61.75 
 
 
407 aa  499  1e-140  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3145  cytochrome c assembly protein  60.79 
 
 
401 aa  491  1e-137  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3741  cytochrome c assembly family protein  59.91 
 
 
408 aa  488  1e-137  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124691  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3712  cytochrome C assembly protein  60.14 
 
 
396 aa  489  1e-137  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3263  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  60.6 
 
 
395 aa  486  1e-136  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147783  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2597  cytochrome c assembly family protein  59.68 
 
 
396 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0361  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  58.14 
 
 
396 aa  486  1e-136  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.342475  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1958  cytochrome C assembly protein  59.68 
 
 
396 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.32068  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3034  cytochrome c assembly family protein  60.14 
 
 
396 aa  487  1e-136  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3770  cytochrome C assembly protein  59.91 
 
 
396 aa  488  1e-136  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3512  cytochrome C assembly protein  59.68 
 
 
396 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3135  cytochrome C assembly protein  59.68 
 
 
396 aa  487  1e-136  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2916  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  60.65 
 
 
395 aa  485  1e-136  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652315  hitchhiker  0.00362581 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3609  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  58.84 
 
 
401 aa  483  1e-135  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.122456  hitchhiker  0.00000004022 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2725  cytochrome c assembly protein  57.91 
 
 
396 aa  482  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0382  cytochrome c assembly protein  57.91 
 
 
396 aa  484  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0185  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  60.19 
 
 
379 aa  478  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107492  normal  0.161414 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3481  cytochrome c assembly protein  57.11 
 
 
396 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0310  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  56.75 
 
 
396 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.269517 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0283  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  58.14 
 
 
396 aa  480  1e-134  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.19464  normal  0.962379 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0348  cytochrome c assembly protein  58.37 
 
 
403 aa  479  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00374335 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0301  cytochrome c assembly protein  56.75 
 
 
396 aa  479  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.816512  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2805  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  57.83 
 
 
405 aa  478  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2985  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  60.83 
 
 
395 aa  473  1e-132  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0234  cytochrome c assembly protein  56.64 
 
 
381 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1528  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  54.19 
 
 
394 aa  433  1e-120  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.890342  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0038  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  50.94 
 
 
390 aa  395  1e-109  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.854137 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0049  cytochrome c assembly protein  50 
 
 
391 aa  387  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00321304  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0091  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  45.12 
 
 
454 aa  375  1e-103  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2851  cytochrome c assembly protein  49.41 
 
 
395 aa  371  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  46.44 
 
 
405 aa  365  1e-100  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2711  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.37 
 
 
395 aa  296  4e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0072374  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3113  cytochrome c-type biogenesis protein ResC  42.39 
 
 
352 aa  295  8e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2756  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.31 
 
 
283 aa  198  2.0000000000000003e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00415775  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0547  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.69 
 
 
282 aa  197  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2587  cytochrome c assembly protein  38.48 
 
 
284 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.192397  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2514  cytochrome c assembly protein  38.18 
 
 
284 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000017273  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0113  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.76 
 
 
373 aa  187  3e-46  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000313165  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2900  cytochrome c assembly protein  36.97 
 
 
284 aa  186  5e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000276179  normal  0.563922 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2228  ABC-type transport system, permease component  35.69 
 
 
285 aa  186  9e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.062571  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0614  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  36.36 
 
 
283 aa  184  3e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3841  cytochrome c assembly protein  36.04 
 
 
282 aa  182  1e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000353743  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1103  cytochrome c assembly protein  35.92 
 
 
278 aa  182  1e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208072  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3519  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.53 
 
 
282 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00186818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3453  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.63 
 
 
282 aa  171  2e-41  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0684308  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2200  cytochrome c assembly protein  38.2 
 
 
276 aa  171  3e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0695  cytochrome c assembly protein  36.45 
 
 
283 aa  171  3e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00968755  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3232  cytochrome c assembly protein  36.8 
 
 
271 aa  165  1.0000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00268584  normal  0.260264 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.16 
 
 
271 aa  162  9e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0513  cytochrome c assembly protein  32.94 
 
 
351 aa  161  2e-38  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.32 
 
 
271 aa  162  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0600631  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0633  cytochrome c assembly protein  32.76 
 
 
351 aa  160  4e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  hitchhiker  0.008383 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3065  cytochrome c biogenesis protein  36.63 
 
 
278 aa  159  8e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0504  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.77 
 
 
271 aa  159  8e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000138241  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0511  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like  35.37 
 
 
325 aa  159  1e-37  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3283  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  36.26 
 
 
271 aa  156  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2995  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.74 
 
 
328 aa  155  2e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3357  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.39 
 
 
284 aa  154  4e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000743711  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0048  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.55 
 
 
350 aa  153  5e-36  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0361  cytochrome c assembly protein  33.46 
 
 
271 aa  153  7e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2348  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.39 
 
 
341 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224264  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1231  heme transporter  32.98 
 
 
304 aa  151  3e-35  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.892503  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2297  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.39 
 
 
341 aa  151  3e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4463  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.86 
 
 
349 aa  148  2.0000000000000003e-34  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1248  heme transporter  34.15 
 
 
304 aa  144  3e-33  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08031  putative heme transporter  32.29 
 
 
315 aa  144  3e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.966125 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0171  putative heme transporter  31.94 
 
 
315 aa  144  4e-33  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0703  cytochrome c assembly protein  33.46 
 
 
283 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1894  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.58 
 
 
272 aa  140  3e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.29708  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2701  CcsB  31.83 
 
 
329 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.223788  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1120  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  29.19 
 
 
283 aa  137  4e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.226676  normal  0.779146 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16811  putative heme transporter  33.69 
 
 
318 aa  136  7.000000000000001e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.89752 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0513  cytochrome c assembly protein  32.58 
 
 
397 aa  135  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.525112  normal  0.322787 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09971  putative heme transporter  34.51 
 
 
311 aa  135  9.999999999999999e-31  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.671585  normal  0.218138 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0929  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  31.46 
 
 
346 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5011  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.96 
 
 
330 aa  134  3e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0401  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  28.25 
 
 
397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1398  cytochrome c assembly protein  26.74 
 
 
385 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.720843  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6117  cytochrome c assembly protein  33.08 
 
 
396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0254  cytochrome c assembly protein  33.82 
 
 
378 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.409306  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1199  cytochrome c assembly protein  28.46 
 
 
385 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08251  putative heme transporter  31.99 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.379611  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1530  resC protein  26.74 
 
 
385 aa  132  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2200  cytochrome c assembly protein  34.7 
 
 
327 aa  131  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1385  resC protein  26.22 
 
 
385 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0185485  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1358  cytochrome c biogenesis protein  26.22 
 
 
385 aa  131  3e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0913399  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1496  resC protein  26.22 
 
 
385 aa  131  3e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1568  resC protein  26.74 
 
 
385 aa  131  3e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.6021100000000005e-28 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3815  resC protein  26.22 
 
 
385 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000000474792 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0773  putative heme transporter  32.09 
 
 
309 aa  130  5.0000000000000004e-29  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.694231  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08271  putative heme transporter  32.09 
 
 
309 aa  129  8.000000000000001e-29  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.958198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>