More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1867 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3294  glutamine synthetase catalytic region  73.12 
 
 		 461 aa  670    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1867  glutamine synthetase 3  100 
 
 		 438 aa  901    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.60357 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5752  glutamine synthetase  74.03 
 
 		 435 aa  674    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.23975  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6578  glutamine synthetase, type III  73.8 
 
 		 435 aa  677    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0536435 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5641  glutamine synthetase, type III  72.89 
 
 		 435 aa  673    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6005  glutamine synthetase catalytic region  73.12 
 
 		 435 aa  663    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0483742  decreased coverage  0.00440887 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4698  glutamine synthetase catalytic region  63.93 
 
 		 453 aa  606  9.999999999999999e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1572  glutamine synthetase, type III  64.38 
 
 		 432 aa  598  1e-170  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.49312  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1945  L-glutamine synthetase  65.75 
 
 		 432 aa  595  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71023  normal  0.593814 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4807  glutamine synthetase, type III  64.16 
 
 		 432 aa  593  1e-168  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.602864  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1135  glutamate--ammonia ligase  62.79 
 
 		 432 aa  590  1e-167  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.46603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1659  glutamine synthetase, type III  63.47 
 
 		 432 aa  589  1e-167  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1941  glutamine synthetase, type III  63.7 
 
 		 432 aa  569  1e-161  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2635  glutamine synthetase, type III  60.73 
 
 		 435 aa  559  1e-158  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0282  glutamine synthetase, type III  61.36 
 
 		 436 aa  537  1e-151  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.903176  normal  0.0152238 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2296  L-glutamine synthetase  57.7 
 
 		 434 aa  526  1e-148  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1347  glutamate--ammonia ligase  41.59 
 
 		 444 aa  332  5e-90  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.353165  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0166  glutamine synthetase, type III  42.76 
 
 		 464 aa  330  4e-89  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2498  L-glutamine synthetase  40.77 
 
 		 446 aa  318  2e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0717822  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3034  glutamate--ammonia ligase  42.37 
 
 		 463 aa  315  9.999999999999999e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.639585 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5918  glutamine synthetase, type III  41.72 
 
 		 442 aa  312  9e-84  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0618649  normal  0.505098 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3468  L-glutamine synthetase  39.23 
 
 		 444 aa  310  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0456  L-glutamine synthetase  41.71 
 
 		 459 aa  309  8e-83  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.251652  normal  0.285148 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2247  glutamine synthetase, type III  39.67 
 
 		 444 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.238317 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1698  glutamine synthetase, type III  41.03 
 
 		 444 aa  307  3e-82  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.738423  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1798  glutamate--ammonia ligase  40.18 
 
 		 451 aa  305  2.0000000000000002e-81  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.44484  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2273  glutamate--ammonia ligase  38.36 
 
 		 444 aa  299  7e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0123313 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1300  glutamate--ammonia ligase  42.12 
 
 		 435 aa  299  8e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.646608 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0077  L-glutamine synthetase  38.69 
 
 		 453 aa  295  8e-79  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5260  glutamate--ammonia ligase  43.24 
 
 		 436 aa  292  7e-78  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.261922 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4892  glutamate--ammonia ligase  43.24 
 
 		 436 aa  292  7e-78  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4981  glutamate--ammonia ligase  43.24 
 
 		 436 aa  292  7e-78  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5509  glutamate--ammonia ligase  42.34 
 
 		 435 aa  287  2.9999999999999996e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.163874 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1911  L-glutamine synthetase  39.64 
 
 		 451 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.741683  normal  0.325105 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3904  glutamine synthetase, type III  40.32 
 
 		 457 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.157451 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3726  glutamine synthetase, type III  40.83 
 
 		 457 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.681575 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4021  glutamine synthetase, type III  40.83 
 
 		 457 aa  284  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4807  glutamine synthetase, type III  40.4 
 
 		 456 aa  284  3.0000000000000004e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1856  L-glutamine synthetase  38.6 
 
 		 453 aa  282  7.000000000000001e-75  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3085  glutamine synthetase, type III  40.14 
 
 		 455 aa  282  1e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3525  glutamine synthetase, type III  38.6 
 
 		 480 aa  279  8e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0706395 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0794  glutamine synthetase, type III  38.16 
 
 		 461 aa  276  7e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.827759  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2562  L-glutamine synthetase  36.9 
 
 		 452 aa  273  4.0000000000000004e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5344  L-glutamine synthetase  38.06 
 
 		 451 aa  262  1e-68  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.567522  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5723  L-glutamine synthetase  38.06 
 
 		 451 aa  261  1e-68  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5433  L-glutamine synthetase  38.06 
 
 		 451 aa  262  1e-68  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353805  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2370  glutamine synthetase, type III  37.41 
 
 		 452 aa  257  4e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2374  glutamine synthetase, type I  36.94 
 
 		 456 aa  250  3e-65  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.943832  normal  0.417951 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0249  glutamine synthetase, type I  34.3 
 
 		 433 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.449889  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1297  L-glutamine synthetase  36.12 
 
 		 443 aa  244  3e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000250879  normal  0.0655165 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0962  L-glutamine synthetase  34.21 
 
 		 445 aa  240  2.9999999999999997e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0105368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0386  glutamine synthetase, type I  35.24 
 
 		 444 aa  237  3e-61  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1764  L-glutamine synthetase  34.5 
 
 		 442 aa  235  1.0000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705801  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1204  glutamine synthetase, type I  35.57 
 
 		 452 aa  234  2.0000000000000002e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00014918  normal  0.349834 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1294  L-glutamine synthetase  34.65 
 
 		 444 aa  233  4.0000000000000004e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0180309 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2806  glutamine synthetase, type I  34.95 
 
 		 449 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1202  L-glutamine synthetase  34.22 
 
 		 447 aa  232  1e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000336656  n/a   
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5189  glutamine synthetase, type I  34.54 
 
 		 451 aa  230  3e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1537  glutamine synthetase, type I  35.04 
 
 		 456 aa  229  7e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2027  glutamine synthetase, type I  33.91 
 
 		 443 aa  228  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.123659  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1573  glutamine synthetase, type I  33.33 
 
 		 445 aa  227  3e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1007  glutamate--ammonia ligase  33.84 
 
 		 442 aa  227  4e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000328264  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1379  glutamine synthetase  34.59 
 
 		 448 aa  226  5.0000000000000005e-58  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000272727  hitchhiker  0.00000000000339738 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2490  glutamine synthetase, type I  34.73 
 
 		 446 aa  224  2e-57  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2023  glutamine synthetase, type I  34.43 
 
 		 443 aa  224  2e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1975  L-glutamine synthetase  33.33 
 
 		 442 aa  224  3e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1637  glutamine synthetase catalytic region  33.92 
 
 		 458 aa  223  4.9999999999999996e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2178  glutamine synthetase, type I  33.18 
 
 		 444 aa  223  7e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.588108  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0952  L-glutamine synthetase  32.16 
 
 		 445 aa  222  8e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00098496  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3731  glutamine synthetase, type I  32.82 
 
 		 444 aa  221  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3754  glutamine synthetase, type I  32.6 
 
 		 444 aa  220  5e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149768  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0994  glutamine synthetase, type I  32.59 
 
 		 442 aa  220  5e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3549  glutamine synthetase, type I  32.6 
 
 		 444 aa  219  6e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3449  glutamine synthetase, type I  32.6 
 
 		 444 aa  219  6e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3462  glutamate--ammonia ligase (glutamine synthetase, type I)  32.6 
 
 		 444 aa  219  6e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3833  glutamine synthetase, type I  32.6 
 
 		 444 aa  219  6e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3713  glutamine synthetase, type I  32.6 
 
 		 444 aa  219  6e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.53476e-18 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1763  glutamine synthetase, type I  34.58 
 
 		 448 aa  219  7e-56  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.484266  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3759  glutamine synthetase, type I  33.99 
 
 		 444 aa  219  1e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000109487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2381  glutamine synthetase, type I  32.6 
 
 		 444 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2135  glutamine synthetase, type I  33.33 
 
 		 442 aa  218  2e-55  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21290  glutamine synthetase, type I  33.33 
 
 		 441 aa  217  4e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0204015  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1435  glutamine synthetase, type I  33.41 
 
 		 437 aa  217  4e-55  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1738  glutamine synthetase catalytic region  34.45 
 
 		 463 aa  217  4e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2270  L-glutamine synthetase  32.09 
 
 		 440 aa  217  4e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.327087  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1389  glutamine synthetase, type I  33.62 
 
 		 450 aa  216  5e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3763  glutamine synthetase, type I  31.64 
 
 		 457 aa  216  5e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000243827  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0643  glutamine synthetase, type I  31.77 
 
 		 445 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.61132  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0717  L-glutamine synthetase  34.57 
 
 		 448 aa  216  8e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.837857  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3469  glutamine synthetase, type I  32.39 
 
 		 444 aa  216  8e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00616587  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0952  L-glutamine synthetase  33.92 
 
 		 447 aa  215  9.999999999999999e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.434592  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2711  glutamine synthetase, type I  34.55 
 
 		 442 aa  215  9.999999999999999e-55  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3803  glutamine synthetase, type I  32.39 
 
 		 444 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3760  glutamine synthetase, type I  31.95 
 
 		 443 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000185172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1502  glutamine synthetase, type I  32.39 
 
 		 444 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0398754 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1459  glutamine synthetase, type I  33.11 
 
 		 451 aa  214  2.9999999999999995e-54  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0456  glutamine synthetase catalytic region  34.56 
 
 		 431 aa  214  2.9999999999999995e-54  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.0000119779 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2807  glutamine synthetase, type I  31.63 
 
 		 444 aa  213  4.9999999999999996e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0737852  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07430  L-glutamine synthetase  34.73 
 
 		 447 aa  211  2e-53  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1235  glutamine synthetase, type I  30.63 
 
 		 444 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000016519  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>