More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3862 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  100 
 
 		 194 aa  393  1e-109  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  69.89 
 
 		 189 aa  253  1.0000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  60.57 
 
 		 187 aa  210  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  60 
 
 		 199 aa  206  2e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  55.56 
 
 		 201 aa  204  8e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  54.84 
 
 		 188 aa  203  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  57.78 
 
 		 219 aa  200  9e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  59.43 
 
 		 186 aa  200  9e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  54.3 
 
 		 201 aa  192  3e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0006  resolvase family site-specific recombinase  50.79 
 
 		 192 aa  188  5e-47  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.105184  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  54.49 
 
 		 188 aa  185  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  54.19 
 
 		 188 aa  185  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  56.67 
 
 		 209 aa  184  6e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  53.01 
 
 		 309 aa  184  8e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  51.89 
 
 		 191 aa  183  1.0000000000000001e-45  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  54.75 
 
 		 185 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  54.75 
 
 		 185 aa  183  2.0000000000000003e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  53.04 
 
 		 193 aa  182  2.0000000000000003e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  55.8 
 
 		 203 aa  181  4.0000000000000006e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  53.04 
 
 		 189 aa  181  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  52.46 
 
 		 185 aa  179  2e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  55.37 
 
 		 184 aa  179  2e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  54.55 
 
 		 185 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  54.55 
 
 		 185 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2702  resolvase domain-containing protein  53.01 
 
 		 307 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.264305  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2944  resolvase domain-containing protein  53.01 
 
 		 307 aa  179  2.9999999999999997e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  53.04 
 
 		 193 aa  178  4e-44  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  53.67 
 
 		 184 aa  176  1e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2668  helix-turn-helix, Fis-type  55.08 
 
 		 204 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00804941  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  51.08 
 
 		 197 aa  176  2e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1568  helix-turn-helix, Fis-type  55.08 
 
 		 204 aa  176  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  52.51 
 
 		 188 aa  176  2e-43  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  54.55 
 
 		 191 aa  175  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  54.55 
 
 		 191 aa  175  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2823  resolvase domain-containing protein  52.75 
 
 		 197 aa  174  7e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2746  resolvase domain-containing protein  52.75 
 
 		 197 aa  174  7e-43  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  52.46 
 
 		 188 aa  174  9e-43  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  51.41 
 
 		 182 aa  173  9.999999999999999e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1202  resolvase domain-containing protein  54.14 
 
 		 194 aa  174  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  53.41 
 
 		 188 aa  172  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  50.54 
 
 		 188 aa  172  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  46.56 
 
 		 201 aa  172  2.9999999999999996e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  49.72 
 
 		 189 aa  171  5.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21550  site-specific recombinase, DNA invertase Pin  53.33 
 
 		 218 aa  171  5.999999999999999e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.850113  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  50.54 
 
 		 197 aa  171  7.999999999999999e-42  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_010517  Mrad2831_6403  resolvase domain-containing protein  50.28 
 
 		 193 aa  170  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6373  resolvase domain-containing protein  50.28 
 
 		 193 aa  170  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4835  Resolvase domain protein  49.49 
 
 		 201 aa  170  1e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.291279 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2363  resolvase-like protein  51.67 
 
 		 228 aa  170  1e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.379523  normal  0.343568 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0991  resolvase domain-containing protein  53.48 
 
 		 205 aa  169  2e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0378771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  51.69 
 
 		 187 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9833  Resolvase Protein  53.4 
 
 		 210 aa  169  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  51.69 
 
 		 190 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  50.56 
 
 		 201 aa  169  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3007  resolvase-like protein  52.15 
 
 		 204 aa  168  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0154323 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4042  serine-based site-specific recombinase activity  52.15 
 
 		 204 aa  168  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.890679  normal  0.169813 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4975  serine-based site-specific recombinase activity  52.15 
 
 		 204 aa  168  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.283487  normal  0.35895 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3694  resolvase domain-containing protein  54.3 
 
 		 206 aa  168  4e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  50.84 
 
 		 185 aa  168  4e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  50.28 
 
 		 193 aa  167  6e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4137  resolvase domain-containing protein  49.47 
 
 		 224 aa  167  6e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.130251  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  51.12 
 
 		 184 aa  166  1e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0219  DNA-invertase hin  55.25 
 
 		 184 aa  166  2e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0242276 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3683  resolvase domain-containing protein  53.76 
 
 		 215 aa  165  2.9999999999999998e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  50.82 
 
 		 185 aa  165  2.9999999999999998e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5126  Resolvase domain protein  53.63 
 
 		 197 aa  165  4e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114051 
 
 
-
 
NC_010518  Mrad2831_6450  resolvase domain-containing protein  47.4 
 
 		 193 aa  165  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010502  Mrad2831_6497  resolvase domain-containing protein  48.62 
 
 		 193 aa  165  5e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0073  resolvase  54.7 
 
 		 184 aa  163  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2347  Resolvase domain protein  52.15 
 
 		 204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  46.63 
 
 		 196 aa  162  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  48 
 
 		 188 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D15  site-specific recombinase, DNA invertase Pin related protein  52.49 
 
 		 184 aa  162  2.0000000000000002e-39  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5436  Resolvase domain  48.89 
 
 		 193 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007483  Noc_A0021  resolvase-like protein  55.56 
 
 		 189 aa  162  3e-39  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  48.92 
 
 		 198 aa  161  5.0000000000000005e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0348  Resolvase domain protein  57.95 
 
 		 209 aa  161  7e-39  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  51.11 
 
 		 214 aa  160  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  48.13 
 
 		 190 aa  160  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  48.13 
 
 		 190 aa  160  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  48.13 
 
 		 190 aa  160  1e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4775  resolvase domain-containing protein  46.63 
 
 		 189 aa  159  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009660  Krad_4707  resolvase domain-containing protein  55.11 
 
 		 190 aa  159  2e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4668  resolvase domain-containing protein  46.63 
 
 		 189 aa  159  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6610  resolvase domain-containing protein  55.37 
 
 		 192 aa  159  3e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.874577  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  46.63 
 
 		 197 aa  155  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  46.63 
 
 		 197 aa  155  3e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0696  resolvase-like protein  54.44 
 
 		 190 aa  155  3e-37  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  46.63 
 
 		 197 aa  155  3e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1490  resolvase domain-containing protein  47.54 
 
 		 183 aa  155  4e-37  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.832501  hitchhiker  0.00333462 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4382  resolvase domain-containing protein  46.11 
 
 		 194 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6608  resolvase domain-containing protein  51.69 
 
 		 189 aa  155  5.0000000000000005e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1052  Resolvase domain  44.57 
 
 		 186 aa  154  1e-36  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2170  DNA invertase  53.93 
 
 		 281 aa  153  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0593579  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1807  resolvase domain-containing protein  45.56 
 
 		 201 aa  153  2e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.261116  unclonable  0.00000000603181 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6634  resolvase domain-containing protein  48.37 
 
 		 198 aa  151  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000708994  hitchhiker  0.0000367715 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0014  resolvase domain-containing protein  46.11 
 
 		 184 aa  149  2e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.125158  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  41.9 
 
 		 183 aa  149  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  41.9 
 
 		 183 aa  149  2e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5339  DNA-invertase  46.56 
 
 		 192 aa  149  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>