More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1023 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_1023  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  100 
 
 
154 aa  310  3.9999999999999997e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1529  hypothetical protein  85.06 
 
 
154 aa  263  5e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.582801  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0730  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  83.77 
 
 
156 aa  261  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2814  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  44.62 
 
 
154 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2097  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  43.08 
 
 
143 aa  108  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1440  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  43.08 
 
 
154 aa  107  6e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4613  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.52 
 
 
163 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0156233  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1633  HTH-type transcriptional regulator  37.23 
 
 
162 aa  64.7  0.0000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.710351  hitchhiker  0.00000183112 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01054  hypothetical protein  29.56 
 
 
168 aa  64.3  0.0000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1298  iron-sulfur cluster assembly transcription factor IscR  31.82 
 
 
163 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.148039  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14710  putative Rrf2 family protein  31.82 
 
 
163 aa  64.3  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.259526  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1422  rrf2 family protein  29.87 
 
 
163 aa  62.4  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2963  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.78 
 
 
142 aa  62  0.000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000000472349  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1236  transcription factor IscR  29.87 
 
 
163 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.507944  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2207  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.3 
 
 
160 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.118334  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0346  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.23 
 
 
146 aa  61.2  0.000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.000000103299  hitchhiker  0.0000140959 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0674  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.31 
 
 
157 aa  61.2  0.000000005  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.000000350812  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1648  Iron-sulphur cluster assembly transcription factor IscR  37.21 
 
 
166 aa  60.8  0.000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.223295  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0485  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  41.67 
 
 
145 aa  60.8  0.000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0373904  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1237  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.01 
 
 
161 aa  60.8  0.000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00337607  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3512  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.2 
 
 
165 aa  60.5  0.000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.112818  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0841  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.52 
 
 
163 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0276  hypothetical protein  28.03 
 
 
188 aa  60.1  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00556967  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2009  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  40.74 
 
 
142 aa  59.7  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004361  iron-sulfur cluster regulator IscR  28.86 
 
 
158 aa  60.1  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03463  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0871  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.52 
 
 
182 aa  60.1  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.222302 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1887  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.99 
 
 
158 aa  60.1  0.00000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.342013 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1121  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.41 
 
 
165 aa  59.3  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5030  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  37.35 
 
 
145 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0295  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.29 
 
 
146 aa  58.9  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00767541  normal  0.0163104 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0810  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.15 
 
 
156 aa  59.7  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  unclonable  0.0000000000346494  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2847  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.68 
 
 
178 aa  58.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2054  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.48 
 
 
169 aa  58.9  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0838  iron-responsive transcriptional regulator  30.6 
 
 
156 aa  59.3  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0716  HTH-type transcriptional regulator  30 
 
 
168 aa  58.9  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2964  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.59 
 
 
137 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00065561  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0884  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.87 
 
 
182 aa  58.9  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.360129  hitchhiker  0.00284827 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2176  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  32.58 
 
 
149 aa  58.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1558  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.02 
 
 
151 aa  57.8  0.00000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1486  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.38 
 
 
158 aa  57.4  0.00000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  hitchhiker  0.000176425  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4337  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.21 
 
 
150 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.365662  hitchhiker  0.00000000121629 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0838  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  39.29 
 
 
146 aa  57.4  0.00000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.253971  hitchhiker  0.0000000059552 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2883  Rrf2 family protein  34.18 
 
 
162 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1719  putative transcriptional regulator  34.18 
 
 
162 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.149273  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2958  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.05 
 
 
152 aa  57.4  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2406  Rrf2 family protein  34.18 
 
 
162 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0606  Rrf2 family protein  34.18 
 
 
165 aa  57  0.00000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1790  Rrf2 family protein  34.18 
 
 
164 aa  57.4  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.034935  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1326  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  29.93 
 
 
159 aa  57  0.00000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0470001  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2830  Rrf2 family protein  34.18 
 
 
162 aa  57  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0819  hypothetical protein  31.03 
 
 
153 aa  57  0.00000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1900  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.04 
 
 
171 aa  57  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2768  putative transcriptional regulator  34.18 
 
 
162 aa  57  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.356622  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0230  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.18 
 
 
166 aa  57  0.00000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2710  putative transcriptional regulator  34.18 
 
 
162 aa  57  0.00000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2014  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.97 
 
 
156 aa  56.2  0.0000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1343  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  42.65 
 
 
162 aa  57  0.0000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000134779 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0154  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.36 
 
 
168 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.461852 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1748  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  33.73 
 
 
142 aa  55.8  0.0000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1591  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.53 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0376428 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2259  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  32.14 
 
 
154 aa  56.2  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0436  DNA-binding transcriptional regulator IscR  26.8 
 
 
164 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.233934  hitchhiker  0.000107797 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1167  DNA-binding transcriptional regulator IscR  26.8 
 
 
164 aa  55.5  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000157606  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0829  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.58 
 
 
164 aa  55.5  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.282987 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1543  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.87 
 
 
144 aa  55.5  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.173522  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4174  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.14 
 
 
183 aa  55.5  0.0000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2883  Rrf2 family protein  27.03 
 
 
162 aa  54.7  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0731  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  36.71 
 
 
145 aa  55.1  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1275  DNA-binding transcriptional regulator IscR  26.8 
 
 
185 aa  55.1  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000014653  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0647  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  34.41 
 
 
146 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0200  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.41 
 
 
166 aa  54.7  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.234084  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1598  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  41.38 
 
 
149 aa  54.3  0.0000006  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000262092  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1844  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
153 aa  54.3  0.0000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000000462663  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0730  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.17 
 
 
153 aa  54.3  0.0000006  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1789  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.5 
 
 
147 aa  54.3  0.0000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1292  Rrf2 family protein  29.01 
 
 
153 aa  54.3  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.418655  normal  0.0132306 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2571  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.9 
 
 
133 aa  53.9  0.0000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.184725  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1057  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.19 
 
 
186 aa  53.9  0.0000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0533537  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1973  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  36.47 
 
 
150 aa  54.3  0.0000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01980  Rrf2 family protein  29.06 
 
 
152 aa  53.9  0.0000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.491455  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1948  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.06 
 
 
167 aa  53.9  0.0000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00171818  normal  0.169559 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40410  Iron-sulphur cluster assembly transcription factor IscR  37.5 
 
 
164 aa  53.9  0.0000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_04790  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  31.31 
 
 
136 aa  53.5  0.0000009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000203075  normal  0.747487 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1024  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  29.1 
 
 
184 aa  53.5  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0591774  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1131  Rrf2 family protein  36.25 
 
 
168 aa  53.5  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2582  rrf2 family protein  36.9 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0122402  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2012  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.48 
 
 
147 aa  53.1  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0939301  normal  0.0319849 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1933  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  34.88 
 
 
148 aa  53.1  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00888361  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2514  rrf2 family protein  36.9 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0618059 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01355  transcriptional regulator, BadM/Rrf2 family  27.69 
 
 
161 aa  53.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0210581  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0617  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  26.92 
 
 
142 aa  53.1  0.000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251443  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2769  rrf2 family protein  36.9 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3795  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  31.76 
 
 
151 aa  53.1  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0204698  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1412  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  28.46 
 
 
164 aa  53.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.612266  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0640  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
149 aa  53.1  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2779  rrf2 family protein  34.38 
 
 
133 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1163  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  30.26 
 
 
153 aa  52.4  0.000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000454822  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1653  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  35.16 
 
 
150 aa  52.8  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.408134  hitchhiker  0.00610014 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2176  BadM/Rrf2 family transcriptional regulator  33.33 
 
 
178 aa  52.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.0000000532163  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1660  transcriptional regulator  31.11 
 
 
150 aa  52.4  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00278304 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>