More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0720 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_0720  Rieske (2Fe-2S) region  100 
 
 
109 aa  222  1e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.457021  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1628  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  71.43 
 
 
109 aa  160  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199649  normal  0.191537 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1079  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  66.06 
 
 
110 aa  158  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0175517  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5893  nitrite reductase small subunit  67.92 
 
 
111 aa  155  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4524  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  72.45 
 
 
112 aa  154  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  68.27 
 
 
114 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.383279  normal  0.78464 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  67.68 
 
 
112 aa  147  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00226382  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  61.54 
 
 
111 aa  137  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468725  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1668  assimilatory nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  57.8 
 
 
113 aa  135  2e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0880692  normal  0.298986 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0591  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  60.58 
 
 
118 aa  131  3.9999999999999996e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0669  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  59 
 
 
123 aa  129  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.163122  normal  0.0446226 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3044  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  51.38 
 
 
109 aa  120  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.109666  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1001  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  52.94 
 
 
116 aa  120  6e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1708  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  53.21 
 
 
113 aa  118  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.78764  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23360  assimilatory nitrite reductase, small subunit  49.04 
 
 
108 aa  116  9e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0534419  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3529  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  55 
 
 
152 aa  114  6e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719582  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3526  assimilatory nitrite reductase small subunit  46.15 
 
 
108 aa  112  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0817  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  55 
 
 
103 aa  112  1.0000000000000001e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.276179  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2967  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  51.38 
 
 
114 aa  112  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.476557  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2955  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  54 
 
 
115 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41540  assimilatory nitrite reductase small subunit  46.15 
 
 
108 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369116  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2679  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  50.47 
 
 
118 aa  111  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2558  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  49.53 
 
 
115 aa  111  3e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1267  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  55.56 
 
 
114 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1701  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  53 
 
 
132 aa  110  5e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.104071  normal  0.427616 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2848  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  52.83 
 
 
143 aa  110  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1780  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  47 
 
 
105 aa  110  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.307476  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2308  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  48.15 
 
 
110 aa  110  9e-24  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619497  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1143  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  51.49 
 
 
103 aa  108  2.0000000000000002e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2095  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  47 
 
 
108 aa  108  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0602377  normal  0.0657417 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2318  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  52.88 
 
 
127 aa  108  3e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125191  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1113  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  48.11 
 
 
120 aa  108  3e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2677  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  49 
 
 
101 aa  106  9.000000000000001e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3131  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  49.06 
 
 
131 aa  105  1e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0740  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  49.06 
 
 
131 aa  105  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0572  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  49.06 
 
 
152 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237046  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0557  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  49.06 
 
 
152 aa  105  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0463  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  49.06 
 
 
131 aa  105  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2594  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  47.66 
 
 
140 aa  105  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.101505 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1489  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  49.06 
 
 
154 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2918  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  49.06 
 
 
154 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0100  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  49.06 
 
 
154 aa  105  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2106  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  52.88 
 
 
127 aa  104  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298831  normal  0.595074 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2840  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  50.96 
 
 
129 aa  103  7e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.41626 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2329  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  50.96 
 
 
129 aa  102  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1405  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  48.11 
 
 
140 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2964  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  44.55 
 
 
112 aa  96.7  9e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3278  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  46.23 
 
 
128 aa  94.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1996  nitrite reductase  42.71 
 
 
118 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0459175  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1969  nitrite reductase (NAD(P)H)  42.71 
 
 
105 aa  86.3  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.595397  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1948  nitrite reductase  42.71 
 
 
105 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2176  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  42.71 
 
 
105 aa  86.3  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2145  nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit  42.71 
 
 
118 aa  86.7  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3163  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  42.27 
 
 
105 aa  86.7  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.33632  normal  0.290875 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1989  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  42.27 
 
 
104 aa  85.9  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2292  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  39.42 
 
 
105 aa  82.8  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2151  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  40.62 
 
 
105 aa  82  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.981833  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0207  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  43.82 
 
 
105 aa  80.9  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1989  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  40.66 
 
 
104 aa  71.2  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  36 
 
 
102 aa  70.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36 
 
 
102 aa  70.9  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35 
 
 
102 aa  68.9  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0808  carboxymuconolactone decarboxylase  39.47 
 
 
211 aa  67.4  0.00000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2423  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  40.23 
 
 
104 aa  66.6  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2471  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  40.23 
 
 
104 aa  66.6  0.0000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3495  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.93 
 
 
100 aa  65.5  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.65589  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1393  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.33 
 
 
117 aa  65.1  0.0000000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.982143  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3123  Rieske (2Fe-2S) protein  33.33 
 
 
349 aa  63.9  0.0000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00337014  normal  0.164048 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.58 
 
 
96 aa  63.9  0.0000000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.123081 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2673  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.59 
 
 
649 aa  62.8  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1911  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.62 
 
 
100 aa  62.4  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3347  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  38.46 
 
 
102 aa  62  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1967  Rieske (2Fe-2S) region  40.62 
 
 
96 aa  62  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0966264  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3775  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.04 
 
 
107 aa  61.2  0.000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1996  Rieske (2Fe-2S) domain protein  40.62 
 
 
100 aa  61.6  0.000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.664018  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0396  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  32.98 
 
 
125 aa  61.6  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.7121  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2673  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  42.67 
 
 
270 aa  60.8  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1331  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  32.04 
 
 
119 aa  61.2  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.114778 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0844  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  30.1 
 
 
106 aa  60.8  0.000000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3350  Rieske family iron-sulfur cluster-binding protein  30.1 
 
 
106 aa  60.8  0.000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.3 
 
 
137 aa  60.5  0.000000007  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.18886 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1459  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.46 
 
 
357 aa  60.5  0.000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0280358  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6323  Rieske (2Fe-2S) region  35.53 
 
 
101 aa  60.1  0.00000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3160  Rieske (2Fe-2S) domain protein  57.78 
 
 
347 aa  59.7  0.00000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1018  Rieske (2Fe-2S) region  30.77 
 
 
98 aa  58.9  0.00000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131503 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  35.9 
 
 
334 aa  57.4  0.00000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3626  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.49 
 
 
362 aa  57.4  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.54925  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4992  Rieske (2Fe-2S) region  50 
 
 
366 aa  57.4  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2708  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.11 
 
 
107 aa  57.4  0.00000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4288  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.69 
 
 
105 aa  57.4  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2383  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  33.02 
 
 
122 aa  57  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.270871 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_8155  predicted protein  34.31 
 
 
102 aa  57  0.00000008  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.887644  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2392  protein of unknown function DUF59  42.65 
 
 
238 aa  57  0.00000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  52.38 
 
 
369 aa  57  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2768  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.7 
 
 
109 aa  56.2  0.0000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4275  Rieske (2Fe-2S) region  35.29 
 
 
106 aa  56.2  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0955  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.43 
 
 
112 aa  56.2  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0909  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.3 
 
 
109 aa  55.8  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.056825  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0969  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.67 
 
 
101 aa  56.2  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0535859  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2482  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.14 
 
 
362 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>