More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_1052 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011060  Ppha_1052  Resolvase domain  100 
 
 		 186 aa  381  1e-105  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4084  resolvase domain-containing protein  68.51 
 
 		 188 aa  259  1e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.236689  normal  0.0346573 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5459  resolvase domain-containing protein  65.75 
 
 		 190 aa  248  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.358499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5093  resolvase domain-containing protein  63.89 
 
 		 201 aa  228  3e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.993134 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0235  resolvase domain-containing protein  49.17 
 
 		 187 aa  180  1e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3031  DNA-invertase  46.24 
 
 		 197 aa  175  4e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00130363 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2757  resolvase domain-containing protein  50 
 
 		 188 aa  175  4e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000977256 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4154  resolvase domain-containing protein  48.59 
 
 		 199 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2144  Resolvase domain protein  50.55 
 
 		 196 aa  171  5e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0618608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0409  resolvase domain-containing protein  48.62 
 
 		 186 aa  171  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000318958  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0302  DNA-invertase  47.51 
 
 		 184 aa  169  2e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.623719 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2984  putative site-specific recombinases, DNA invertase Pin  47.19 
 
 		 203 aa  169  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.200056  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2489  Resolvase domain protein  46.96 
 
 		 184 aa  167  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.243262  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4249  resolvase domain-containing protein  49.7 
 
 		 191 aa  164  5e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.251845 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2147  Resolvase domain protein  49.7 
 
 		 191 aa  164  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3045  Resolvase domain protein  51.27 
 
 		 189 aa  163  1.0000000000000001e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436524  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2550  Resolvase domain  50 
 
 		 196 aa  158  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.819685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5190  resolvase domain-containing protein  44.44 
 
 		 191 aa  157  1e-37  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000411755  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0010  resolvase  43.55 
 
 		 185 aa  156  2e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0319649  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4386  resolvase  45 
 
 		 219 aa  156  2e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2362  DNA-invertase  41.99 
 
 		 188 aa  155  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1503  resolvase  48.33 
 
 		 182 aa  155  3e-37  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.236013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1562  recombinase  44.44 
 
 		 188 aa  155  4e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2312  Resolvase domain  44.86 
 
 		 201 aa  155  4e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1403  resolvase domain-containing protein  44.94 
 
 		 185 aa  154  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.749996  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2154  Resolvase domain protein  44.94 
 
 		 185 aa  155  5.0000000000000005e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.478214  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3862  resolvase domain-containing protein  44.57 
 
 		 194 aa  154  9e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0506724  unclonable  0.00000235811 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4685  resolvase domain-containing protein  46.99 
 
 		 193 aa  154  1e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2096  resolvase domain-containing protein  45.56 
 
 		 190 aa  153  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0211835 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3553  resolvase domain-containing protein  44.44 
 
 		 181 aa  151  5e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.467372  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3474  resolvase domain-containing protein  43.82 
 
 		 188 aa  150  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0466  resolvase  43.96 
 
 		 193 aa  149  2e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.736746  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0019  ISSod9, DNA-invertase  43.01 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0170  ISSod9, DNA-invertase  43.01 
 
 		 185 aa  149  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.579928  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5399  resolvase domain-containing protein  45.6 
 
 		 186 aa  149  3e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00909416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2813  resolvase-like protein  42.86 
 
 		 184 aa  149  3e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.493253  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3714  resolvase domain-containing protein  45.57 
 
 		 188 aa  148  5e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.566828  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5431  Resolvase domain protein  43.26 
 
 		 185 aa  147  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.318584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008762  Pnap_4991  resolvase domain-containing protein  45.4 
 
 		 189 aa  147  7e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3853  resolvase domain-containing protein  54.01 
 
 		 326 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.363521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4105  resolvase domain-containing protein  54.01 
 
 		 293 aa  147  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.571135  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6748  resolvase domain-containing protein  48.63 
 
 		 201 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.167425 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2482  TonB-dependent receptor protein  53.28 
 
 		 294 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4189  TonB-dependent receptor protein  53.28 
 
 		 294 aa  145  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4383  resolvase  46.79 
 
 		 193 aa  145  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0108  hypothetical protein  50.7 
 
 		 309 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2944  resolvase domain-containing protein  50 
 
 		 307 aa  145  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.857733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2702  resolvase domain-containing protein  50 
 
 		 307 aa  145  5e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.264305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5280  resolvase domain-containing protein  50 
 
 		 305 aa  144  8.000000000000001e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5037  resolvase domain-containing protein  41.48 
 
 		 201 aa  144  8.000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.931406  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0536  resolvase domain-containing protein  45.3 
 
 		 203 aa  144  9e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.201567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4320  hypothetical protein  54.01 
 
 		 293 aa  143  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.264253 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0167  resolvase domain-containing protein  40 
 
 		 196 aa  144  1e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4026  resolvase domain-containing protein  52.55 
 
 		 298 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.884346  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0095  resolvase domain-containing protein  41.21 
 
 		 189 aa  142  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6307  resolvase domain-containing protein  48.34 
 
 		 209 aa  141  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4123  resolvase domain-containing protein  41.4 
 
 		 185 aa  141  6e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0694671 
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4382  resolvase domain-containing protein  41.71 
 
 		 194 aa  141  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1711  integrative genetic element Gsu5, resolvase  40.11 
 
 		 190 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0316952  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3748  resolvase domain-containing protein  52.55 
 
 		 293 aa  140  9.999999999999999e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.57685  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1615  resolvase family site-specific recombinase  47.8 
 
 		 197 aa  139  3e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2396  resolvase domain-containing protein  52.86 
 
 		 163 aa  139  3e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.718289  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2172  recombinase  41.62 
 
 		 214 aa  137  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0678128  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4488  DNA-invertase  38.25 
 
 		 187 aa  136  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.258493  normal  0.0155508 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2582  resolvase domain-containing protein  39.34 
 
 		 185 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2245  resolvase domain-containing protein  40.22 
 
 		 183 aa  135  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0071186  normal  0.011182 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5450  resolvase domain-containing protein  42.22 
 
 		 184 aa  135  3.0000000000000003e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0052  hypothetical protein  47.33 
 
 		 201 aa  135  4e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2948  DNA-invertase hin  43.31 
 
 		 187 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  1.3180099999999999e-20 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2363  resolvase-like protein  43.68 
 
 		 228 aa  135  4e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.379523  normal  0.343568 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3501  resolvase domain-containing protein  49.64 
 
 		 324 aa  135  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.654072  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2967  DNA-invertase hin  43.31 
 
 		 188 aa  135  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000835062 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0348  Resolvase domain protein  51.64 
 
 		 209 aa  135  5e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2913  DNA-invertase hin  43.31 
 
 		 190 aa  135  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.504047  normal  0.0309704 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1477  Resolvase domain  43.33 
 
 		 197 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.79192  unclonable  0.0000000000000150315 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1852  Resolvase domain  43.33 
 
 		 197 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.064893  hitchhiker  0.000000000000388244 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4479  Resolvase domain protein  43.33 
 
 		 197 aa  134  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000000147912 
 
 
-
 
NC_009470  Acry_3562  resolvase domain-containing protein  39.77 
 
 		 208 aa  134  7.000000000000001e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0041  resolvase domain-containing protein  43.83 
 
 		 184 aa  134  7.000000000000001e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  decreased coverage  0.0000573211 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4835  Resolvase domain protein  49.23 
 
 		 201 aa  134  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.291279 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1490  resolvase domain-containing protein  48.95 
 
 		 183 aa  133  9.999999999999999e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.832501  hitchhiker  0.00333462 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4137  resolvase domain-containing protein  48.67 
 
 		 224 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.130251  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1202  resolvase domain-containing protein  41.76 
 
 		 194 aa  133  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2392  Resolvase domain  39.78 
 
 		 197 aa  133  1.9999999999999998e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000064315  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3440  invertase/recombinase protein  40.11 
 
 		 188 aa  133  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.115695  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1807  resolvase domain-containing protein  43.66 
 
 		 201 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.261116  unclonable  0.00000000603181 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3670  resolvase domain-containing protein  39.34 
 
 		 185 aa  132  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0039  resolvase  42.86 
 
 		 181 aa  132  3.9999999999999996e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0293678  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0014  resolvase domain-containing protein  43.83 
 
 		 184 aa  131  5e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.125158  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0068  resolvase  45.14 
 
 		 181 aa  131  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0902003  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0088  resolvase domain-containing protein  43.66 
 
 		 199 aa  130  9e-30  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.223955  n/a   
 
 
-
 
NC_010727  Mpop_5424  Resolvase domain  42.22 
 
 		 194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010721  Mpop_5457  hypothetical protein  42.22 
 
 		 194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0233  resolvase  45.77 
 
 		 183 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0202  resolvase  45.77 
 
 		 183 aa  129  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4459  resolvase  47.3 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4290  resolvase  47.3 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4190  resolvase  47.3 
 
 		 190 aa  129  2.0000000000000002e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6608  resolvase domain-containing protein  43.02 
 
 		 189 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.525053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0718  resolvase domain-containing protein  44.32 
 
 		 197 aa  129  3e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.784479 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>