More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_4189 on replicon NC_007490
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007490  RSP_4189  TonB-dependent receptor protein  100 
 
 
294 aa  584  1e-166  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2482  TonB-dependent receptor protein  94.54 
 
 
294 aa  554  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3748  resolvase domain-containing protein  87.71 
 
 
293 aa  521  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.57685  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3853  resolvase domain-containing protein  87.41 
 
 
326 aa  517  1e-146  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363521  normal 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4105  resolvase domain-containing protein  86.69 
 
 
293 aa  515  1.0000000000000001e-145  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.571135  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4026  resolvase domain-containing protein  85.67 
 
 
298 aa  510  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.884346  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4320  hypothetical protein  87.03 
 
 
293 aa  493  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.264253 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3501  resolvase domain-containing protein  58.92 
 
 
324 aa  324  1e-87  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.654072  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4796  resolvase domain-containing protein  54.98 
 
 
310 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.271999  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9004  DNA invertase  50.52 
 
 
313 aa  279  4e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4357  resolvase-like protein  50.17 
 
 
309 aa  278  8e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5280  resolvase domain-containing protein  49.66 
 
 
305 aa  265  8e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3914  resolvase domain-containing protein  45.55 
 
 
293 aa  240  2.9999999999999997e-62  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.789856  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5459  resolvase domain-containing protein  54.97 
 
 
190 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.358499  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2984  putative site-specific recombinases, DNA invertase Pin  47.31 
 
 
203 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200056  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  54.74 
 
 
188 aa  149  6e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  52.23 
 
 
219 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2702  resolvase domain-containing protein  53.62 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.264305  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2944  resolvase domain-containing protein  53.62 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  54.74 
 
 
184 aa  147  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  54.74 
 
 
184 aa  147  3e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  49.35 
 
 
201 aa  146  5e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1052  Resolvase domain  53.28 
 
 
186 aa  145  6e-34  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  54.01 
 
 
197 aa  145  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  53.57 
 
 
201 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5093  resolvase domain-containing protein  54.35 
 
 
201 aa  144  2e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.993134 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  51.08 
 
 
188 aa  143  3e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  53.96 
 
 
191 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  53.96 
 
 
191 aa  143  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  51.37 
 
 
187 aa  143  4e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  52.05 
 
 
199 aa  142  5e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  51.09 
 
 
189 aa  142  6e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  52.17 
 
 
309 aa  142  8e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  52.05 
 
 
186 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4835  Resolvase domain protein  55.47 
 
 
201 aa  140  1.9999999999999998e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.291279 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  53.28 
 
 
188 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  51.77 
 
 
190 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  51.77 
 
 
187 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  51.77 
 
 
188 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_009660  Krad_4707  resolvase domain-containing protein  57.94 
 
 
190 aa  139  7.999999999999999e-32  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  50 
 
 
201 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  50.62 
 
 
194 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1711  integrative genetic element Gsu5, resolvase  48.2 
 
 
190 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0316952  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  47.59 
 
 
196 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  50.36 
 
 
193 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2396  resolvase domain-containing protein  51.77 
 
 
163 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.718289  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  50.36 
 
 
188 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  52.9 
 
 
182 aa  134  3e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  47.59 
 
 
188 aa  133  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  46.88 
 
 
197 aa  132  6.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  53.68 
 
 
189 aa  132  6.999999999999999e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  38.92 
 
 
188 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  48.91 
 
 
185 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  48.92 
 
 
184 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  48.91 
 
 
185 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  48.91 
 
 
185 aa  131  2.0000000000000002e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2096  resolvase domain-containing protein  53.6 
 
 
190 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0211835 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0854  invertase/recombinase like protein  45.62 
 
 
198 aa  130  3e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.160403  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  51.08 
 
 
214 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2144  Resolvase domain protein  49.02 
 
 
196 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0618608  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  44.23 
 
 
201 aa  129  6e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6608  resolvase domain-containing protein  42.63 
 
 
189 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525053  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2550  Resolvase domain  50.33 
 
 
196 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.819685  normal 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  44.05 
 
 
191 aa  128  1.0000000000000001e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6634  resolvase domain-containing protein  48.55 
 
 
198 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.0000000708994  hitchhiker  0.0000367715 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  51.43 
 
 
203 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1818  Resolvase domain protein  53.28 
 
 
184 aa  128  1.0000000000000001e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.601257  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3670  resolvase domain-containing protein  45.32 
 
 
185 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1397  invertase/recombinase like protein  44.65 
 
 
176 aa  126  3e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.777573 
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5457  hypothetical protein  48.95 
 
 
194 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5424  Resolvase domain  48.95 
 
 
194 aa  127  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  49.65 
 
 
197 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  49.65 
 
 
197 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  44.44 
 
 
185 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  49.65 
 
 
197 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  48.59 
 
 
209 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  49.26 
 
 
193 aa  126  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  48.91 
 
 
185 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  48.91 
 
 
185 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  43.88 
 
 
183 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1132  Resolvase domain  44.6 
 
 
184 aa  124  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  46.84 
 
 
190 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  46.84 
 
 
190 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  46.84 
 
 
190 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  43.88 
 
 
183 aa  124  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  49.26 
 
 
193 aa  124  2e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1202  resolvase domain-containing protein  50.36 
 
 
194 aa  124  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3594  resolvase domain-containing protein  49.32 
 
 
197 aa  124  3e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.260682  hitchhiker  0.00636554 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  42.45 
 
 
181 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  48.92 
 
 
188 aa  123  4e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2582  resolvase domain-containing protein  43.88 
 
 
185 aa  122  5e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2399  resolvase domain-containing protein  49.66 
 
 
197 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.211423  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  47.45 
 
 
185 aa  122  8e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_010374  M446_7059  hypothetical protein  49.3 
 
 
183 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  47.97 
 
 
189 aa  120  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0348  Resolvase domain protein  50.81 
 
 
209 aa  120  3e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2027  resolvase domain-containing protein  45.16 
 
 
185 aa  119  3.9999999999999996e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010373  M446_7006  hypothetical protein  47.89 
 
 
183 aa  119  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1807  resolvase domain-containing protein  41.03 
 
 
201 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.261116  unclonable  0.00000000603181 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4137  resolvase domain-containing protein  48.18 
 
 
224 aa  118  9.999999999999999e-26  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.130251  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>