More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3453 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_3453  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  100 
 
 		 282 aa  569  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0684308  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3519  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  95.74 
 
 		 282 aa  530  1e-149  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00186818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3841  cytochrome c assembly protein  83.69 
 
 		 282 aa  491  9.999999999999999e-139  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000353743  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0614  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  78.65 
 
 		 283 aa  457  9.999999999999999e-129  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2900  cytochrome c assembly protein  75.44 
 
 		 284 aa  449  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000276179  normal  0.563922 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2514  cytochrome c assembly protein  74.38 
 
 		 284 aa  442  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000017273  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2756  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  74.11 
 
 		 283 aa  433  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00415775  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2587  cytochrome c assembly protein  71.28 
 
 		 284 aa  425  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.192397  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0547  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  72.6 
 
 		 282 aa  417  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2228  ABC-type transport system, permease component  54.39 
 
 		 285 aa  315  5e-85  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.062571  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0695  cytochrome c assembly protein  50 
 
 		 283 aa  285  4e-76  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00968755  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  48 
 
 		 271 aa  258  7e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  47.27 
 
 		 271 aa  258  1e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0600631  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3232  cytochrome c assembly protein  47.45 
 
 		 271 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00268584  normal  0.260264 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0361  cytochrome c assembly protein  47.27 
 
 		 271 aa  250  2e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1103  cytochrome c assembly protein  46.45 
 
 		 278 aa  248  7e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208072  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3357  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  44.84 
 
 		 284 aa  242  5e-63  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000743711  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2200  cytochrome c assembly protein  46.4 
 
 		 276 aa  241  1e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1120  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.97 
 
 		 283 aa  236  3e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.226676  normal  0.779146 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0504  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.8 
 
 		 271 aa  233  4.0000000000000004e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000138241  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3283  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  44.6 
 
 		 271 aa  229  3e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3065  cytochrome c biogenesis protein  44.36 
 
 		 278 aa  229  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0049  cytochrome c assembly protein  39.93 
 
 		 391 aa  217  2e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00321304  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0511  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like  41.12 
 
 		 325 aa  214  9.999999999999999e-55  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0703  cytochrome c assembly protein  39.64 
 
 		 283 aa  214  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  46.81 
 
 		 405 aa  211  7.999999999999999e-54  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0113  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.97 
 
 		 373 aa  211  9e-54  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000313165  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2985  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  41.81 
 
 		 395 aa  209  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1049  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.15 
 
 		 310 aa  207  1e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143982  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1958  cytochrome C assembly protein  40.28 
 
 		 396 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.32068  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3135  cytochrome C assembly protein  40.28 
 
 		 396 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2597  cytochrome c assembly family protein  40.28 
 
 		 396 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3741  cytochrome c assembly family protein  40.28 
 
 		 408 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124691  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3263  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.11 
 
 		 395 aa  206  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147783  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3512  cytochrome C assembly protein  40.28 
 
 		 396 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3712  cytochrome C assembly protein  40.28 
 
 		 396 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3770  cytochrome C assembly protein  40.28 
 
 		 396 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3034  cytochrome c assembly family protein  39.93 
 
 		 396 aa  206  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3282  cytochrome c assembly protein  41.81 
 
 		 407 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2916  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.11 
 
 		 395 aa  206  3e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652315  hitchhiker  0.00362581 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0361  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.93 
 
 		 396 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.342475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2725  cytochrome c assembly protein  39.93 
 
 		 396 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0382  cytochrome c assembly protein  39.93 
 
 		 396 aa  205  6e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3481  cytochrome c assembly protein  39.93 
 
 		 396 aa  205  7e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0283  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.28 
 
 		 396 aa  205  7e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.19464  normal  0.962379 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0310  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.93 
 
 		 396 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.269517 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2711  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.71 
 
 		 395 aa  204  9e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0072374  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0301  cytochrome c assembly protein  39.93 
 
 		 396 aa  205  9e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.816512  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3145  cytochrome c assembly protein  41.11 
 
 		 401 aa  204  1e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3113  cytochrome c-type biogenesis protein ResC  39.71 
 
 		 352 aa  204  1e-51  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2995  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.41 
 
 		 328 aa  204  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2805  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.35 
 
 		 405 aa  203  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2297  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.32 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2348  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.32 
 
 		 341 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0348  cytochrome c assembly protein  40.28 
 
 		 403 aa  202  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00374335 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4463  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.99 
 
 		 349 aa  202  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3609  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.93 
 
 		 401 aa  201  8e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.122456  hitchhiker  0.00000004022 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1528  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  44.68 
 
 		 394 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.890342  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2851  cytochrome c assembly protein  40.41 
 
 		 395 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0774  cytochrome c assembly protein  38.24 
 
 		 465 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0091  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.06 
 
 		 454 aa  196  5.000000000000001e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1231  heme transporter  42.35 
 
 		 304 aa  194  1e-48  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.892503  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0666  cytochrome c assembly protein  39.87 
 
 		 463 aa  193  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.813588  normal  0.0198915 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0712  cytochrome c assembly protein  36.53 
 
 		 444 aa  191  1e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.189956 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09971  putative heme transporter  42.08 
 
 		 311 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.671585  normal  0.218138 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0692  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.53 
 
 		 444 aa  191  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.374119  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0171  putative heme transporter  40.55 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08031  putative heme transporter  40.16 
 
 		 315 aa  189  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.966125 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0038  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.58 
 
 		 390 aa  188  7e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.854137 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5587  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.12 
 
 		 446 aa  188  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.405546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0185  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  44.07 
 
 		 379 aa  187  2e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107492  normal  0.161414 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1894  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.45 
 
 		 272 aa  186  6e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.29708  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0234  cytochrome c assembly protein  38.19 
 
 		 381 aa  185  6e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1248  heme transporter  41.34 
 
 		 304 aa  185  7e-46  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.771877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4837  cytochrome c assembly protein  36.12 
 
 		 442 aa  183  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.294706  normal  0.658248 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16811  putative heme transporter  41.09 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.89752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1133  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.74 
 
 		 438 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0986  cytochrome c assembly protein  36.12 
 
 		 444 aa  183  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.472219  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0773  putative heme transporter  42.91 
 
 		 309 aa  181  9.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.694231  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08271  putative heme transporter  39.19 
 
 		 309 aa  181  2e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.958198  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0254  cytochrome c assembly protein  41.82 
 
 		 378 aa  179  4e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.409306  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08251  putative heme transporter  39.93 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.379611  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_08181  putative heme transporter  42.62 
 
 		 312 aa  177  1e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4428  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.09 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3378  cytochrome c assembly protein  42.11 
 
 		 268 aa  177  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00167911  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3237  cytochrome c assembly protein  36.13 
 
 		 279 aa  176  6e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.30961  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0272  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.59 
 
 		 323 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.480455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2701  CcsB  39.69 
 
 		 329 aa  169  3e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.223788  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0434  putative cytochrome c asssembly protein  33.61 
 
 		 473 aa  169  4e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.105274  normal  0.205387 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6117  cytochrome c assembly protein  40 
 
 		 396 aa  169  5e-41  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0513  cytochrome c assembly protein  41.15 
 
 		 397 aa  166  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.525112  normal  0.322787 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1589  cytochrome c assembly protein  38.43 
 
 		 240 aa  165  6.9999999999999995e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0575  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like protein  37.5 
 
 		 320 aa  163  4.0000000000000004e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43520  plastid-localized, cytochrome c assembly protein  34.92 
 
 		 295 aa  161  1e-38  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.635998 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2200  cytochrome c assembly protein  34.34 
 
 		 327 aa  159  7e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5011  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.89 
 
 		 330 aa  158  9e-38  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3088  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.36 
 
 		 360 aa  157  2e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8079  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.8 
 
 		 358 aa  156  3e-37  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0986266  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17940  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis, permease component  37.5 
 
 		 366 aa  155  5.0000000000000005e-37  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.27 
 
 		 340 aa  155  6e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.383381 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>