More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3282 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007347  Reut_A3145  cytochrome c assembly protein  87.01 
 
 
401 aa  704    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3282  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
407 aa  810    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3263  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  79.64 
 
 
395 aa  626  1e-178  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147783  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2916  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  79.13 
 
 
395 aa  620  1e-177  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652315  hitchhiker  0.00362581 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3609  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  77.19 
 
 
401 aa  619  1e-176  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.122456  hitchhiker  0.00000004022 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0348  cytochrome c assembly protein  80.21 
 
 
403 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00374335 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3034  cytochrome c assembly family protein  74.26 
 
 
396 aa  608  1e-173  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2597  cytochrome c assembly family protein  74.01 
 
 
396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3741  cytochrome c assembly family protein  74.01 
 
 
408 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124691  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3481  cytochrome c assembly protein  75 
 
 
396 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0310  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  78.49 
 
 
396 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.269517 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1958  cytochrome C assembly protein  74.01 
 
 
396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.32068  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3712  cytochrome C assembly protein  74.26 
 
 
396 aa  603  1.0000000000000001e-171  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3512  cytochrome C assembly protein  74.01 
 
 
396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0301  cytochrome c assembly protein  78.49 
 
 
396 aa  604  1.0000000000000001e-171  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.816512  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0361  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  78.49 
 
 
396 aa  601  1.0000000000000001e-171  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.342475  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0283  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  79.3 
 
 
396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.19464  normal  0.962379 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3135  cytochrome C assembly protein  74.01 
 
 
396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2985  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  78.88 
 
 
395 aa  598  1e-170  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2805  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  73.2 
 
 
405 aa  598  1e-170  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3770  cytochrome C assembly protein  79.03 
 
 
396 aa  598  1e-170  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0382  cytochrome c assembly protein  78.23 
 
 
396 aa  599  1e-170  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2725  cytochrome c assembly protein  78.23 
 
 
396 aa  597  1e-169  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0185  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  71.39 
 
 
379 aa  547  1e-154  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107492  normal  0.161414 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0234  cytochrome c assembly protein  70 
 
 
381 aa  526  1e-148  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0712  cytochrome c assembly protein  63.24 
 
 
444 aa  521  1e-147  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.189956 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0692  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  63.24 
 
 
444 aa  520  1e-146  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.374119  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1528  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  69.84 
 
 
394 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.890342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5587  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  63.13 
 
 
446 aa  514  1.0000000000000001e-145  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.405546  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0666  cytochrome c assembly protein  61.88 
 
 
463 aa  515  1.0000000000000001e-145  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.813588  normal  0.0198915 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0774  cytochrome c assembly protein  59.48 
 
 
465 aa  512  1e-144  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0986  cytochrome c assembly protein  63.1 
 
 
444 aa  504  9.999999999999999e-143  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1133  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  61.75 
 
 
438 aa  499  1e-140  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4837  cytochrome c assembly protein  60.96 
 
 
442 aa  486  1e-136  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294706  normal  0.658248 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0038  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  56.2 
 
 
390 aa  420  1e-116  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.854137 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0049  cytochrome c assembly protein  57.26 
 
 
391 aa  416  9.999999999999999e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00321304  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  56.81 
 
 
405 aa  412  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2851  cytochrome c assembly protein  53.96 
 
 
395 aa  404  1e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0091  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  67.42 
 
 
454 aa  365  1e-100  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2711  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  45.38 
 
 
395 aa  321  9.999999999999999e-87  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0072374  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3113  cytochrome c-type biogenesis protein ResC  49.1 
 
 
352 aa  318  7.999999999999999e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0434  putative cytochrome c asssembly protein  55.94 
 
 
473 aa  301  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.105274  normal  0.205387 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2587  cytochrome c assembly protein  46.15 
 
 
284 aa  211  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.192397  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3519  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.16 
 
 
282 aa  206  9e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00186818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3453  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.46 
 
 
282 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0684308  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2756  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.75 
 
 
283 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00415775  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0547  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  44.89 
 
 
282 aa  204  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2200  cytochrome c assembly protein  43.01 
 
 
276 aa  202  7e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2228  ABC-type transport system, permease component  44.27 
 
 
285 aa  200  3e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.062571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2514  cytochrome c assembly protein  43.75 
 
 
284 aa  199  9e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000017273  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2900  cytochrome c assembly protein  43.01 
 
 
284 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000276179  normal  0.563922 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3841  cytochrome c assembly protein  43.38 
 
 
282 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000353743  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1103  cytochrome c assembly protein  43.5 
 
 
278 aa  197  3e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208072  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0614  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  43.38 
 
 
283 aa  195  1e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3232  cytochrome c assembly protein  41.54 
 
 
271 aa  194  3e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00268584  normal  0.260264 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.46 
 
 
271 aa  188  1e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0600631  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  45 
 
 
271 aa  187  2e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3283  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  44.64 
 
 
271 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0361  cytochrome c assembly protein  44.09 
 
 
271 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0695  cytochrome c assembly protein  39.48 
 
 
283 aa  182  6e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00968755  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0504  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40 
 
 
271 aa  181  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000138241  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1049  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.85 
 
 
310 aa  176  5e-43  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143982  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1120  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.15 
 
 
283 aa  175  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.226676  normal  0.779146 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3357  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.32 
 
 
284 aa  170  4e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000743711  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3065  cytochrome c biogenesis protein  41.43 
 
 
278 aa  170  5e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0575  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like protein  41.74 
 
 
320 aa  162  9e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0703  cytochrome c assembly protein  37.61 
 
 
283 aa  157  2e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1519  cytochrome c assembly protein  41.25 
 
 
255 aa  158  2e-37  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1894  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.34 
 
 
272 aa  156  6e-37  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.29708  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2701  CcsB  37.82 
 
 
329 aa  154  2.9999999999999998e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.223788  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1231  heme transporter  36.86 
 
 
304 aa  154  4e-36  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.892503  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0272  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.28 
 
 
323 aa  152  8e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.480455  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0511  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like  32.31 
 
 
325 aa  150  4e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08031  putative heme transporter  36.02 
 
 
315 aa  149  1.0000000000000001e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.966125 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0171  putative heme transporter  35.63 
 
 
315 aa  147  3e-34  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4570  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.81 
 
 
309 aa  145  9e-34  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0254  cytochrome c assembly protein  37.55 
 
 
378 aa  145  9e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.409306  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2995  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.33 
 
 
328 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4428  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.16 
 
 
339 aa  144  2e-33  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5011  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.46 
 
 
330 aa  144  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6117  cytochrome c assembly protein  38.46 
 
 
396 aa  144  3e-33  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0929  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.48 
 
 
346 aa  143  5e-33  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02970  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.67 
 
 
333 aa  143  6e-33  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0513  cytochrome c assembly protein  38.46 
 
 
397 aa  142  8e-33  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.525112  normal  0.322787 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6712  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.55 
 
 
321 aa  142  9.999999999999999e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09971  putative heme transporter  34.69 
 
 
311 aa  141  1.9999999999999998e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.671585  normal  0.218138 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2200  cytochrome c assembly protein  36.02 
 
 
327 aa  141  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2075  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.86 
 
 
258 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1248  heme transporter  35.69 
 
 
304 aa  139  7e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16811  putative heme transporter  35.74 
 
 
318 aa  139  8.999999999999999e-32  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.89752 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4095  cytochrome c assembly protein  39.13 
 
 
325 aa  139  8.999999999999999e-32  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.16923  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4515  cytochrome c assembly protein  39.13 
 
 
330 aa  136  6.0000000000000005e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0447  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.63 
 
 
321 aa  136  8e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0869  cytochrome c assembly protein  34.39 
 
 
327 aa  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.0057057  normal  0.189022 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0773  putative heme transporter  36.55 
 
 
309 aa  134  3e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.694231  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08251  putative heme transporter  36.36 
 
 
309 aa  134  3.9999999999999996e-30  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.379611  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0688  cytochrome c assembly protein  34.9 
 
 
334 aa  133  5e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0695  cytochrome c assembly protein  34.9 
 
 
334 aa  133  5e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0708  cytochrome c assembly protein  34.9 
 
 
334 aa  133  5e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.034343 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08271  putative heme transporter  36.55 
 
 
309 aa  132  7.999999999999999e-30  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.958198  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>