More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3024 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3024  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 		 145 aa  290  4e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  58.09 
 
 		 145 aa  165  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1843  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50.39 
 
 		 139 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.795397  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1872  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 		 171 aa  130  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628801  hitchhiker  0.000127972 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1786  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  50 
 
 		 172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1758  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 172 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.106493 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6231  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 171 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1848  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  49.28 
 
 		 171 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5149  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.91 
 
 		 171 aa  123  7e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.911409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 156 aa  123  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 166 aa  122  2e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.878205  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2510  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.85 
 
 		 166 aa  122  2e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2545  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.46 
 
 		 147 aa  120  5e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0101  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.27 
 
 		 146 aa  119  9.999999999999999e-27  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.464439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3492  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.19 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1800  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.76 
 
 		 150 aa  119  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3397  hypothetical protein  44.96 
 
 		 172 aa  118  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0854  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 151 aa  117  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0962468 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1425  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 161 aa  117  6e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0574582  hitchhiker  0.00433375 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1628  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.08 
 
 		 147 aa  115  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3608  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.56 
 
 		 159 aa  116  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2306  putative transcriptional regulator  47.73 
 
 		 139 aa  116  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1690  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.51 
 
 		 147 aa  116  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0968234  normal  0.880736 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0412  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.06 
 
 		 163 aa  115  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3341  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 145 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2375  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 166 aa  114  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1812  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.32 
 
 		 166 aa  115  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.502319  normal  0.154118 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3286  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  46.51 
 
 		 159 aa  115  3e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4066  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  47.69 
 
 		 145 aa  115  3e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3229  hypothetical protein  46.92 
 
 		 144 aa  114  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0937  transcriptional regulator, TrmB  44.29 
 
 		 175 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.901092 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0968  rrf2 family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.438038  normal  0.0231013 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0932  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.84 
 
 		 157 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0908  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  48.84 
 
 		 160 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.459375  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  41.38 
 
 		 162 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  41.38 
 
 		 162 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3642  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 163 aa  111  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0315634 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1883  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 169 aa  111  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00237919  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4279  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.67 
 
 		 153 aa  111  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  41.38 
 
 		 162 aa  111  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  40.69 
 
 		 164 aa  110  4.0000000000000004e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1447  Rrf2 family protein  45.67 
 
 		 143 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0973586  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  40.69 
 
 		 162 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002267  nitrite-sensitive transcriptional repressor NsrR  44.62 
 
 		 141 aa  110  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  40.69 
 
 		 162 aa  110  5e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4724  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 156 aa  110  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  40.69 
 
 		 165 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1866  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 154 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  40.69 
 
 		 162 aa  110  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0631  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family protein  37.21 
 
 		 147 aa  110  8.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2401  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.96 
 
 		 152 aa  109  1.0000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2243  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  45.31 
 
 		 140 aa  109  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0743  hypothetical protein  41.35 
 
 		 150 aa  109  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.798727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2967  hypothetical protein  41.09 
 
 		 153 aa  108  3e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00272013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1327  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.53 
 
 		 168 aa  108  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.679067  normal  0.833541 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3040  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 149 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.323158 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1476  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 165 aa  108  3e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0550713 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.41 
 
 		 147 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2506  Rrf2 family protein  43.57 
 
 		 150 aa  107  5e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1513  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.44 
 
 		 146 aa  107  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.334315 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2769  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  107  8.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4785  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.124056  normal  0.626622 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4645  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0361  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00329253 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4635  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2135  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  50.74 
 
 		 153 aa  103  6e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4221  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 149 aa  103  6e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3815  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00086  transcriptional repressor NsrR  41.54 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4649  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  103  7e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.317237 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4881  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 152 aa  103  8e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4709  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  103  8e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4764  transcriptional repressor NsrR  39.23 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0252301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5694  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  103  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.883582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4728  transcriptional repressor NsrR  39.23 
 
 		 162 aa  103  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.462578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00085  YhdE (NsrR)  37.98 
 
 		 150 aa  102  1e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0226  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 162 aa  102  1e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3647  transcriptional repressor NsrR  38.46 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0763  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 175 aa  101  3e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.897031  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3071  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 145 aa  100  5e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0569291  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04045  predicted DNA-binding transcriptional regulator  39.23 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.58974  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4737  transcriptional repressor NsrR  39.23 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3835  transcriptional repressor NsrR  39.23 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.678572  hitchhiker  0.00000129464 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4421  transcriptional repressor NsrR  39.23 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04007  hypothetical protein  39.23 
 
 		 141 aa  100  6e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.7208  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0693  transcriptional repressor NsrR  37.69 
 
 		 154 aa  100  7e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3792  transcriptional repressor NsrR  37.69 
 
 		 154 aa  100  7e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1523  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 181 aa  100  8e-21  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0437  transcriptional repressor NsrR  40 
 
 		 141 aa  100  9e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.900839  unclonable  0.0000000282304 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3286  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 142 aa  100  9e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.914657  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0518  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 146 aa  100  9e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0438222 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0536  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 143 aa  99.8  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.315603  normal  0.655757 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0930  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.26 
 
 		 150 aa  99.8  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0043  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 151 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0465453  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0043  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  39.69 
 
 		 151 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000767573 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2918  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.86 
 
 		 159 aa  99.4  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.996999  normal  0.248939 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4336  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 151 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.312159  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3702  hypothetical protein  38.93 
 
 		 151 aa  99  2e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0039  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.69 
 
 		 151 aa  98.6  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2689  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  48.06 
 
 		 145 aa  98.6  3e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>