91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CA2559_03290 on replicon NC_014230
Organism: Croceibacter atlanticus HTCC2559



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014230  CA2559_03290  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 132 aa  267  5e-71  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.441975  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  56.15 
 
 		 130 aa  152  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  57.81 
 
 		 130 aa  150  5.9999999999999996e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  38.53 
 
 		 111 aa  83.6  7e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  35.43 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  34.91 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0393  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.147401 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  29.91 
 
 		 126 aa  67.8  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  38.78 
 
 		 116 aa  66.6  0.00000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  32.43 
 
 		 119 aa  65.1  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 122 aa  63.9  0.0000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  34.23 
 
 		 119 aa  60.5  0.000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  29.2 
 
 		 133 aa  60.5  0.000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2814  ribosome-binding factor A  28.28 
 
 		 127 aa  58.2  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  34.74 
 
 		 116 aa  57  0.00000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0204  ribosome-binding factor A  30.3 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  30.28 
 
 		 132 aa  56.6  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 		 123 aa  55.1  0.0000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  30.39 
 
 		 127 aa  54.7  0.0000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0180  ribosome-binding factor A  30.3 
 
 		 125 aa  54.7  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.708366  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 118 aa  52.4  0.000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0301  ribosome-binding factor A  27.5 
 
 		 119 aa  52.8  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000015742  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  27.19 
 
 		 133 aa  50.8  0.000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01304  ribosome-binding factor A  27.78 
 
 		 115 aa  50.8  0.000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.435847  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 119 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 119 aa  50.4  0.000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  27.52 
 
 		 127 aa  50.1  0.00001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  29.29 
 
 		 139 aa  49.7  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  27.43 
 
 		 116 aa  49.7  0.00001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  27.43 
 
 		 130 aa  49.3  0.00002  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0243  hypothetical protein  28.04 
 
 		 125 aa  48.5  0.00003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0355  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 		 137 aa  47.8  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.417644  normal  0.687785 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  26.85 
 
 		 134 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 		 133 aa  47  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  27.19 
 
 		 119 aa  47  0.0001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  26.47 
 
 		 145 aa  46.2  0.0001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 137 aa  46.6  0.0001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  28.97 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  33.66 
 
 		 143 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  29.29 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  29.29 
 
 		 123 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  25.66 
 
 		 116 aa  45.8  0.0002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  24.78 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  29.09 
 
 		 119 aa  45.1  0.0003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  28.57 
 
 		 132 aa  45.1  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  34.95 
 
 		 146 aa  45.1  0.0003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  24.78 
 
 		 145 aa  45.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  25.69 
 
 		 126 aa  44.7  0.0005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  33.98 
 
 		 146 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  33.98 
 
 		 146 aa  44.3  0.0005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01761  ribosome-binding factor A  26.47 
 
 		 133 aa  43.5  0.0009  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.138056  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01301  ribosome-binding factor A  24.41 
 
 		 130 aa  43.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.665223  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  25.49 
 
 		 136 aa  43.5  0.001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  24.76 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  27.5 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  27.5 
 
 		 116 aa  43.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  23.89 
 
 		 145 aa  43.5  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  30.69 
 
 		 125 aa  43.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  26.36 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  33.98 
 
 		 147 aa  43.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01271  ribosome-binding factor A  21.01 
 
 		 130 aa  42.7  0.002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 128 aa  42.4  0.002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  25.41 
 
 		 134 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  28.85 
 
 		 123 aa  42  0.003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  25.22 
 
 		 123 aa  42  0.003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0610  ribosome-binding factor A  27.1 
 
 		 128 aa  42  0.003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0012936  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  26.67 
 
 		 122 aa  41.2  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  28.71 
 
 		 133 aa  41.2  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01261  ribosome-binding factor A  29.59 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0310075  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  24.24 
 
 		 137 aa  40.8  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  22.86 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  22.86 
 
 		 128 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  23.53 
 
 		 137 aa  40.8  0.006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  25.71 
 
 		 122 aa  40.8  0.006  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01291  ribosome-binding factor A  25 
 
 		 130 aa  40.8  0.006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.774457  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  24 
 
 		 134 aa  40.8  0.007  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0599  ribosome-binding factor A  22.55 
 
 		 135 aa  40.4  0.009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.369509  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  24.51 
 
 		 131 aa  40.4  0.009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  26.79 
 
 		 130 aa  40  0.01  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  27.72 
 
 		 133 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  27.72 
 
 		 133 aa  40  0.01  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>