More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_5011 on replicon NC_014211
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014211  Ndas_5011  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  100 
 
 
330 aa  653    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2701  CcsB  63.04 
 
 
329 aa  424  1e-118  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.223788  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4428  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  45.83 
 
 
339 aa  292  5e-78  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0575  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like protein  44.68 
 
 
320 aa  282  5.000000000000001e-75  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0272  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.64 
 
 
323 aa  261  2e-68  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.480455  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0513  cytochrome c assembly protein  50.18 
 
 
397 aa  260  3e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.525112  normal  0.322787 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0254  cytochrome c assembly protein  42.67 
 
 
378 aa  259  6e-68  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.409306  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6117  cytochrome c assembly protein  51.16 
 
 
396 aa  258  9e-68  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2820  cytochrome c assembly protein  46.55 
 
 
326 aa  254  1.0000000000000001e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4570  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  46.3 
 
 
309 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4512  cytochrome c assembly protein  45.42 
 
 
328 aa  253  3e-66  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1039  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.46 
 
 
361 aa  252  5.000000000000001e-66  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5339  cytochrome c assembly protein  48.84 
 
 
326 aa  252  6e-66  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5672  cytochrome c assembly protein  48.84 
 
 
326 aa  252  6e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.593468 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3702  cytochrome c assembly protein  48.84 
 
 
326 aa  252  6e-66  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0049  cytochrome c assembly protein  43.69 
 
 
324 aa  251  1e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.255683 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0692  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.94 
 
 
330 aa  250  2e-65  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0232519  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02970  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.25 
 
 
333 aa  248  7e-65  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10540  cytochrome C-type biogenesis protein ccsA  45.33 
 
 
324 aa  243  5e-63  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241853  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0869  cytochrome c assembly protein  43.99 
 
 
327 aa  242  7e-63  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.0057057  normal  0.189022 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0929  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.16 
 
 
346 aa  240  2.9999999999999997e-62  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0688  cytochrome c assembly protein  45.96 
 
 
334 aa  238  8e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0695  cytochrome c assembly protein  45.96 
 
 
334 aa  238  8e-62  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0708  cytochrome c assembly protein  45.96 
 
 
334 aa  238  8e-62  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.034343 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2200  cytochrome c assembly protein  44.01 
 
 
327 aa  238  1e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0824  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.86 
 
 
357 aa  237  2e-61  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.341691  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6712  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  46.24 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8079  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  47.39 
 
 
358 aa  227  2e-58  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0986266  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0524  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  47.96 
 
 
301 aa  220  1.9999999999999999e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00389658 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.71 
 
 
340 aa  216  5.9999999999999996e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0631  cytochrome c assembly protein  38.44 
 
 
328 aa  213  3.9999999999999995e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244792  hitchhiker  0.001469 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3289  cytochrome c assembly protein  43.65 
 
 
381 aa  211  1e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4574  cytochrome c assembly protein  38.32 
 
 
360 aa  211  2e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4095  cytochrome c assembly protein  38.46 
 
 
325 aa  207  3e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.16923  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3088  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.28 
 
 
360 aa  204  1e-51  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0504  cytochrome c assembly protein  43.02 
 
 
341 aa  205  1e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0350668  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4515  cytochrome c assembly protein  39.21 
 
 
330 aa  204  2e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17940  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis, permease component  36.91 
 
 
366 aa  204  2e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4471  cytochrome c assembly protein  39.07 
 
 
366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4302  cytochrome c assembly protein  39.07 
 
 
366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.694809  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4202  cytochrome c assembly protein  39.07 
 
 
366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0447  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.63 
 
 
321 aa  199  3.9999999999999996e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2200  cytochrome c assembly protein  42.13 
 
 
276 aa  192  5e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.23 
 
 
271 aa  191  2e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0600631  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  43.39 
 
 
358 aa  189  5.999999999999999e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.795122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.04 
 
 
271 aa  188  9e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0361  cytochrome c assembly protein  40.32 
 
 
271 aa  187  2e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3357  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.67 
 
 
284 aa  186  4e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000743711  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3232  cytochrome c assembly protein  40.73 
 
 
271 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00268584  normal  0.260264 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24320  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.17 
 
 
297 aa  180  2e-44  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.909816 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0504  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.76 
 
 
271 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000138241  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3283  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  40.96 
 
 
271 aa  179  7e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1120  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.49 
 
 
283 aa  175  9e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.226676  normal  0.779146 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3065  cytochrome c biogenesis protein  40.68 
 
 
278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0547  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.26 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2587  cytochrome c assembly protein  38.87 
 
 
284 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.192397  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2228  ABC-type transport system, permease component  40.48 
 
 
285 aa  172  5e-42  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.062571  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3841  cytochrome c assembly protein  41.74 
 
 
282 aa  172  5e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000353743  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2075  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.52 
 
 
258 aa  172  5e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2756  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.33 
 
 
283 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00415775  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2731  cytochrome c assembly protein  40.89 
 
 
341 aa  171  2e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0354846  normal  0.099851 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0703  cytochrome c assembly protein  38.91 
 
 
283 aa  168  1e-40  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2900  cytochrome c assembly protein  41.39 
 
 
284 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000276179  normal  0.563922 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.44 
 
 
351 aa  166  4e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.165529  normal  0.248135 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1049  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.66 
 
 
310 aa  165  8e-40  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143982  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0614  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  38.87 
 
 
283 aa  164  1.0000000000000001e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2514  cytochrome c assembly protein  39.33 
 
 
284 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000017273  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3519  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.96 
 
 
282 aa  161  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00186818 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3453  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.8 
 
 
282 aa  159  7e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0684308  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1894  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.19 
 
 
272 aa  159  9e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.29708  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0185  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  39.65 
 
 
379 aa  158  2e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107492  normal  0.161414 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0695  cytochrome c assembly protein  46.88 
 
 
283 aa  155  7e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00968755  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0234  cytochrome c assembly protein  36.33 
 
 
381 aa  155  9e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.64 
 
 
405 aa  154  1e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0038  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.44 
 
 
390 aa  155  1e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.854137 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2711  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.72 
 
 
395 aa  154  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0072374  unclonable  0.0000000000373166 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3113  cytochrome c-type biogenesis protein ResC  36.72 
 
 
352 aa  153  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0113  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.08 
 
 
373 aa  152  1e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000313165  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0091  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.01 
 
 
454 aa  151  2e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3263  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.89 
 
 
395 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147783  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1103  cytochrome c assembly protein  35.06 
 
 
278 aa  149  8e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0208072  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2851  cytochrome c assembly protein  38.33 
 
 
395 aa  148  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3609  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.7 
 
 
401 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.122456  hitchhiker  0.00000004022 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0348  cytochrome c assembly protein  38.77 
 
 
403 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00374335 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3282  cytochrome c assembly protein  39.21 
 
 
407 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2916  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.48 
 
 
395 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652315  hitchhiker  0.00362581 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2725  cytochrome c assembly protein  38.77 
 
 
396 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3034  cytochrome c assembly family protein  35.94 
 
 
396 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3481  cytochrome c assembly protein  38.33 
 
 
396 aa  145  9e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0361  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.33 
 
 
396 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.342475  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2805  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37 
 
 
405 aa  145  1e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3741  cytochrome c assembly family protein  35.94 
 
 
408 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124691  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0310  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.33 
 
 
396 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.269517 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0283  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.33 
 
 
396 aa  145  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.19464  normal  0.962379 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0301  cytochrome c assembly protein  38.33 
 
 
396 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.816512  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0382  cytochrome c assembly protein  38.33 
 
 
396 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3712  cytochrome C assembly protein  35.94 
 
 
396 aa  144  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3145  cytochrome c assembly protein  38.33 
 
 
401 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1958  cytochrome C assembly protein  35.94 
 
 
396 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.32068  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3512  cytochrome C assembly protein  35.94 
 
 
396 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>