More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1440 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1440  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  100 
 
 
154 aa  313  5e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2814  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  93.51 
 
 
154 aa  297  3e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2097  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  68.42 
 
 
143 aa  199  9.999999999999999e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0730  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.89 
 
 
156 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1023  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.08 
 
 
154 aa  107  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1529  hypothetical protein  45.38 
 
 
154 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582801  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.58 
 
 
145 aa  77  0.00000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.11 
 
 
147 aa  67.4  0.00000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1800  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.78 
 
 
150 aa  62.8  0.000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2094  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.06 
 
 
136 aa  62  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.65276  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0818  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.7 
 
 
126 aa  61.6  0.000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.17 
 
 
168 aa  61.6  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2964  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.1 
 
 
137 aa  60.8  0.000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00065561  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  27.33 
 
 
162 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  27.33 
 
 
162 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  27.33 
 
 
162 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0936  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.68 
 
 
137 aa  60.1  0.00000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  32.37 
 
 
153 aa  58.9  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  26.71 
 
 
165 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  26.71 
 
 
162 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  30.95 
 
 
162 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  30.95 
 
 
162 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3795  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.28 
 
 
151 aa  57.8  0.00000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0204698  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3582  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  25.9 
 
 
146 aa  57.4  0.00000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000128686  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  30.95 
 
 
164 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2506  Rrf2 family protein  36.9 
 
 
150 aa  56.2  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2456  hypothetical protein  31.62 
 
 
143 aa  56.6  0.0000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.62 
 
 
150 aa  56.6  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0843  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.85 
 
 
181 aa  56.6  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.000000361786  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2600  hypothetical protein  30.88 
 
 
143 aa  56.2  0.0000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.04 
 
 
156 aa  55.8  0.0000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3141  Rrf2 family protein  35.42 
 
 
146 aa  56.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200372  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.33 
 
 
165 aa  56.2  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2739  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.42 
 
 
146 aa  56.2  0.0000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.17095  hitchhiker  0.0000000146105 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2060  iron-sulphur cluster assembly transcription factor IscR  28.57 
 
 
162 aa  55.1  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0325541  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3654  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  24.49 
 
 
149 aa  55.5  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  6.02154e-20 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3024  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.25 
 
 
145 aa  54.7  0.0000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.37 
 
 
160 aa  55.1  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  24.81 
 
 
150 aa  54.7  0.0000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.209804  normal  0.479131 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.16 
 
 
145 aa  54.7  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.16 
 
 
145 aa  54.7  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3516  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.1 
 
 
180 aa  54.3  0.0000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00768714  normal  0.63331 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2975  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.82 
 
 
184 aa  54.3  0.0000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.672436  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0423  transcriptional regulator  28.03 
 
 
154 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0961866  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  30.66 
 
 
143 aa  54.3  0.0000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.82 
 
 
166 aa  53.9  0.0000007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  31.88 
 
 
144 aa  53.9  0.0000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0485  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
145 aa  54.3  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0373904  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.06 
 
 
157 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  31.06 
 
 
157 aa  53.9  0.0000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.77 
 
 
175 aa  53.9  0.0000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3240  Rrf2 family protein  32.14 
 
 
175 aa  53.9  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000396914  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.92 
 
 
153 aa  53.9  0.0000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2841  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.14 
 
 
162 aa  53.9  0.0000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000000215592  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01980  Rrf2 family protein  30.12 
 
 
152 aa  53.5  0.000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491455  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  28.47 
 
 
146 aa  53.1  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.82 
 
 
166 aa  53.5  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0540  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  23.66 
 
 
150 aa  52.4  0.000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00085  YhdE (NsrR)  34.57 
 
 
150 aa  52.4  0.000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3040  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  27.86 
 
 
149 aa  52.4  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.323158 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1931  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.56 
 
 
135 aa  52.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000501375  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0788  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.9 
 
 
145 aa  52.4  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2412  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.03 
 
 
150 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.141233  normal  0.2318 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.56 
 
 
156 aa  52.8  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000346494  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.26 
 
 
166 aa  52.4  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1523  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.03 
 
 
181 aa  52.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2034  Rrf2 family protein (putative transcriptional regulator)  27.54 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1241  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  28.79 
 
 
134 aa  52.8  0.000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0019006  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0226  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.68 
 
 
162 aa  52.8  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  25.34 
 
 
147 aa  52  0.000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1232  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.32 
 
 
155 aa  51.6  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.618772  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2223  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.36 
 
 
151 aa  52.4  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.339527  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4024  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  26.32 
 
 
151 aa  52  0.000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.89096  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.56 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  27.56 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  27.56 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.24 
 
 
163 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2514  rrf2 family protein  31.87 
 
 
133 aa  51.6  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0618059 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  27.56 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  27.56 
 
 
141 aa  51.6  0.000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.53 
 
 
163 aa  51.2  0.000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2582  rrf2 family protein  32.14 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0122402  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2791  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.9 
 
 
162 aa  51.2  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.506463 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2769  rrf2 family protein  32.14 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2779  rrf2 family protein  32.14 
 
 
133 aa  51.2  0.000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2958  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.36 
 
 
179 aa  51.2  0.000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.128614 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1933  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  25.74 
 
 
148 aa  50.8  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00888361  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04790  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.83 
 
 
136 aa  51.2  0.000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000203075  normal  0.747487 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  27.56 
 
 
141 aa  50.8  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0154  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.72 
 
 
168 aa  50.8  0.000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.461852 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0076  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.28 
 
 
146 aa  51.2  0.000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.285137  normal  0.795882 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.56 
 
 
141 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0536  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40 
 
 
143 aa  50.8  0.000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.315603  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  27.56 
 
 
141 aa  50.8  0.000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1660  transcriptional regulator  25.56 
 
 
150 aa  50.8  0.000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278304 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1843  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.67 
 
 
139 aa  50.4  0.000008  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.795397  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  26.77 
 
 
141 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  26.77 
 
 
141 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  26.77 
 
 
141 aa  50.4  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.17 
 
 
147 aa  50.4  0.000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>