More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0845 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0845  Rieske 2Fe-2S family protein  100 
 
 
103 aa  216  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1018  Rieske (2Fe-2S) region  87.76 
 
 
98 aa  183  6e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131503 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0303  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  57.73 
 
 
100 aa  126  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3194  Rieske (2Fe-2S) region  56.12 
 
 
100 aa  124  6e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  6.5117e-17  hitchhiker  4.2038099999999998e-22 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0144  Rieske (2Fe-2S) domain protein  55.67 
 
 
100 aa  122  2e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0161  Rieske (2Fe-2S) domain protein  54.64 
 
 
100 aa  121  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394797  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3238  Rieske 2Fe-2S family protein  52.58 
 
 
99 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00145958  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  48.48 
 
 
99 aa  109  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0073046  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0469  putative nitrogen-fixing NifU, Rieske (2Fe-2S) region  36.46 
 
 
289 aa  72  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.483541  normal  0.014762 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3755  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.07 
 
 
290 aa  67.8  0.00000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0162  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.02 
 
 
98 aa  66.6  0.0000000001  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000163908 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.64 
 
 
129 aa  65.9  0.0000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.349012 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1616  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.18 
 
 
101 aa  65.1  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4166  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.64 
 
 
129 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2821  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.02 
 
 
106 aa  64.7  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.541392  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3700  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.74 
 
 
129 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3347  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  31.18 
 
 
102 aa  64.7  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3687  Rieske (2Fe-2S) region  32.74 
 
 
129 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3760  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.74 
 
 
129 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1911  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
100 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1967  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 
96 aa  64.3  0.0000000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0966264  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2249  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  29.2 
 
 
127 aa  63.5  0.0000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  35.16 
 
 
311 aa  62.4  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1996  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
100 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.664018  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5285  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  36.56 
 
 
521 aa  62  0.000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2292  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  34.78 
 
 
105 aa  62  0.000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1079  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  35.48 
 
 
110 aa  61.6  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0175517  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1329  putative dioxygenase, ferredoxin reductase component  40 
 
 
521 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0248077 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1445  Rieske (2Fe-2S) protein  41.27 
 
 
437 aa  60.5  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.491711  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2796  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  36.67 
 
 
108 aa  59.7  0.00000001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.654028  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1985  putative dioxygenase  35.42 
 
 
110 aa  60.1  0.00000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.51691  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1251  nitrogen-fixing NifU domain protein  30.53 
 
 
289 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3163  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  33.7 
 
 
105 aa  59.7  0.00000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.33632  normal  0.290875 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1282  nitrogen-fixing NifU domain protein  30.53 
 
 
289 aa  60.1  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0910712 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  34.41 
 
 
112 aa  60.1  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00226382  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.47 
 
 
96 aa  60.1  0.00000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.123081 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5415  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.35 
 
 
521 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.792379  normal  0.597511 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7180  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.71 
 
 
114 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.602112 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2673  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  31.18 
 
 
649 aa  59.3  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4244  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.66 
 
 
352 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2068  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.71 
 
 
123 aa  59.3  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.360129  normal  0.200679 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  33.33 
 
 
971 aa  58.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1433  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  29 
 
 
604 aa  58.2  0.00000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2672  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.53 
 
 
110 aa  57.8  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1996  nitrite reductase  32.61 
 
 
118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0459175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2145  nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit  32.61 
 
 
118 aa  57.8  0.00000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2392  protein of unknown function DUF59  31.63 
 
 
238 aa  57.8  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2526  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.91 
 
 
350 aa  57.4  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.672374  normal  0.0193911 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0207  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  31.52 
 
 
105 aa  57.4  0.00000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  29.21 
 
 
102 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.21 
 
 
102 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1969  nitrite reductase (NAD(P)H)  32.61 
 
 
105 aa  57  0.00000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.595397  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1948  nitrite reductase  32.61 
 
 
105 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2176  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  32.61 
 
 
105 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1989  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  32.61 
 
 
104 aa  57  0.00000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1502  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.49 
 
 
105 aa  57  0.00000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.165892 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.11 
 
 
137 aa  56.2  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.18886 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2741  cytochrome P450  32.43 
 
 
599 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.25917  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5838  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.03 
 
 
148 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.592792  hitchhiker  0.000871266 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5690  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.75 
 
 
104 aa  56.2  0.0000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0215436 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01479  dioxygenase, ferredoxin reductase component, putative  32.58 
 
 
559 aa  55.8  0.0000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5354  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.79 
 
 
370 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111829  normal  0.289416 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0361  Plastoquinol--plastocyanin reductase  36.17 
 
 
181 aa  55.8  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000109538  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1196  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.53 
 
 
289 aa  55.8  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3818  Rieske (2Fe-2S) region  30.69 
 
 
111 aa  55.5  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0794094  normal  0.0599225 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0271  putative dioxygenase ferredoxin subunit  35.37 
 
 
102 aa  55.5  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1118  PrnD  35.29 
 
 
346 aa  55.1  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.17 
 
 
101 aa  55.5  0.0000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.705451 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0396  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  30.77 
 
 
125 aa  55.5  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.7121  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1813  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.55 
 
 
309 aa  55.1  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2708  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.11 
 
 
107 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4522  Rieske (2Fe-2S) region  39.13 
 
 
116 aa  54.7  0.0000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1503  naphthalene 1,2-dioxygenase system ferredoxin component  36.36 
 
 
105 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0213  Rieske (2Fe-2S) protein  33.33 
 
 
126 aa  55.1  0.0000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.225427 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.54 
 
 
358 aa  54.7  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0622  putative Rieske (2Fe-2S) protein  37.11 
 
 
314 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0948094 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.92 
 
 
102 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5395  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.97 
 
 
105 aa  54.7  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5901  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.88 
 
 
408 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00683325  hitchhiker  0.00740172 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5678  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.88 
 
 
408 aa  54.7  0.0000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000120872  normal  0.0293014 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2151  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  34.15 
 
 
105 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.981833  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2888  PrnD  36.47 
 
 
370 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.942193  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0720  Rieske (2Fe-2S) region  29.67 
 
 
109 aa  54.3  0.0000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.457021  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0716  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.57 
 
 
105 aa  54.7  0.0000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.025133  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3799  NifU domain-containing protein  29.76 
 
 
291 aa  54.7  0.0000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3120  pyruvate oxidase  32.38 
 
 
656 aa  54.3  0.0000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.777401  normal  0.194873 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0036  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.11 
 
 
111 aa  53.9  0.0000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1861  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.94 
 
 
105 aa  53.9  0.0000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1719  plastoquinol--plastocyanin reductase  35.16 
 
 
181 aa  53.9  0.0000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000334249  normal  0.304108 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1143  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  27.66 
 
 
103 aa  53.9  0.0000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2815  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.12 
 
 
107 aa  53.9  0.0000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.717991 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0394  cytochrome b6-f complex, iron-sulfur subunit  32.98 
 
 
181 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.582739  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32 
 
 
158 aa  53.5  0.0000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0787  Rieske (2Fe-2S) protein  36.84 
 
 
351 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.466147 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2736  PrnD  35.29 
 
 
370 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.83 
 
 
106 aa  53.5  0.0000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.149896  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2492  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.06 
 
 
105 aa  53.5  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3044  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  34.74 
 
 
109 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.109666  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0321  naphthalene 1,2-dioxygenase system ferredoxin component  35.06 
 
 
105 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.23021  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0597  naphthalene 1,2-dioxygenase system ferredoxin component  35.06 
 
 
105 aa  53.5  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0893389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>