More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lferr_2739 on replicon NC_011206
Organism: Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011761  AFE_3141  Rrf2 family protein  100 
 
 
146 aa  299  7.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.200372  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2739  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  100 
 
 
146 aa  299  7.000000000000001e-81  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.17095  hitchhiker  0.0000000146105 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3240  Rrf2 family protein  53.33 
 
 
175 aa  152  1e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  unclonable  0.000396914  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2841  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  53.33 
 
 
162 aa  151  2e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  unclonable  0.000000000215592  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.31 
 
 
154 aa  109  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0219381 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1774  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.4 
 
 
156 aa  105  1e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1931  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.86 
 
 
135 aa  84.3  6e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000501375  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1268  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.83 
 
 
137 aa  81.6  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000462831  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2009  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.58 
 
 
142 aa  80.5  0.000000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3015  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.83 
 
 
136 aa  80.5  0.000000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1241  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.81 
 
 
134 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0019006  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1639  Rrf2 family protein  33.33 
 
 
136 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.132012  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2184  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.85 
 
 
145 aa  77  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0423  transcriptional regulator  33.06 
 
 
154 aa  73.9  0.0000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0961866  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0538  hypothetical protein  31.54 
 
 
136 aa  73.6  0.000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.209147  normal  0.581853 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1168  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.63 
 
 
134 aa  73.2  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000039809  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2164  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.3 
 
 
137 aa  72.8  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000101301  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2964  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
137 aa  68.2  0.00000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00065561  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1452  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.04 
 
 
273 aa  67.8  0.00000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0426602  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2034  Rrf2 family protein (putative transcriptional regulator)  38.68 
 
 
134 aa  65.5  0.0000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5784  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.61 
 
 
144 aa  65.1  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.969814  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1861  putative Fe-S cluster regulator protein  30.3 
 
 
147 aa  65.5  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.34065e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2411  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.03 
 
 
149 aa  64.7  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1940  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.87 
 
 
141 aa  64.3  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.107659  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1906  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.78 
 
 
137 aa  63.9  0.0000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000482606  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0830  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.7 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.6836  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0731  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  26.52 
 
 
145 aa  62.8  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.73 
 
 
143 aa  62.4  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000242173  normal  0.835381 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1266  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.82 
 
 
138 aa  62.8  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1191  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.82 
 
 
168 aa  62  0.000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.0000485487  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0683  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.4 
 
 
164 aa  62  0.000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000000630574  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1366  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.33 
 
 
159 aa  61.2  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05995  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  36.96 
 
 
136 aa  61.6  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.258374  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3187  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.36 
 
 
153 aa  61.2  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1265  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.33 
 
 
160 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1277  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.03 
 
 
158 aa  61.2  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1364  transcriptional regulator, Rrf2 family  36.79 
 
 
135 aa  60.8  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000386131  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0872  transcriptional regulator  41.18 
 
 
168 aa  60.8  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0670352  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2583  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.33 
 
 
159 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.293791  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.71 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2618  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.81 
 
 
156 aa  60.8  0.000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3061  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.96 
 
 
162 aa  60.5  0.000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.325314  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1071  hypothetical protein  41.18 
 
 
168 aa  60.5  0.000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0909  hypothetical protein  41.18 
 
 
168 aa  60.5  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0967  hypothetical protein  41.18 
 
 
168 aa  60.5  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0494  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  28.46 
 
 
143 aa  60.5  0.000000008  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.371305  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2919  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.63 
 
 
134 aa  60.5  0.000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.71182 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0779  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.4 
 
 
132 aa  60.1  0.000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.133557  normal  0.384095 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0676  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30 
 
 
137 aa  60.1  0.00000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.0439993 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1077  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.58 
 
 
147 aa  60.1  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.333641  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 
159 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.33 
 
 
159 aa  58.9  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1554  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.91 
 
 
134 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.229511  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0194  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.85 
 
 
146 aa  58.5  0.00000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1824  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.36 
 
 
143 aa  58.5  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01054  hypothetical protein  31.06 
 
 
168 aa  58.5  0.00000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1826  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.48 
 
 
153 aa  58.2  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.450055 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2779  rrf2 family protein  29.57 
 
 
133 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0818  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.9 
 
 
126 aa  58.2  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1064  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.19 
 
 
143 aa  57.8  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0963  RrF2 family protein, putative  30.83 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.739933  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2582  rrf2 family protein  25.37 
 
 
133 aa  57.8  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0122402  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2814  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.42 
 
 
154 aa  57.8  0.00000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1028  putative RrF2 family protein  30.83 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.170763  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2769  rrf2 family protein  25.37 
 
 
133 aa  57.8  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0891  RrF2 family protein, putative  30.83 
 
 
136 aa  57.8  0.00000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.36 
 
 
140 aa  57.8  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2040  rrf2 family protein  31.62 
 
 
153 aa  57.8  0.00000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1756  hypothetical protein  31.62 
 
 
153 aa  57.8  0.00000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00118486  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1300  hypothetical protein  31.52 
 
 
186 aa  57.4  0.00000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2571  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.07 
 
 
133 aa  57.4  0.00000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.184725  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2514  rrf2 family protein  25.37 
 
 
133 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0618059 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1486  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.01 
 
 
158 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000176425  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1204  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
173 aa  57.4  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.351528  normal  0.116676 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1648  Iron-sulphur cluster assembly transcription factor IscR  31.08 
 
 
166 aa  57  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.223295  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2028  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.77 
 
 
154 aa  57  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0111127  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  34.44 
 
 
141 aa  56.6  0.0000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1598  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  25.6 
 
 
149 aa  56.6  0.0000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000262092  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1440  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.42 
 
 
154 aa  56.2  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2060  iron-sulphur cluster assembly transcription factor IscR  29.23 
 
 
162 aa  56.6  0.0000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0325541  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0224  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.43 
 
 
167 aa  56.2  0.0000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.997359 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2010  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.91 
 
 
144 aa  56.6  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2269  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.48 
 
 
174 aa  56.6  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0360  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  30.07 
 
 
152 aa  56.6  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000032246  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  34.44 
 
 
141 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3908  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.7 
 
 
154 aa  55.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000530903  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  34.44 
 
 
141 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  34.44 
 
 
141 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2491  hypothetical protein  29.75 
 
 
158 aa  55.5  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0921  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.56 
 
 
173 aa  55.8  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.343392 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0725  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.83 
 
 
133 aa  55.5  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  decreased coverage  0.0000720218  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3702  hypothetical protein  34.04 
 
 
151 aa  55.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  34.44 
 
 
141 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  35.78 
 
 
153 aa  55.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  34.44 
 
 
141 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0936  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.08 
 
 
137 aa  56.2  0.0000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0276  hypothetical protein  30 
 
 
188 aa  55.5  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00556967  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1607  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.82 
 
 
144 aa  55.8  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.690617  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2094  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.25 
 
 
136 aa  55.5  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.65276  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3812  transcriptional regulator, Rrf2 family  35.11 
 
 
147 aa  55.1  0.0000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>