More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dtpsy_2329 on replicon NC_011992
Organism: Acidovorax ebreus TPSY



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_2329  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  100 
 
 
129 aa  264  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2840  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  98.45 
 
 
129 aa  261  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.41626 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2106  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  84.55 
 
 
127 aa  212  9.999999999999999e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298831  normal  0.595074 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2848  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  74.59 
 
 
143 aa  187  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.602522  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2594  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  76.27 
 
 
140 aa  184  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.101505 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3278  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  70.63 
 
 
128 aa  176  7e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1405  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  71.67 
 
 
140 aa  176  7e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2318  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  69.84 
 
 
127 aa  176  8e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125191  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3529  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  73.5 
 
 
152 aa  171  2.9999999999999996e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.719582  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2679  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  73.87 
 
 
118 aa  165  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2558  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  68.47 
 
 
115 aa  152  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1001  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  57.55 
 
 
116 aa  129  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0591  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  64.36 
 
 
118 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1143  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  63.37 
 
 
103 aa  126  1.0000000000000001e-28  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0817  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  58.42 
 
 
103 aa  124  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.276179  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1489  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  55.96 
 
 
154 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0100  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  55.96 
 
 
154 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2918  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  55.96 
 
 
154 aa  124  5e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3131  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  55.96 
 
 
131 aa  124  6e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2308  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  60.78 
 
 
110 aa  122  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619497  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23360  assimilatory nitrite reductase, small subunit  57.14 
 
 
108 aa  122  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0534419  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0740  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  55.05 
 
 
131 aa  121  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0557  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  55.05 
 
 
152 aa  121  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0463  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  55.05 
 
 
131 aa  121  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0572  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  55.05 
 
 
152 aa  121  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.237046  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2095  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  59 
 
 
108 aa  120  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0602377  normal  0.0657417 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0669  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  61 
 
 
123 aa  120  7e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.163122  normal  0.0446226 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41540  assimilatory nitrite reductase small subunit  56.6 
 
 
108 aa  118  3e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369116  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3526  assimilatory nitrite reductase small subunit  56.6 
 
 
108 aa  117  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2964  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  57.84 
 
 
112 aa  117  7e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1113  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  54.29 
 
 
120 aa  115  1.9999999999999998e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1701  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  54.55 
 
 
132 aa  114  5e-25  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.104071  normal  0.427616 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1780  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  55 
 
 
105 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.307476  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1267  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  56.73 
 
 
114 aa  112  2.0000000000000002e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1079  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  52.48 
 
 
110 aa  107  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0175517  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2955  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  50.96 
 
 
115 aa  104  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5893  nitrite reductase small subunit  50 
 
 
111 aa  103  9e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1708  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  45.45 
 
 
113 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.78764  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0720  Rieske (2Fe-2S) region  50.96 
 
 
109 aa  102  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.457021  normal  0.579853 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4524  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  52 
 
 
112 aa  102  2e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1668  assimilatory nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  50.49 
 
 
113 aa  98.6  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0880692  normal  0.298986 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  48.08 
 
 
114 aa  98.6  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.383279  normal  0.78464 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  48.15 
 
 
111 aa  98.6  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468725  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1628  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  49.51 
 
 
109 aa  99.4  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199649  normal  0.191537 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2967  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  48.98 
 
 
114 aa  98.2  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.476557  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1452  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  47.22 
 
 
112 aa  95.9  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00226382  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2677  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  55.26 
 
 
101 aa  94  6e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3044  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  49.52 
 
 
109 aa  93.6  9e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.109666  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1996  nitrite reductase  41 
 
 
118 aa  89.4  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0459175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2145  nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit  41 
 
 
118 aa  89.4  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3163  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  42.39 
 
 
105 aa  89.7  1e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.33632  normal  0.290875 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1969  nitrite reductase (NAD(P)H)  42.86 
 
 
105 aa  89  2e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.595397  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1948  nitrite reductase  42.86 
 
 
105 aa  89  2e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2176  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  42.86 
 
 
105 aa  89  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1989  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  42.86 
 
 
104 aa  89  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2151  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  42.86 
 
 
105 aa  87.4  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.981833  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2292  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  40.66 
 
 
105 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1989  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  40.45 
 
 
104 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2423  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  38.54 
 
 
104 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2471  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  38.54 
 
 
104 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0207  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  41.11 
 
 
105 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3160  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.84 
 
 
347 aa  64.7  0.0000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3214  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.13 
 
 
137 aa  63.2  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.18886 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3681  Rieske (2Fe-2S) region  45.33 
 
 
346 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4301  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.67 
 
 
111 aa  62.8  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.828362  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0964  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  43.28 
 
 
341 aa  62.4  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2249  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  33.66 
 
 
127 aa  59.7  0.00000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2708  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.4 
 
 
107 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3123  Rieske (2Fe-2S) protein  32.32 
 
 
349 aa  58.2  0.00000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00337014  normal  0.164048 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2673  Rieske (2Fe-2S) oxidoreductase  40 
 
 
270 aa  57.4  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1326  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.58 
 
 
108 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.710748  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3775  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.94 
 
 
107 aa  57  0.00000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2209  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.89 
 
 
106 aa  57  0.00000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.149896  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1016  dioxygenase, iron-sulfur subunit, putative  45.16 
 
 
369 aa  56.6  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.621392  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  38.04 
 
 
102 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.04 
 
 
102 aa  56.2  0.0000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2821  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.68 
 
 
106 aa  55.5  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.541392  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  38.04 
 
 
102 aa  55.8  0.0000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4275  Rieske (2Fe-2S) region  35.29 
 
 
106 aa  55.5  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5800  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.77 
 
 
354 aa  55.1  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00198597 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2871  Rieske (2Fe-2S) region  32.99 
 
 
292 aa  55.1  0.0000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3570  Rieske (2Fe-2S) region  38.55 
 
 
355 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0161982  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2036  hypothetical protein  40.62 
 
 
334 aa  54.3  0.0000005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502892  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0627  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.25 
 
 
361 aa  53.9  0.0000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1459  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.73 
 
 
357 aa  54.3  0.0000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0280358  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6469  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.98 
 
 
217 aa  53.9  0.0000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4283  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34 
 
 
108 aa  53.9  0.0000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0344911  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0648  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  41.94 
 
 
361 aa  53.5  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.149026 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4461  Rieske (2Fe-2S) domain protein  37.14 
 
 
216 aa  53.5  0.0000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.408386  normal  0.0170957 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1327  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.74 
 
 
106 aa  53.5  0.0000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0198751  normal  0.195781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2741  cytochrome P450  32.11 
 
 
599 aa  53.5  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.25917  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4027  hypothetical protein  29.81 
 
 
110 aa  52.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307444 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7702  putative dioxygenase  28.68 
 
 
380 aa  52.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1018  Rieske (2Fe-2S) region  30.85 
 
 
98 aa  53.1  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131503 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0659  Rieske (2Fe-2S) domain protein  41.94 
 
 
361 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.210033 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0844  Rieske (2Fe-2S) region  31.78 
 
 
349 aa  53.1  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5941  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  30.25 
 
 
526 aa  53.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5211  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.14 
 
 
376 aa  52.8  0.000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.220934 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2673  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.53 
 
 
649 aa  53.1  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1136  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  35.79 
 
 
373 aa  53.1  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.959251  normal  0.28876 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>