More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5752 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_3294  glutamine synthetase catalytic region  86.21 
 
 		 461 aa  797    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1867  glutamine synthetase 3  74.03 
 
 		 438 aa  674    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.60357 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5641  glutamine synthetase, type III  88.97 
 
 		 435 aa  818    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5752  glutamine synthetase  100 
 
 		 435 aa  908    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.23975  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6005  glutamine synthetase catalytic region  91.95 
 
 		 435 aa  842    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0483742  decreased coverage  0.00440887 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6578  glutamine synthetase, type III  87.82 
 
 		 435 aa  808    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0536435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4807  glutamine synthetase, type III  67.51 
 
 		 432 aa  620  1e-176  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.602864  normal  0.0371465 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4698  glutamine synthetase catalytic region  65.52 
 
 		 453 aa  604  9.999999999999999e-173  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1135  glutamate--ammonia ligase  65.9 
 
 		 432 aa  603  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.46603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1659  glutamine synthetase, type III  65.52 
 
 		 432 aa  594  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1945  L-glutamine synthetase  66.36 
 
 		 432 aa  597  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.71023  normal  0.593814 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1572  glutamine synthetase, type III  65.21 
 
 		 432 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.49312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2635  glutamine synthetase, type III  63.22 
 
 		 435 aa  588  1e-167  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1941  glutamine synthetase, type III  65.52 
 
 		 432 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2296  L-glutamine synthetase  59.3 
 
 		 434 aa  553  1e-156  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0282  glutamine synthetase, type III  61.15 
 
 		 436 aa  542  1e-153  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.903176  normal  0.0152238 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0166  glutamine synthetase, type III  41.44 
 
 		 464 aa  326  6e-88  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5918  glutamine synthetase, type III  41.4 
 
 		 442 aa  323  3e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0618649  normal  0.505098 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0456  L-glutamine synthetase  40.55 
 
 		 459 aa  320  3.9999999999999996e-86  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.251652  normal  0.285148 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1798  glutamate--ammonia ligase  39.86 
 
 		 451 aa  315  9.999999999999999e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.44484  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1300  glutamate--ammonia ligase  41.28 
 
 		 435 aa  313  4.999999999999999e-84  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.646608 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1347  glutamate--ammonia ligase  38.67 
 
 		 444 aa  312  5.999999999999999e-84  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.353165  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5260  glutamate--ammonia ligase  41.27 
 
 		 436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.261922 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4892  glutamate--ammonia ligase  41.27 
 
 		 436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4981  glutamate--ammonia ligase  41.27 
 
 		 436 aa  304  2.0000000000000002e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3034  glutamate--ammonia ligase  39.95 
 
 		 463 aa  304  2.0000000000000002e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.639585 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0077  L-glutamine synthetase  38.2 
 
 		 453 aa  301  2e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2498  L-glutamine synthetase  39.05 
 
 		 446 aa  301  2e-80  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0717822  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3525  glutamine synthetase, type III  39.82 
 
 		 480 aa  300  3e-80  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0706395 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1698  glutamine synthetase, type III  38.3 
 
 		 444 aa  299  6e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.738423  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5509  glutamate--ammonia ligase  40.6 
 
 		 435 aa  298  9e-80  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.163874 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2247  glutamine synthetase, type III  38.23 
 
 		 444 aa  296  6e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.238317 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3468  L-glutamine synthetase  39.16 
 
 		 444 aa  296  7e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.409179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2562  L-glutamine synthetase  37.5 
 
 		 452 aa  290  4e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.803813 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1911  L-glutamine synthetase  37.73 
 
 		 451 aa  290  5.0000000000000004e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.741683  normal  0.325105 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4807  glutamine synthetase, type III  39.6 
 
 		 456 aa  289  8e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2273  glutamate--ammonia ligase  36.79 
 
 		 444 aa  287  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0123313 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3904  glutamine synthetase, type III  39.21 
 
 		 457 aa  287  2e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.580767  normal  0.157451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3085  glutamine synthetase, type III  38.8 
 
 		 455 aa  286  5.999999999999999e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0794  glutamine synthetase, type III  38.05 
 
 		 461 aa  286  5.999999999999999e-76  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.827759  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3726  glutamine synthetase, type III  38.62 
 
 		 457 aa  285  9e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.681575 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4021  glutamine synthetase, type III  38.62 
 
 		 457 aa  285  9e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1856  L-glutamine synthetase  38.25 
 
 		 453 aa  278  2e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5344  L-glutamine synthetase  38.55 
 
 		 451 aa  274  3e-72  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.567522  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5433  L-glutamine synthetase  38.55 
 
 		 451 aa  274  3e-72  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.353805  normal  0.879063 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5723  L-glutamine synthetase  38.55 
 
 		 451 aa  273  5.000000000000001e-72  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2370  glutamine synthetase, type III  36.74 
 
 		 452 aa  273  6e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2374  glutamine synthetase, type I  37.9 
 
 		 456 aa  266  5.999999999999999e-70  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.943832  normal  0.417951 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2027  glutamine synthetase, type I  34.89 
 
 		 443 aa  262  6.999999999999999e-69  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.123659  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0386  glutamine synthetase, type I  34.68 
 
 		 444 aa  252  7e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0962  L-glutamine synthetase  33.78 
 
 		 445 aa  249  9e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0105368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1204  glutamine synthetase, type I  34.42 
 
 		 452 aa  248  1e-64  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.00014918  normal  0.349834 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2806  glutamine synthetase, type I  33.92 
 
 		 449 aa  247  3e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2270  L-glutamine synthetase  32.96 
 
 		 440 aa  246  8e-64  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.327087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1637  glutamine synthetase catalytic region  34.67 
 
 		 458 aa  243  6e-63  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0249  glutamine synthetase, type I  34.47 
 
 		 433 aa  242  9e-63  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.449889  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2023  glutamine synthetase, type I  34.88 
 
 		 443 aa  242  1e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2178  glutamine synthetase, type I  34.31 
 
 		 444 aa  239  5e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.588108  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1007  glutamate--ammonia ligase  34.07 
 
 		 442 aa  238  1e-61  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000000328264  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0717  L-glutamine synthetase  33.92 
 
 		 448 aa  237  4e-61  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.837857  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21290  glutamine synthetase, type I  33.11 
 
 		 441 aa  235  9e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0204015  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1297  L-glutamine synthetase  34.36 
 
 		 443 aa  234  2.0000000000000002e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000250879  normal  0.0655165 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3759  glutamine synthetase, type I  34.65 
 
 		 444 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000109487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5189  glutamine synthetase, type I  35.45 
 
 		 451 aa  233  5e-60  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1294  L-glutamine synthetase  35.06 
 
 		 444 aa  232  1e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0180309 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0952  L-glutamine synthetase  34.08 
 
 		 445 aa  232  1e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00098496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1537  glutamine synthetase, type I  35.25 
 
 		 456 aa  231  2e-59  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0150  glutamine synthetase, type I  33.63 
 
 		 448 aa  229  8e-59  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.991128  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1975  L-glutamine synthetase  33.11 
 
 		 442 aa  228  1e-58  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1573  glutamine synthetase, type I  33.04 
 
 		 445 aa  228  1e-58  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1202  L-glutamine synthetase  32.96 
 
 		 447 aa  228  2e-58  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000336656  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3731  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  227  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2490  glutamine synthetase, type I  33.56 
 
 		 446 aa  227  3e-58  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.137457 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0261  glutamine synthetase, type I  33.11 
 
 		 439 aa  227  4e-58  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00869904  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1235  glutamine synthetase, type I  32.31 
 
 		 444 aa  227  4e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000016519  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3754  glutamine synthetase, type I  32.97 
 
 		 444 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.149768  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3549  glutamine synthetase, type I  32.97 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3449  glutamine synthetase, type I  32.97 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3462  glutamate--ammonia ligase (glutamine synthetase, type I)  32.97 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3833  glutamine synthetase, type I  32.97 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2381  glutamine synthetase, type I  33.19 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3713  glutamine synthetase, type I  32.97 
 
 		 444 aa  226  6e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.53476e-18 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2807  glutamine synthetase, type I  33.48 
 
 		 444 aa  226  7e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0737852  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07430  L-glutamine synthetase  35.24 
 
 		 447 aa  226  9e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0643  glutamine synthetase, type I  32.07 
 
 		 445 aa  224  2e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.61132  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0666  L-glutamine synthetase  33.63 
 
 		 447 aa  223  4e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.57633 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3760  glutamine synthetase, type I  33.11 
 
 		 443 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000185172  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1502  glutamine synthetase, type I  32.75 
 
 		 444 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0398754 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3803  glutamine synthetase, type I  32.75 
 
 		 444 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2135  glutamine synthetase, type I  34.48 
 
 		 442 aa  223  7e-57  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1763  glutamine synthetase, type I  33.77 
 
 		 448 aa  222  9.999999999999999e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.484266  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1389  glutamine synthetase, type I  33.26 
 
 		 450 aa  222  9.999999999999999e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3469  glutamine synthetase, type I  32.53 
 
 		 444 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00616587  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1764  L-glutamine synthetase  32.65 
 
 		 442 aa  220  3e-56  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0994  glutamine synthetase, type I  32.29 
 
 		 442 aa  220  3e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000845982  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0521  glutamine synthetase, type I  31.79 
 
 		 446 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1379  glutamine synthetase  33.33 
 
 		 448 aa  220  3.9999999999999997e-56  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000272727  hitchhiker  0.00000000000339738 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1394  glutamine synthetase, type I  32.74 
 
 		 446 aa  220  5e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.180794  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1368  glutamine synthetase, type I  32.74 
 
 		 446 aa  220  5e-56  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0431284  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2117  glutamine synthetase, type I  31.86 
 
 		 444 aa  219  5e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>