More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU3238 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU3238  Rieske 2Fe-2S family protein  100 
 
 
99 aa  205  2e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00145958  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0303  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  81.82 
 
 
100 aa  181  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000392242  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3194  Rieske (2Fe-2S) region  79.38 
 
 
100 aa  171  3.9999999999999995e-42  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  6.5117e-17  hitchhiker  4.2038099999999998e-22 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0144  Rieske (2Fe-2S) domain protein  65.66 
 
 
100 aa  145  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0161  Rieske (2Fe-2S) domain protein  65.66 
 
 
100 aa  144  4.0000000000000006e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000394797  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  55.56 
 
 
99 aa  121  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0073046  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1018  Rieske (2Fe-2S) region  51.02 
 
 
98 aa  121  4e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131503 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0845  Rieske 2Fe-2S family protein  52.58 
 
 
103 aa  119  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1911  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.5 
 
 
100 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1967  Rieske (2Fe-2S) region  37.5 
 
 
96 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0966264  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3687  Rieske (2Fe-2S) region  31.25 
 
 
129 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3700  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.25 
 
 
129 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3760  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.25 
 
 
129 aa  68.6  0.00000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.832483 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2488  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.53 
 
 
129 aa  67.4  0.00000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.349012 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1996  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.46 
 
 
100 aa  66.6  0.0000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.664018  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1502  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.35 
 
 
105 aa  64.7  0.0000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.165892 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4166  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.63 
 
 
129 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2166  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
123 aa  63.5  0.0000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.112377 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0716  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.02 
 
 
105 aa  62.8  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.025133  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5415  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39 
 
 
521 aa  59.7  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.792379  normal  0.597511 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1251  nitrogen-fixing NifU domain protein  32.65 
 
 
289 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1282  nitrogen-fixing NifU domain protein  32.65 
 
 
289 aa  59.3  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0910712 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0311  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.66 
 
 
105 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.021793 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2814  hypothetical protein  27.03 
 
 
117 aa  58.5  0.00000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2964  hypothetical protein  27.03 
 
 
117 aa  58.2  0.00000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3205  nitrogen-fixing NifU-like  29.17 
 
 
311 aa  58.2  0.00000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2066  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  34.38 
 
 
121 aa  57  0.00000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1616  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.15 
 
 
101 aa  57  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1004  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  37.5 
 
 
101 aa  55.5  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.749918 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1079  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  29.79 
 
 
110 aa  55.1  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0175517  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2251  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32 
 
 
104 aa  54.7  0.0000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.322428  normal  0.209318 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4522  Rieske (2Fe-2S) region  31.78 
 
 
116 aa  54.3  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2741  cytochrome P450  31.63 
 
 
599 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.25917  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5285  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  40 
 
 
521 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2392  protein of unknown function DUF59  41.43 
 
 
238 aa  54.7  0.0000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3755  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.87 
 
 
290 aa  53.9  0.0000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3799  NifU domain-containing protein  27.47 
 
 
291 aa  54.3  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3870  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  29.47 
 
 
270 aa  53.9  0.0000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3347  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  31.25 
 
 
102 aa  54.3  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  34.48 
 
 
102 aa  53.9  0.0000007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.48 
 
 
102 aa  53.9  0.0000007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1113  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  30.85 
 
 
120 aa  53.5  0.0000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2731  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.55 
 
 
133 aa  53.5  0.0000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.20873  normal  0.962551 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2672  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29 
 
 
110 aa  53.5  0.0000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0914  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  38.14 
 
 
518 aa  53.1  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0653376  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3818  Rieske (2Fe-2S) region  40 
 
 
111 aa  53.1  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0794094  normal  0.0599225 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1985  putative dioxygenase  33.33 
 
 
110 aa  53.1  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.51691  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2821  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.98 
 
 
106 aa  52.8  0.000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.541392  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1987  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.95 
 
 
108 aa  52.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2796  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  26.61 
 
 
108 aa  52  0.000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.654028  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0987  Rieske 2Fe-2S family protein  35.16 
 
 
106 aa  52.8  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0469  putative nitrogen-fixing NifU, Rieske (2Fe-2S) region  29.47 
 
 
289 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.483541  normal  0.014762 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0476  nitrogen-fixing NifU domain protein  30.61 
 
 
286 aa  52.4  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.140105  normal  0.34365 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4115  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  37.7 
 
 
127 aa  52.8  0.000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.063358  normal  0.0248701 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1142  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.04 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.209918  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33 
 
 
137 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.18886 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0308  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.66 
 
 
102 aa  52  0.000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.359094 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1329  putative dioxygenase, ferredoxin reductase component  36.84 
 
 
521 aa  52.8  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0248077 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.72 
 
 
102 aa  52  0.000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1307  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.57 
 
 
116 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1813  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.57 
 
 
309 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0396  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  31.11 
 
 
125 aa  51.6  0.000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.7121  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1143  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  36.23 
 
 
103 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1335  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.57 
 
 
116 aa  52  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000656447 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2708  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.14 
 
 
107 aa  51.6  0.000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0525  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.65 
 
 
101 aa  52  0.000003  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.705451 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2087  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.87 
 
 
118 aa  51.6  0.000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72518 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5395  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  35.53 
 
 
105 aa  51.6  0.000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2961  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  35.64 
 
 
111 aa  51.6  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.38 
 
 
509 aa  51.6  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529445  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1235  Rieske (2Fe-2S) domain protein  38.57 
 
 
349 aa  51.2  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1668  assimilatory nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  28.42 
 
 
113 aa  51.2  0.000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0880692  normal  0.298986 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5508  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.33 
 
 
104 aa  51.2  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.358971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0589  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.39 
 
 
112 aa  50.8  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  27.08 
 
 
112 aa  50.8  0.000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00226382  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1468  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.76 
 
 
101 aa  50.4  0.000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4721  Rieske (2Fe-2S) region  33.67 
 
 
104 aa  50.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1672  hypothetical protein  34.02 
 
 
106 aa  50.4  0.000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0659  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.77 
 
 
361 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.210033 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0648  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.77 
 
 
361 aa  50.1  0.000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.149026 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2879  nitrite reductase (NAD(P)H)subunit  35.62 
 
 
971 aa  49.7  0.00001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01479  dioxygenase, ferredoxin reductase component, putative  32.32 
 
 
559 aa  49.7  0.00001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0167  Rieske (2Fe-2S) region  35.63 
 
 
119 aa  50.1  0.00001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6175  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.72 
 
 
593 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0659991  hitchhiker  0.00257919 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0780  rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.96 
 
 
100 aa  49.3  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.12357  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0669  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  27.96 
 
 
123 aa  48.9  0.00002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.163122  normal  0.0446226 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0622  putative Rieske (2Fe-2S) protein  35.37 
 
 
314 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0948094 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0344  Rieske (2Fe-2S) protein  38.03 
 
 
353 aa  49.3  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4335  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain-containing protein  27.72 
 
 
118 aa  49.3  0.00002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  27.06 
 
 
111 aa  49.3  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468725  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5407  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  32.35 
 
 
117 aa  48.5  0.00003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.347398  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0162  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.72 
 
 
98 aa  48.5  0.00003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00000163908 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4533  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.29 
 
 
294 aa  48.5  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.441672  normal  0.86514 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5838  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.71 
 
 
148 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.592792  hitchhiker  0.000871266 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2068  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.57 
 
 
123 aa  48.5  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.360129  normal  0.200679 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0858  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.85 
 
 
301 aa  48.5  0.00003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2249  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  27.84 
 
 
127 aa  48.5  0.00003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5690  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.49 
 
 
104 aa  48.1  0.00004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0215436 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3156  Rieske (2Fe-2S) domain protein  28.24 
 
 
158 aa  48.1  0.00004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2135  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
116 aa  48.1  0.00004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>