More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_0406 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  100 
 
 		 271 aa  541  1e-153  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0600631  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  96.31 
 
 		 271 aa  526  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0361  cytochrome c assembly protein  78.6 
 
 		 271 aa  439  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3232  cytochrome c assembly protein  72.32 
 
 		 271 aa  422  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00268584  normal  0.260264 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3283  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  69.63 
 
 		 271 aa  387  1e-107  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0504  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  61.48 
 
 		 271 aa  342  5e-93  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000138241  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3378  cytochrome c assembly protein  56.49 
 
 		 268 aa  297  1e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00167911  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3065  cytochrome c biogenesis protein  53.7 
 
 		 278 aa  297  2e-79  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0614  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  48.92 
 
 		 283 aa  262  4e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2756  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  49.28 
 
 		 283 aa  260  2e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00415775  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2514  cytochrome c assembly protein  49.28 
 
 		 284 aa  259  3e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000017273  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3519  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  48.36 
 
 		 282 aa  258  5.0000000000000005e-68  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00186818 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3841  cytochrome c assembly protein  48.56 
 
 		 282 aa  257  2e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000353743  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2587  cytochrome c assembly protein  48.39 
 
 		 284 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.192397  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3453  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  47.27 
 
 		 282 aa  252  4.0000000000000004e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0684308  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2900  cytochrome c assembly protein  46.76 
 
 		 284 aa  248  8e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000276179  normal  0.563922 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0547  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  48.18 
 
 		 282 aa  246  3e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2200  cytochrome c assembly protein  45.02 
 
 		 276 aa  246  3e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0695  cytochrome c assembly protein  46.93 
 
 		 283 aa  229  2e-59  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00968755  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2228  ABC-type transport system, permease component  45.68 
 
 		 285 aa  229  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.062571  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1120  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.75 
 
 		 283 aa  228  5e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.226676  normal  0.779146 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0703  cytochrome c assembly protein  42.2 
 
 		 283 aa  227  2e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3357  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.21 
 
 		 284 aa  217  1e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000743711  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1103  cytochrome c assembly protein  44.09 
 
 		 278 aa  214  9e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208072  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3237  cytochrome c assembly protein  40.29 
 
 		 279 aa  211  9e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.30961  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4428  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.32 
 
 		 339 aa  198  7.999999999999999e-50  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1589  cytochrome c assembly protein  44.44 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  44.62 
 
 		 405 aa  195  7e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0049  cytochrome c assembly protein  38.55 
 
 		 391 aa  193  2e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00321304  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0254  cytochrome c assembly protein  41.77 
 
 		 378 aa  194  2e-48  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.409306  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2916  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.13 
 
 		 395 aa  192  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652315  hitchhiker  0.00362581 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0513  cytochrome c assembly protein  41.8 
 
 		 397 aa  192  5e-48  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.525112  normal  0.322787 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2985  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  40.43 
 
 		 395 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3263  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.84 
 
 		 395 aa  190  2e-47  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147783  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6117  cytochrome c assembly protein  41.02 
 
 		 396 aa  190  2e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3282  cytochrome c assembly protein  41.46 
 
 		 407 aa  188  7e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2701  CcsB  41.94 
 
 		 329 aa  187  1e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.223788  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1894  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.63 
 
 		 272 aa  187  1e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.29708  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3145  cytochrome c assembly protein  42.25 
 
 		 401 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2805  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  45.91 
 
 		 405 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2725  cytochrome c assembly protein  45.45 
 
 		 396 aa  185  8e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3481  cytochrome c assembly protein  41.34 
 
 		 396 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5011  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.23 
 
 		 330 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0310  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.34 
 
 		 396 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.269517 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0283  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  45 
 
 		 396 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.19464  normal  0.962379 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0511  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like  40.3 
 
 		 325 aa  184  2.0000000000000003e-45  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2851  cytochrome c assembly protein  43.69 
 
 		 395 aa  183  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0301  cytochrome c assembly protein  41.34 
 
 		 396 aa  183  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.816512  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0038  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.24 
 
 		 390 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.854137 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0361  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  45 
 
 		 396 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.342475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3034  cytochrome c assembly family protein  40.77 
 
 		 396 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0382  cytochrome c assembly protein  45 
 
 		 396 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3609  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.43 
 
 		 401 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.122456  hitchhiker  0.00000004022 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2711  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.33 
 
 		 395 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0072374  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0348  cytochrome c assembly protein  45 
 
 		 403 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00374335 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3770  cytochrome C assembly protein  40.64 
 
 		 396 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2597  cytochrome c assembly family protein  40.42 
 
 		 396 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3512  cytochrome C assembly protein  40.42 
 
 		 396 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3135  cytochrome C assembly protein  40.42 
 
 		 396 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1958  cytochrome C assembly protein  40.42 
 
 		 396 aa  182  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.32068  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3712  cytochrome C assembly protein  40.42 
 
 		 396 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3113  cytochrome c-type biogenesis protein ResC  39.33 
 
 		 352 aa  182  7e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3741  cytochrome c assembly family protein  40.42 
 
 		 408 aa  181  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124691  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1528  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.73 
 
 		 394 aa  181  1e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.890342  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2995  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.93 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4570  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.86 
 
 		 309 aa  181  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6712  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.92 
 
 		 321 aa  180  2e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2348  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.86 
 
 		 341 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.224264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2297  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.86 
 
 		 341 aa  178  7e-44  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0091  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.74 
 
 		 454 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4463  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.6 
 
 		 349 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0272  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.25 
 
 		 323 aa  175  7e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.480455  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08031  putative heme transporter  40 
 
 		 315 aa  174  9.999999999999999e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.966125 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1231  heme transporter  39.75 
 
 		 304 aa  174  9.999999999999999e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.892503  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0929  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.5 
 
 		 346 aa  174  9.999999999999999e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0633  cytochrome c assembly protein  35.99 
 
 		 351 aa  174  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.008383 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_09971  putative heme transporter  38.19 
 
 		 311 aa  174  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.671585  normal  0.218138 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0171  putative heme transporter  39.6 
 
 		 315 aa  173  1.9999999999999998e-42  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0185  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  37.09 
 
 		 379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107492  normal  0.161414 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0234  cytochrome c assembly protein  43.64 
 
 		 381 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02970  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.75 
 
 		 333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1049  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.33 
 
 		 310 aa  172  3.9999999999999995e-42  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143982  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8079  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.66 
 
 		 358 aa  172  6.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0986266  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0049  cytochrome c assembly protein  39.92 
 
 		 324 aa  170  2e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.255683 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2075  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.36 
 
 		 258 aa  170  3e-41  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0575  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like protein  39.13 
 
 		 320 aa  168  8e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0692  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.51 
 
 		 330 aa  166  2.9999999999999998e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0232519  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0666  cytochrome c assembly protein  34.87 
 
 		 463 aa  166  4e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.813588  normal  0.0198915 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0524  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.19 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00389658 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3088  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.08 
 
 		 360 aa  166  5e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10540  cytochrome C-type biogenesis protein ccsA  38.4 
 
 		 324 aa  165  8e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4471  cytochrome c assembly protein  39.67 
 
 		 366 aa  165  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4302  cytochrome c assembly protein  39.67 
 
 		 366 aa  165  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.694809  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4202  cytochrome c assembly protein  39.67 
 
 		 366 aa  165  8e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3289  cytochrome c assembly protein  38.87 
 
 		 381 aa  165  9e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0774  cytochrome c assembly protein  34.54 
 
 		 465 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0712  cytochrome c assembly protein  34.94 
 
 		 444 aa  164  1.0000000000000001e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.189956 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1519  cytochrome c assembly protein  42.01 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0688  cytochrome c assembly protein  38.46 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0708  cytochrome c assembly protein  38.46 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.034343 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>