More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_0504 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008699  Noca_0504  cytochrome c assembly protein  100 
 
 
341 aa  671    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0350668  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4428  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  50.79 
 
 
339 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8079  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  38.08 
 
 
358 aa  218  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0986266  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0254  cytochrome c assembly protein  46.48 
 
 
378 aa  216  5.9999999999999996e-55  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.409306  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0513  cytochrome c assembly protein  43.48 
 
 
397 aa  213  2.9999999999999995e-54  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.525112  normal  0.322787 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2200  cytochrome c assembly protein  44.72 
 
 
327 aa  208  8e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2701  CcsB  38.74 
 
 
329 aa  206  4e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.223788  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6712  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.51 
 
 
321 aa  206  5e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02970  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.3 
 
 
333 aa  202  5e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4570  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  45.09 
 
 
309 aa  202  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0272  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  47.74 
 
 
323 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.480455  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5011  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  42.6 
 
 
330 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0447  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.66 
 
 
321 aa  199  7.999999999999999e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6117  cytochrome c assembly protein  41.6 
 
 
396 aa  199  7.999999999999999e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.242647  normal  0.512672 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0049  cytochrome c assembly protein  45.22 
 
 
324 aa  192  6e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.255683 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0688  cytochrome c assembly protein  42.09 
 
 
334 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0695  cytochrome c assembly protein  42.09 
 
 
334 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3289  cytochrome c assembly protein  40.43 
 
 
381 aa  186  5e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.794512  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0708  cytochrome c assembly protein  42.09 
 
 
334 aa  186  5e-46  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.034343 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0524  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  44.96 
 
 
301 aa  186  7e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00389658 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0575  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like protein  44.16 
 
 
320 aa  185  9e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4574  cytochrome c assembly protein  44.19 
 
 
360 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0631  cytochrome c assembly protein  44.57 
 
 
328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.244792  hitchhiker  0.001469 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4095  cytochrome c assembly protein  38.46 
 
 
325 aa  184  3e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.16923  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0869  cytochrome c assembly protein  41.94 
 
 
327 aa  182  7e-45  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.0057057  normal  0.189022 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.11 
 
 
340 aa  182  8.000000000000001e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.383381 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5339  cytochrome c assembly protein  39.76 
 
 
326 aa  181  1e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4512  cytochrome c assembly protein  41.1 
 
 
328 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10540  cytochrome C-type biogenesis protein ccsA  42.05 
 
 
324 aa  181  1e-44  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00000000241853  normal 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5672  cytochrome c assembly protein  39.76 
 
 
326 aa  181  1e-44  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.593468 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3702  cytochrome c assembly protein  39.76 
 
 
326 aa  181  1e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3088  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.74 
 
 
360 aa  181  2e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4515  cytochrome c assembly protein  44.07 
 
 
330 aa  181  2e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00609835 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4471  cytochrome c assembly protein  37.5 
 
 
366 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4302  cytochrome c assembly protein  37.5 
 
 
366 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.694809  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4202  cytochrome c assembly protein  37.5 
 
 
366 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17940  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis, permease component  40.2 
 
 
366 aa  178  1e-43  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0692  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.57 
 
 
330 aa  177  2e-43  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0232519  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0929  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.56 
 
 
346 aa  176  4e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1039  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.55 
 
 
361 aa  176  7e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2200  cytochrome c assembly protein  42.46 
 
 
276 aa  175  8e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.418476 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2820  cytochrome c assembly protein  42.75 
 
 
326 aa  175  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0824  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.96 
 
 
357 aa  175  9.999999999999999e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.341691  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24230  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.34 
 
 
358 aa  169  4e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.795122  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.46 
 
 
271 aa  157  2e-37  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0406  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.46 
 
 
271 aa  157  2e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0600631  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24320  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.5 
 
 
297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.909816 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3232  cytochrome c assembly protein  36.36 
 
 
271 aa  153  5e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00268584  normal  0.260264 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3357  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.17 
 
 
284 aa  152  8e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000743711  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0361  cytochrome c assembly protein  35.27 
 
 
271 aa  151  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000960033  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0703  cytochrome c assembly protein  41.07 
 
 
283 aa  150  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2228  ABC-type transport system, permease component  36.26 
 
 
285 aa  151  2e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.062571  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0504  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  39.64 
 
 
271 aa  151  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000138241  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1120  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  33.99 
 
 
283 aa  149  6e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.226676  normal  0.779146 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3065  cytochrome c biogenesis protein  36.55 
 
 
278 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000253378  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2900  cytochrome c assembly protein  36.99 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000276179  normal  0.563922 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2587  cytochrome c assembly protein  35.94 
 
 
284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.192397  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2731  cytochrome c assembly protein  39.13 
 
 
341 aa  147  3e-34  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0354846  normal  0.099851 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1049  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  34.77 
 
 
310 aa  147  3e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000143982  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2075  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  41.32 
 
 
258 aa  147  3e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2514  cytochrome c assembly protein  34.98 
 
 
284 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000017273  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3841  cytochrome c assembly protein  34.1 
 
 
282 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000353743  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1894  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  40.83 
 
 
272 aa  146  5e-34  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.29708  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0614  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  34.35 
 
 
283 aa  146  6e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3283  CcmF/CcyK/CcsA family cytochrome c biogenesis protein  35.86 
 
 
271 aa  144  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0547  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.74 
 
 
282 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2756  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.65 
 
 
283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00415775  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0049  cytochrome c assembly protein  32.82 
 
 
391 aa  136  5e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00321304  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0185  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  37.74 
 
 
379 aa  136  7.000000000000001e-31  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.107492  normal  0.161414 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3519  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.16 
 
 
282 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00186818 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3034  cytochrome c assembly family protein  37.88 
 
 
396 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3263  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.63 
 
 
395 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147783  normal  0.312102 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2597  cytochrome c assembly family protein  37.88 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3712  cytochrome C assembly protein  37.88 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3741  cytochrome c assembly family protein  37.88 
 
 
408 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.124691  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1958  cytochrome C assembly protein  37.88 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.32068  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3453  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.16 
 
 
282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0684308  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3135  cytochrome C assembly protein  37.88 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3512  cytochrome C assembly protein  37.88 
 
 
396 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2985  putative transmembrane cytochrome C-type biogenesis transmembrane protein  39.01 
 
 
395 aa  134  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3770  cytochrome C assembly protein  37.88 
 
 
396 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0310  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.88 
 
 
396 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.269517 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3481  cytochrome c assembly protein  37.88 
 
 
396 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2916  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.26 
 
 
395 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.652315  hitchhiker  0.00362581 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0301  cytochrome c assembly protein  37.88 
 
 
396 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.816512  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2725  cytochrome c assembly protein  37.5 
 
 
396 aa  132  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0382  cytochrome c assembly protein  37.5 
 
 
396 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0361  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.5 
 
 
396 aa  132  9e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.342475  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3282  cytochrome c assembly protein  37.12 
 
 
407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0091  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.36 
 
 
454 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3145  cytochrome c assembly protein  39.73 
 
 
401 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0283  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  37.5 
 
 
396 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.19464  normal  0.962379 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0695  cytochrome c assembly protein  33.33 
 
 
283 aa  130  5.0000000000000004e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.00968755  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3251  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  55.96 
 
 
351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.165529  normal  0.248135 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2805  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  35.61 
 
 
405 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0511  ABC-type transport system involved in cytochrome c biogenesis permease component-like  37.88 
 
 
325 aa  128  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2168  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.58 
 
 
405 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3609  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  36.74 
 
 
401 aa  127  3e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.122456  hitchhiker  0.00000004022 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0038  cytochrome c-type biogenesis protein CcsB  32.33 
 
 
390 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.854137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0348  cytochrome c assembly protein  36.74 
 
 
403 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00374335 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>