More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1660 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_1660  transcriptional regulator  100 
 
 
150 aa  306  5.9999999999999995e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278304 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1131  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  61.54 
 
 
144 aa  180  6e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2888  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  61.54 
 
 
144 aa  180  7e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.215131  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1534  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  61.54 
 
 
144 aa  180  7e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.353948  normal  0.464781 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2272  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  52 
 
 
154 aa  157  7e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.257031  normal  0.323507 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0528  iron-responsive transcriptional regulator  44.97 
 
 
153 aa  129  9e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0562  iron-responsive transcriptional regulator  44.97 
 
 
153 aa  129  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.23721  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0328  iron-responsive transcriptional regulator  44.97 
 
 
154 aa  125  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.069835 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3617  iron-responsive transcriptional regulator  45.14 
 
 
153 aa  124  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.973931  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1445  iron-responsive transcriptional regulator  42.28 
 
 
153 aa  122  1e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0421  iron-responsive transcriptional regulator  43.4 
 
 
160 aa  120  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0531604  hitchhiker  0.00267682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.94 
 
 
159 aa  119  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0389  iron-responsive transcriptional regulator  43.51 
 
 
160 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00187363  normal  0.229909 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.1 
 
 
146 aa  118  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.27 
 
 
159 aa  117  3.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.42 
 
 
160 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  39.33 
 
 
153 aa  116  7.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0838  iron-responsive transcriptional regulator  44.14 
 
 
156 aa  116  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3040  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.57 
 
 
149 aa  116  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.323158 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.66 
 
 
147 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.93 
 
 
156 aa  114  3.9999999999999997e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  40.27 
 
 
172 aa  114  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.33 
 
 
156 aa  114  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00085  YhdE (NsrR)  44.12 
 
 
150 aa  114  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  43.45 
 
 
157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  43.51 
 
 
162 aa  112  1.0000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.45 
 
 
157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  43.51 
 
 
165 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  43.51 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  43.51 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.42 
 
 
168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  43.51 
 
 
164 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  43.51 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  43.51 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  43.51 
 
 
162 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1866  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.44 
 
 
154 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.38 
 
 
163 aa  108  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.33 
 
 
163 aa  108  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.27 
 
 
150 aa  108  3e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4474  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.76 
 
 
151 aa  107  8.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000199058  hitchhiker  0.00000000296889 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  40.69 
 
 
150 aa  107  8.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.65 
 
 
175 aa  106  1e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2918  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.67 
 
 
159 aa  105  2e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.996999  normal  0.248939 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.57 
 
 
147 aa  105  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.12 
 
 
145 aa  104  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.06 
 
 
149 aa  105  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.43 
 
 
147 aa  104  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0226  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.33 
 
 
162 aa  104  4e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.81 
 
 
145 aa  104  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.85 
 
 
166 aa  102  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.85 
 
 
166 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00086  transcriptional repressor NsrR  41.78 
 
 
141 aa  102  2e-21  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0518  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.17 
 
 
146 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0438222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.93 
 
 
171 aa  101  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  36 
 
 
175 aa  101  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.52 
 
 
150 aa  101  3e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4024  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  36.05 
 
 
151 aa  101  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.89096  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0536  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.28 
 
 
143 aa  101  4e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.315603  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0640  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.97 
 
 
149 aa  99.4  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.26 
 
 
172 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.26 
 
 
172 aa  99.8  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.106493 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.51 
 
 
171 aa  99  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  42.97 
 
 
140 aa  99  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002267  nitrite-sensitive transcriptional repressor NsrR  41.78 
 
 
141 aa  99  2e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.6 
 
 
171 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.6 
 
 
171 aa  99.4  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.18 
 
 
165 aa  97.8  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1425  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.51 
 
 
161 aa  97.8  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0574582  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.77 
 
 
153 aa  97.8  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  38.67 
 
 
166 aa  97.4  6e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  37.58 
 
 
166 aa  97.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 
141 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 
141 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 
141 aa  97.1  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.66 
 
 
151 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.22 
 
 
142 aa  97.1  8e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.66 
 
 
151 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.66 
 
 
151 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  35.66 
 
 
151 aa  97.1  8e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  33.79 
 
 
147 aa  96.7  9e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4881  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.66 
 
 
152 aa  96.7  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.27 
 
 
151 aa  96.3  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.370774  hitchhiker  0.00270297 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0056  Rrf2 family protein  36.36 
 
 
151 aa  96.3  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0941015  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  38.62 
 
 
141 aa  95.5  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  39.31 
 
 
162 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2653  hypothetical protein  40 
 
 
142 aa  95.5  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.87475  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  39.31 
 
 
162 aa  95.5  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  37.93 
 
 
141 aa  95.9  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0041  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.27 
 
 
151 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0191012  hitchhiker  0.000277794 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0854  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.33 
 
 
151 aa  95.9  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0962468 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0047  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.27 
 
 
151 aa  95.9  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000883142 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.31 
 
 
141 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0036  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.97 
 
 
151 aa  94.7  4e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  39.31 
 
 
141 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  39.31 
 
 
141 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  39.31 
 
 
141 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  39.31 
 
 
141 aa  94.7  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.31 
 
 
141 aa  94  6e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  39.31 
 
 
141 aa  94  6e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3603  transcriptional repressor NsrR  37.24 
 
 
141 aa  93.6  8e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>