More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3853 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009956  Dshi_3853  resolvase domain-containing protein  100 
 
 		 326 aa  657    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4105  resolvase domain-containing protein  97.95 
 
 		 293 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.571135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4026  resolvase domain-containing protein  93.86 
 
 		 298 aa  552  1e-156  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.884346  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2482  TonB-dependent receptor protein  87.71 
 
 		 294 aa  520  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4189  TonB-dependent receptor protein  87.41 
 
 		 294 aa  517  1e-146  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3748  resolvase domain-containing protein  89.08 
 
 		 293 aa  519  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.57685  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4320  hypothetical protein  86.69 
 
 		 293 aa  484  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.264253 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3501  resolvase domain-containing protein  57.62 
 
 		 324 aa  324  1e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.654072  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9004  DNA invertase  50.5 
 
 		 313 aa  286  5e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4357  resolvase-like protein  49.83 
 
 		 309 aa  283  2.0000000000000002e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4796  resolvase domain-containing protein  53.51 
 
 		 310 aa  281  8.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.271999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5280  resolvase domain-containing protein  50 
 
 		 305 aa  261  1e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3914  resolvase domain-containing protein  45.89 
 
 		 293 aa  246  4e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.789856  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  55.33 
 
 		 188 aa  155  1e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  47.73 
 
 		 201 aa  154  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  49.4 
 
 		 219 aa  154  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5459  resolvase domain-containing protein  56.52 
 
 		 190 aa  152  1e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.358499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  55.4 
 
 		 191 aa  151  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  55.4 
 
 		 191 aa  151  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  55.47 
 
 		 197 aa  150  3e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  55.47 
 
 		 184 aa  149  5e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  55.47 
 
 		 184 aa  149  7e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  52.55 
 
 		 189 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  50 
 
 		 201 aa  147  2.0000000000000003e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1052  Resolvase domain  54.01 
 
 		 186 aa  147  3e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  51.05 
 
 		 188 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2702  resolvase domain-containing protein  52.17 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.264305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2944  resolvase domain-containing protein  52.17 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  51.37 
 
 		 187 aa  146  4.0000000000000006e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5093  resolvase domain-containing protein  53.62 
 
 		 201 aa  144  1e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.993134 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2984  putative site-specific recombinases, DNA invertase Pin  52.41 
 
 		 203 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200056  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  53.42 
 
 		 188 aa  144  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  53.9 
 
 		 190 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  47.62 
 
 		 191 aa  143  4e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  50.68 
 
 		 199 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  50.68 
 
 		 186 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  53.9 
 
 		 187 aa  142  6e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  50 
 
 		 309 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  48.97 
 
 		 196 aa  142  9e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  53.16 
 
 		 189 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4835  Resolvase domain protein  53.91 
 
 		 201 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.291279 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  51.23 
 
 		 194 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  52.55 
 
 		 188 aa  140  3e-32  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  50 
 
 		 182 aa  139  4.999999999999999e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  48.39 
 
 		 193 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1711  integrative genetic element Gsu5, resolvase  48.92 
 
 		 190 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0316952  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  49.28 
 
 		 201 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  51.09 
 
 		 188 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2396  resolvase domain-containing protein  51.77 
 
 		 163 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.718289  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  50.36 
 
 		 188 aa  136  5e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  50.36 
 
 		 184 aa  136  6.0000000000000005e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2096  resolvase domain-containing protein  53.38 
 
 		 190 aa  135  7.000000000000001e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0211835 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  51.09 
 
 		 185 aa  135  7.000000000000001e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  50.36 
 
 		 185 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  50.36 
 
 		 185 aa  135  9.999999999999999e-31  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009660  Krad_4707  resolvase domain-containing protein  54.76 
 
 		 190 aa  134  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  50.72 
 
 		 209 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  50.35 
 
 		 197 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  48.28 
 
 		 188 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  46.88 
 
 		 197 aa  134  1.9999999999999998e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  50.35 
 
 		 197 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  50.35 
 
 		 197 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  45.51 
 
 		 201 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  44.85 
 
 		 198 aa  133  5e-30  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  46.41 
 
 		 185 aa  133  5e-30  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  47.02 
 
 		 214 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2550  Resolvase domain  50.33 
 
 		 196 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.819685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6634  resolvase domain-containing protein  47.83 
 
 		 198 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000708994  hitchhiker  0.0000367715 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2144  Resolvase domain protein  48.37 
 
 		 196 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  50.36 
 
 		 185 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  50.36 
 
 		 185 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1397  invertase/recombinase like protein  45.28 
 
 		 176 aa  129  6e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3670  resolvase domain-containing protein  45.32 
 
 		 185 aa  129  6e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  43.88 
 
 		 181 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6608  resolvase domain-containing protein  41.58 
 
 		 189 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  50 
 
 		 193 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1132  Resolvase domain  46.04 
 
 		 184 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1202  resolvase domain-containing protein  50.36 
 
 		 194 aa  127  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1818  Resolvase domain protein  52.46 
 
 		 184 aa  127  3e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  48.7 
 
 		 203 aa  127  3e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  45.86 
 
 		 190 aa  127  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  45.86 
 
 		 190 aa  127  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  45.86 
 
 		 190 aa  127  3e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  48.18 
 
 		 185 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5339  DNA-invertase  50 
 
 		 192 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  47.48 
 
 		 188 aa  124  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  43.17 
 
 		 183 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  43.17 
 
 		 183 aa  124  2e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0348  Resolvase domain protein  51.22 
 
 		 209 aa  123  4e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  48.53 
 
 		 193 aa  123  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4382  resolvase domain-containing protein  49.29 
 
 		 194 aa  123  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5332  Resolvase domain protein  45.29 
 
 		 184 aa  123  5e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0260  resolvase family site-specific recombinase  45.32 
 
 		 205 aa  122  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1082  resolvase family site-specific recombinase  45.32 
 
 		 205 aa  122  7e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.271311  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5126  Resolvase domain protein  47.89 
 
 		 197 aa  122  7e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114051 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1807  resolvase domain-containing protein  43.48 
 
 		 201 aa  122  9e-27  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.261116  unclonable  0.00000000603181 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4668  resolvase domain-containing protein  46.41 
 
 		 189 aa  122  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4775  resolvase domain-containing protein  46.41 
 
 		 189 aa  122  9e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3562  resolvase domain-containing protein  44.06 
 
 		 208 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2582  resolvase domain-containing protein  43.17 
 
 		 185 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>