More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4027 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_4027  hypothetical protein  100 
 
 
110 aa  227  4e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.307444 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4301  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  69.09 
 
 
111 aa  170  7.999999999999999e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.828362  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1314  Rieske (2Fe-2S) region  42.99 
 
 
111 aa  108  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0871721 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3558  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.79 
 
 
111 aa  103  6e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4634  Rieske (2Fe-2S) domain protein  45.79 
 
 
111 aa  103  6e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2847  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  40.57 
 
 
120 aa  103  9e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.15292  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0225  Rieske 2Fe-2S family protein  42.06 
 
 
108 aa  100  5e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0375984  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5677  Rieske (2Fe-2S) region  45.79 
 
 
116 aa  100  8e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2541  benzene/toluene monooxygenase ferredoxin subunit  37.38 
 
 
111 aa  97.1  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.558987 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0816  benzene/toluene monooxygenase ferredoxin subunit  39.25 
 
 
111 aa  94.7  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1765  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  39.09 
 
 
112 aa  93.2  1e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.538609  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3818  Rieske (2Fe-2S) region  40.19 
 
 
111 aa  92.4  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0794094  normal  0.0599225 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3342  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  37.96 
 
 
131 aa  87.8  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.139334  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0930  Rieske (2Fe-2S) domain protein  39.39 
 
 
112 aa  87  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00957645 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0586  Rieske 2Fe-2S family protein  34.65 
 
 
104 aa  83.6  8e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2045  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.65 
 
 
103 aa  77  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.294291  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6713  putative ferredoxin  37.8 
 
 
96 aa  70.1  0.00000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.491449  normal  0.188584 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0213  Rieske (2Fe-2S) protein  36.89 
 
 
126 aa  68.2  0.00000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.225427 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0544  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.29 
 
 
127 aa  65.9  0.0000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.478802  normal  0.402117 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0922  methanesulfonate monooxygenase component; iron sulfur protein  33.68 
 
 
242 aa  64.7  0.0000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.738029  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7180  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.62 
 
 
114 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.602112 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1001  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  29.7 
 
 
116 aa  60.8  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3044  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  31.68 
 
 
109 aa  60.5  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.109666  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1143  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  34 
 
 
103 aa  60.1  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2423  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  33.68 
 
 
104 aa  60.1  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2471  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  33.68 
 
 
104 aa  60.1  0.00000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41540  assimilatory nitrite reductase small subunit  27 
 
 
108 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369116  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2308  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  30.61 
 
 
110 aa  58.5  0.00000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.619497  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3526  assimilatory nitrite reductase small subunit  27 
 
 
108 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2106  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  31.68 
 
 
127 aa  58.5  0.00000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0298831  normal  0.595074 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4859  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.7 
 
 
122 aa  58.2  0.00000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0807982  normal  0.0317192 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_23360  assimilatory nitrite reductase, small subunit  30.85 
 
 
108 aa  57.8  0.00000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0534419  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2198  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  32 
 
 
134 aa  57.8  0.00000005  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0363167  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0526  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.67 
 
 
321 aa  57.8  0.00000005  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.814974 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1433  Rieske (2Fe-2S) iron-sulfur domain protein  29.59 
 
 
604 aa  57.4  0.00000006  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3243  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  34.44 
 
 
102 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.680425  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0434  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  35.11 
 
 
105 aa  56.6  0.0000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0329756 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  26.61 
 
 
111 aa  56.6  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.468725  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2066  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  33.64 
 
 
121 aa  55.5  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0669  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  28 
 
 
123 aa  55.8  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.163122  normal  0.0446226 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3163  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  33.78 
 
 
105 aa  56.2  0.0000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.33632  normal  0.290875 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3866  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.25 
 
 
108 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1969  nitrite reductase (NAD(P)H)  34.25 
 
 
105 aa  55.1  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.595397  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1948  nitrite reductase  34.25 
 
 
105 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1668  assimilatory nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  26.32 
 
 
113 aa  55.1  0.0000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0880692  normal  0.298986 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1989  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  34.25 
 
 
104 aa  55.1  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2176  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  34.25 
 
 
105 aa  55.1  0.0000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2594  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  31.25 
 
 
140 aa  55.1  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.101505 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1780  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  27.66 
 
 
105 aa  54.7  0.0000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.307476  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2821  Rieske (2Fe-2S) domain protein  36.36 
 
 
106 aa  55.1  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.541392  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1616  Rieske (2Fe-2S) domain protein  31.52 
 
 
101 aa  55.1  0.0000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3232  Rieske (2Fe-2S) region  33.33 
 
 
102 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3294  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
102 aa  54.7  0.0000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.11925 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2292  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  32.88 
 
 
105 aa  54.3  0.0000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0181  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.69 
 
 
509 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.529445  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2151  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  32.88 
 
 
105 aa  54.3  0.0000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.981833  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1197  Rieske (2Fe-2S) iron-sulphur domain protein  35.29 
 
 
112 aa  54.3  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.430122  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3012  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.43 
 
 
96 aa  53.9  0.0000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.123081 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1996  nitrite reductase  32.88 
 
 
118 aa  53.9  0.0000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0459175  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2145  nitrite reductase [NAD(P)H] small subunit  32.88 
 
 
118 aa  53.9  0.0000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3495  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  36.36 
 
 
100 aa  53.9  0.0000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.65589  normal  0.322661 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1989  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  29.76 
 
 
104 aa  53.5  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1113  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  30.77 
 
 
120 aa  52.8  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2329  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  29.81 
 
 
129 aa  52.8  0.000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8366  Rieske (2Fe-2S) domain protein  35.16 
 
 
122 aa  53.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190915  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2967  nitrite reductase (NAD(P)H) large subunit, NirD  29.87 
 
 
114 aa  52.4  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.476557  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0167  Rieske (2Fe-2S) region  29.59 
 
 
119 aa  52.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2840  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  29.81 
 
 
129 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.41626 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3081  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  29.59 
 
 
114 aa  52  0.000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0978825  normal  0.175913 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0893  Rieske (2Fe-2S) domain protein  29.47 
 
 
504 aa  51.6  0.000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.6615 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5347  Rieske (2Fe-2S) domain protein  32.89 
 
 
105 aa  52  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.210101  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2815  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.39 
 
 
107 aa  51.2  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.717991 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4524  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  27.38 
 
 
112 aa  51.2  0.000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1970  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  34.74 
 
 
546 aa  51.2  0.000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2871  Rieske (2Fe-2S) region  30.1 
 
 
292 aa  51.2  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1596  toluene-4-monooxygenase system protein C  28.87 
 
 
117 aa  51.2  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3465  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.98 
 
 
384 aa  51.2  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2955  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  28.89 
 
 
115 aa  50.8  0.000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2318  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  29.9 
 
 
127 aa  50.8  0.000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125191  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0591  nitrite reductase [NAD(P)H], small subunit  25.77 
 
 
118 aa  50.4  0.000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7702  putative dioxygenase  30.77 
 
 
380 aa  50.8  0.000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0473  Rieske (2Fe-2S) domain protein  30.21 
 
 
99 aa  50.8  0.000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0073046  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1079  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  30.3 
 
 
110 aa  50.4  0.000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0175517  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1482  Rieske (2Fe-2S) region  30.53 
 
 
110 aa  50.4  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2486  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  32.89 
 
 
112 aa  50.4  0.000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.812063  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2768  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  30.93 
 
 
109 aa  50.1  0.000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3308  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  28.12 
 
 
114 aa  50.4  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000504578 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7184  Rieske (2Fe-2S) domain protein, MocE subfamily  31.25 
 
 
104 aa  50.4  0.000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00608599  normal  0.029061 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0817  assimilatory nitrite reductase (NAD(P)H) small subunit  27.37 
 
 
103 aa  49.7  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.276179  normal  0.0169896 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3799  NifU domain-containing protein  32.26 
 
 
291 aa  49.7  0.00001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0130  Rieske (2Fe-2S) protein  31.68 
 
 
106 aa  50.1  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1451  nitrite reductase (NAD(P)H), small subunit  26.76 
 
 
114 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.383279  normal  0.78464 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0648  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  33.33 
 
 
361 aa  50.1  0.00001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.149026 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2741  cytochrome P450  32 
 
 
599 aa  50.1  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.25917  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0144  Rieske (2Fe-2S) domain protein  34.38 
 
 
100 aa  49.3  0.00002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5893  nitrite reductase small subunit  25.49 
 
 
111 aa  48.9  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4721  Rieske (2Fe-2S) region  29.73 
 
 
104 aa  48.9  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0914  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  32.29 
 
 
518 aa  48.9  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0653376  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0659  Rieske (2Fe-2S) domain protein  33.33 
 
 
361 aa  48.9  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.210033 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3091  Rieske (2Fe-2S) domain-containing protein  31.91 
 
 
104 aa  49.3  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.954428 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>