More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1082 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1082  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 526 aa  1066    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3179  AMP-dependent synthetase and ligase  95.74 
 
 		 520 aa  1010    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2870  AMP-dependent synthetase and ligase  61.74 
 
 		 520 aa  640    Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3158  AMP-dependent synthetase and ligase  36.29 
 
 		 490 aa  311  2e-83  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2866  AMP-dependent synthetase and ligase  37.5 
 
 		 523 aa  305  1.0000000000000001e-81  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2958  AMP-dependent synthetase and ligase  36.56 
 
 		 523 aa  300  5e-80  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1742  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 497 aa  298  2e-79  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.441923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1249  AMP-dependent synthetase and ligase  37.6 
 
 		 530 aa  293  5e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3111  AMP-dependent synthetase and ligase  38.48 
 
 		 418 aa  286  5.999999999999999e-76  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0188419 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2785  AMP-dependent synthetase and ligase  35.48 
 
 		 534 aa  284  2.0000000000000002e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.634484  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0490  AMP-dependent synthetase and ligase  36.06 
 
 		 512 aa  277  4e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4497  AMP-dependent synthetase and ligase  34.79 
 
 		 517 aa  275  2.0000000000000002e-72  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2882  AMP-dependent synthetase and ligase  34.77 
 
 		 514 aa  270  5.9999999999999995e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3648  AMP-dependent synthetase and ligase  35.34 
 
 		 519 aa  267  4e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1956  AMP-dependent synthetase and ligase  34.36 
 
 		 538 aa  261  2e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.536259  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4273  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  33.96 
 
 		 536 aa  261  2e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000408842 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1393  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  36.17 
 
 		 530 aa  261  3e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0696312  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1292  AMP-dependent synthetase and ligase  36.14 
 
 		 523 aa  261  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2020  AMP-dependent synthetase and ligase  34.44 
 
 		 523 aa  259  1e-67  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.256098 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4336  AMP-dependent synthetase and ligase  34.14 
 
 		 515 aa  255  1.0000000000000001e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0623029  hitchhiker  0.00463044 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1564  AMP-dependent synthetase and ligase  35.45 
 
 		 529 aa  255  2.0000000000000002e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2211  AMP-binding domain-containing protein  34.22 
 
 		 691 aa  253  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0705  AMP-binding domain-containing protein  34.22 
 
 		 535 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1574  AMP-binding domain-containing protein  34.22 
 
 		 535 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.575944  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2026  AMP-binding domain-containing protein  34.22 
 
 		 535 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0616  AMP-binding domain-containing protein  34.22 
 
 		 608 aa  252  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.117672  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2124  AMP-binding domain-containing protein  34.22 
 
 		 535 aa  252  1e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1884  AMP-dependent synthetase and ligase  32.6 
 
 		 495 aa  251  3e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2384  long chain acyl-CoA synthetase  34.36 
 
 		 522 aa  250  4e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.838987  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1472  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  35.44 
 
 		 514 aa  249  6e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0422  putative AMP-dependent synthetase and ligase  32.76 
 
 		 538 aa  249  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.838411  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3987  AMP-dependent synthetase and ligase  32.14 
 
 		 662 aa  246  4.9999999999999997e-64  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0137  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  33.46 
 
 		 539 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2407  AMP-dependent synthetase and ligase  31.24 
 
 		 498 aa  245  9.999999999999999e-64  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.676828  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0267  long-chain fatty-acid-CoA ligase  32.67 
 
 		 492 aa  245  9.999999999999999e-64  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.250834 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5320  AMP-dependent synthetase and ligase  34.7 
 
 		 521 aa  244  3.9999999999999997e-63  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3335  AMP-dependent synthetase and ligase  33.33 
 
 		 512 aa  243  5e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.277543  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1007  AMP-dependent synthetase and ligase  34.11 
 
 		 521 aa  242  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0317729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3621  AMP-dependent synthetase and ligase  34.38 
 
 		 505 aa  242  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531462  normal  0.0257473 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0699  AMP-dependent synthetase and ligase  32.33 
 
 		 545 aa  242  1e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2434  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 		 553 aa  241  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6138  AMP-dependent synthetase and ligase  34.48 
 
 		 524 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.623044  normal  0.113053 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7014  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  35.77 
 
 		 529 aa  240  5.999999999999999e-62  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188129 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0125  AMP-dependent synthetase and ligase  34.3 
 
 		 533 aa  240  5.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3426  AMP-dependent synthetase and ligase  33.79 
 
 		 505 aa  238  1e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.872115 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3735  AMP-dependent synthetase and ligase  33.59 
 
 		 505 aa  238  3e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2529  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  33.21 
 
 		 532 aa  237  4e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0437982 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2474  AMP-dependent synthetase and ligase  33.46 
 
 		 522 aa  236  1.0000000000000001e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7423  AMP-dependent synthetase and ligase  34.17 
 
 		 524 aa  233  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.113615  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0656  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  31.69 
 
 		 512 aa  233  9e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0055881  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2670  AMP-dependent synthetase and ligase  34.55 
 
 		 531 aa  230  6e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3804  AMP-dependent synthetase and ligase  32.57 
 
 		 529 aa  229  1e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1006  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 510 aa  226  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1193  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.86 
 
 		 510 aa  223  4e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1019  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.86 
 
 		 510 aa  224  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1003  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 510 aa  224  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1091  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.86 
 
 		 510 aa  224  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1250  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.86 
 
 		 510 aa  224  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2440  AMP-binding domain protein  31.32 
 
 		 544 aa  223  8e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4183  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.86 
 
 		 510 aa  223  9e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.341045  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1123  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.86 
 
 		 510 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1169  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.67 
 
 		 510 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2699  AMP-binding enzyme, putative long chain fatty acid Co-A ligase, acetyl-CoA synthetase  31.43 
 
 		 514 aa  222  9.999999999999999e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1008  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30.06 
 
 		 510 aa  222  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1775  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 		 525 aa  222  1.9999999999999999e-56  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  31.94 
 
 		 509 aa  222  1.9999999999999999e-56  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.141316  normal  0.236103 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0840  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  30 
 
 		 510 aa  221  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  33.07 
 
 		 506 aa  221  3e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1062  AMP-dependent synthetase and ligase  31.63 
 
 		 490 aa  220  3.9999999999999997e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0978563  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6505  acyl-CoA ligase (AMP-forming), exosortase system type 1 associated  33.2 
 
 		 527 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.679628 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4379  AMP-dependent synthetase and ligase  33 
 
 		 506 aa  218  2e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.177409 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2094  AMP-dependent synthetase and ligase  31.01 
 
 		 520 aa  218  2e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0171  AMP-dependent synthetase and ligase  31.06 
 
 		 630 aa  218  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1998  putative acyl-CoA synthetase, long-chain fatty acid:CoA ligase  31.58 
 
 		 508 aa  216  8e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.222529  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0943  AMP-dependent synthetase and ligase  31.14 
 
 		 511 aa  216  9.999999999999999e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.193061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5649  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 531 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0472962  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6014  AMP-dependent synthetase and ligase  33.2 
 
 		 531 aa  216  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.010036  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3798  AMP-dependent synthetase and ligase  31.87 
 
 		 499 aa  214  2.9999999999999995e-54  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0707  AMP-binding domain-containing protein  33.65 
 
 		 522 aa  213  9e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.160608  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0111  AMP-dependent synthetase and ligase  29.94 
 
 		 526 aa  213  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.471366  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1246  AMP-dependent synthetase and ligase  32.05 
 
 		 5154 aa  212  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.262553 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1862  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 		 554 aa  212  1e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000194856  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3839  AMP-dependent synthetase and ligase  31.41 
 
 		 506 aa  212  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.223442  normal  0.234006 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2525  AMP-dependent synthetase and ligase  30.83 
 
 		 516 aa  212  1e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.695888 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0102  AMP-dependent synthetase and ligase  30.74 
 
 		 520 aa  211  2e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0523  AMP-binding domain-containing protein  32.82 
 
 		 522 aa  211  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0353  AMP-dependent synthetase and ligase  29.6 
 
 		 520 aa  210  4e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.504179  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0541  AMP-binding domain-containing protein  32.62 
 
 		 522 aa  210  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1592  AMP-dependent synthetase and ligase  30.22 
 
 		 561 aa  210  6e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.185317  normal  0.745369 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1103  AMP-binding domain protein  30.26 
 
 		 552 aa  209  8e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2048  AMP-dependent synthetase and ligase  32.03 
 
 		 516 aa  209  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6769  AMP-dependent synthetase and ligase  31.83 
 
 		 507 aa  209  1e-52  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.147424  normal  0.533441 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3158  AMP-binding domain-containing protein  33.52 
 
 		 522 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2888  AMP-binding domain-containing protein  33.52 
 
 		 522 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0116  AMP-dependent synthetase and ligase  32.23 
 
 		 528 aa  208  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1460  AMP-binding domain-containing protein  33.52 
 
 		 522 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0128  AMP-binding domain-containing protein  33.52 
 
 		 522 aa  208  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4335  AMP-dependent synthetase and ligase  30.7 
 
 		 521 aa  208  2e-52  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.153441  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0559  AMP-dependent synthetase and ligase  30.86 
 
 		 507 aa  207  4e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2432  AMP-dependent synthetase and ligase  31.45 
 
 		 508 aa  207  5e-52  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>