276 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0213 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_0213  Rieske (2Fe-2S) protein  100 
 
 
126 aa  259  1e-68  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.225427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1596  toluene-4-monooxygenase system protein C  48.7 
 
 
117 aa  119  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0816  benzene/toluene monooxygenase ferredoxin subunit  49.49 
 
 
111 aa  108  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5677  Rieske (2Fe-2S) region  42.57 
 
 
116 aa  99.4  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3818  Rieske (2Fe-2S) region  37.37 
 
 
111 aa  96.7  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0794094  normal  0.0599225 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2541  benzene/toluene monooxygenase ferredoxin subunit  40.57 
 
 
111 aa  96.7  9e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3558  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.58 
 
 
111 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4634  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.58 
 
 
111 aa  96.3  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1314  Rieske (2Fe-2S) region  35.85 
 
 
111 aa  94.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0871721 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4859  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.5 
 
 
122 aa  85.9  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0807982  normal  0.0317192 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0930  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.5 
 
 
112 aa  72  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00957645 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3870  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  32.32 
 
 
270 aa  69.3  0.00000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4027  hypothetical protein  36.89 
 
 
110 aa  68.2  0.00000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1765  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.58 
 
 
112 aa  67.4  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.538609  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0469  putative nitrogen-fixing NifU, Rieske (2Fe-2S) region  36.08 
 
 
289 aa  67  0.00000000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.483541  normal  0.014762 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1251  nitrogen-fixing NifU domain protein  34.65 
 
 
289 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1282  nitrogen-fixing NifU domain protein  34.65 
 
 
289 aa  66.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0910712 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1616  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.86 
 
 
101 aa  64.3  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3495  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.64 
 
 
100 aa  63.2  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.65589  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3342  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.65 
 
 
131 aa  62  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.139334  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1813  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.3 
 
 
309 aa  62  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2673  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.87 
 
 
649 aa  61.6  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4301  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.41 
 
 
111 aa  62  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.828362  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0586  Rieske 2Fe-2S family protein  30.69 
 
 
104 aa  61.2  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  32.99 
 
 
102 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.99 
 
 
102 aa  59.7  0.00000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2198  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  31.96 
 
 
134 aa  59.3  0.00000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0363167  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0914  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  35.48 
 
 
518 aa  58.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0653376  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.63 
 
 
103 aa  59.3  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.294291  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.61 
 
 
102 aa  58.5  0.00000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3044  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  34.34 
 
 
109 aa  58.5  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.109666  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1708  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  33.67 
 
 
113 aa  58.2  0.00000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.78764  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40 
 
 
96 aa  57.8  0.00000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.123081 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.29 
 
 
99 aa  57.4  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0073046  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0225  Rieske 2Fe-2S family protein  35.37 
 
 
108 aa  57.4  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0375984  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1433  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  35.37 
 
 
604 aa  57.4  0.00000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1586  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32.35 
 
 
107 aa  57.4  0.00000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  29.7 
 
 
112 aa  57.4  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00226382  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4335  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  29.91 
 
 
118 aa  55.8  0.0000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1739  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.01 
 
 
101 aa  55.5  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2847  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.29 
 
 
120 aa  56.2  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.15292  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2967  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  28.12 
 
 
114 aa  55.1  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.476557  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0845  Rieske 2Fe-2S family protein  33.33 
 
 
103 aa  55.1  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2741  cytochrome P450  40.91 
 
 
599 aa  55.1  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.25917  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6339  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.54 
 
 
125 aa  54.7  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.515952 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2887  prolyl 4-hydroxylase, alpha subunit  24.51 
 
 
475 aa  53.9  0.0000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0125851  hitchhiker  0.00158698 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2961  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  33 
 
 
111 aa  53.1  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3441  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.24 
 
 
599 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6713  putative ferredoxin  34.15 
 
 
96 aa  53.1  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491449  normal  0.188584 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0544  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27 
 
 
127 aa  53.5  0.000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.478802  normal  0.402117 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6029  Rieske (2Fe-2S) domain protein, MocE subfamily  27 
 
 
104 aa  53.1  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.510688  normal  0.368717 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1457  MocE Rieske (2Fe-2S)  31 
 
 
103 aa  53.1  0.000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.768182 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0130  Rieske (2Fe-2S) protein  32.08 
 
 
106 aa  53.1  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5415  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.48 
 
 
521 aa  52.8  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.792379  normal  0.597511 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2693  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40.86 
 
 
506 aa  53.5  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.563055  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23360  assimilatory nitrite reductase, small subunit  26.73 
 
 
108 aa  53.1  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0534419  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0396  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  32.99 
 
 
125 aa  53.1  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.7121  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14640  ferredoxin subunit of nitrite reductase and ring-hydroxylating dioxygenase  33.33 
 
 
112 aa  52.8  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.857724  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1018  Rieske (2Fe-2S) region  33.75 
 
 
98 aa  52.8  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131503 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2672  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.21 
 
 
110 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2486  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  27.18 
 
 
112 aa  52.4  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8366  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.31 
 
 
122 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190915  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2184  Rieske (2Fe-2S) domain protein  49.15 
 
 
549 aa  51.6  0.000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3526  assimilatory nitrite reductase small subunit  27.03 
 
 
108 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1004  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  27.84 
 
 
101 aa  52  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.749918 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1267  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  28.57 
 
 
114 aa  52  0.000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41540  assimilatory nitrite reductase small subunit  27.03 
 
 
108 aa  51.6  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369116  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6323  Rieske (2Fe-2S) region  26.47 
 
 
101 aa  51.6  0.000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0162  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.24 
 
 
98 aa  51.2  0.000004  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000163908 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3775  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.57 
 
 
107 aa  51.6  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0161  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.46 
 
 
100 aa  51.2  0.000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394797  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6777  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28 
 
 
103 aa  51.2  0.000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.130934 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0144  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.46 
 
 
100 aa  50.8  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5006  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  25 
 
 
105 aa  50.4  0.000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0704074  normal  0.0116577 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7180  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.42 
 
 
114 aa  50.4  0.000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.602112 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5207  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.91 
 
 
171 aa  50.8  0.000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.92121  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2292  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  30.86 
 
 
105 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0526  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
321 aa  50.4  0.000008  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.814974 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3052  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.33 
 
 
135 aa  50.1  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.279296  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2308  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  28.28 
 
 
110 aa  50.1  0.00001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619497  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1327  Rieske (2Fe-2S) domain protein  44.83 
 
 
106 aa  49.7  0.00001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0198751  normal  0.195781 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2842  Rieske (2Fe-2S) domain protein  49.02 
 
 
526 aa  50.1  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0207  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  37.5 
 
 
105 aa  50.1  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1119  anthranilate dioxygenase ferredoxin subunit(AndAb)  33.33 
 
 
107 aa  50.1  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3274  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.84 
 
 
105 aa  49.7  0.00001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3308  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
513 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.705785 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3163  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  33.33 
 
 
105 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.33632  normal  0.290875 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1969  nitrite reductase (NAD(P)H)  33.33 
 
 
105 aa  49.3  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.595397  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1948  nitrite reductase  33.33 
 
 
105 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1989  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  33.33 
 
 
104 aa  49.3  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2151  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  33.33 
 
 
105 aa  48.9  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.981833  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2176  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  33.33 
 
 
105 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6175  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.43 
 
 
593 aa  49.3  0.00002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659991  hitchhiker  0.00257919 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2087  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72518 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1663  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.05 
 
 
118 aa  49.7  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1329  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.69 
 
 
118 aa  48.9  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.316396  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1996  nitrite reductase  32.43 
 
 
118 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0459175  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3443  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.21 
 
 
116 aa  48.9  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.775174 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2145  nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit  32.43 
 
 
118 aa  48.5  0.00003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0476  nitrogen-fixing NifU domain protein  32.97 
 
 
286 aa  48.9  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.140105  normal  0.34365 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>