170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0393 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0393  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 124 aa  247  4e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.147401 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  42.62 
 
 		 126 aa  102  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4166  ribosome-binding factor A  39.13 
 
 		 127 aa  96.7  1e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  0.00000106795  hitchhiker  0.00000000804111 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  41.28 
 
 		 127 aa  94  6e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_002950  PG0923  ribosome-binding factor A  38.74 
 
 		 111 aa  87  7e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.816784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 		 130 aa  85.9  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3629  ribosome-binding factor A  35.71 
 
 		 133 aa  80.1  0.000000000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0781  ribosome-binding factor A  34.13 
 
 		 130 aa  73.2  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03290  ribosome-binding factor A  33.61 
 
 		 132 aa  71.6  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.441975  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  32.76 
 
 		 127 aa  62.4  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1461  ribosome-binding factor A  31.67 
 
 		 123 aa  61.6  0.000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00371256  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1310  ribosome-binding factor A  33.93 
 
 		 126 aa  60.5  0.000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.03706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1778  ribosome-binding factor A  29.06 
 
 		 119 aa  57.4  0.00000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00495715  normal  0.155999 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  35.65 
 
 		 117 aa  57.4  0.00000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1314  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 119 aa  56.2  0.0000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0368  ribosome-binding factor A  34.51 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0159363  normal  0.435945 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  29.92 
 
 		 127 aa  55.8  0.0000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  27.73 
 
 		 134 aa  56.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 137 aa  55.8  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  34.21 
 
 		 122 aa  56.2  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  27.35 
 
 		 133 aa  55.1  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  27.59 
 
 		 119 aa  54.3  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000452845  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0399  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000842232  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  31.09 
 
 		 129 aa  52.8  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  29.41 
 
 		 131 aa  52.4  0.000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  32.23 
 
 		 133 aa  52.4  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  31.4 
 
 		 136 aa  52.4  0.000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  26.05 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  29.51 
 
 		 116 aa  52  0.000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0341  ribosome-binding factor A  31.73 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  30.08 
 
 		 119 aa  52  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  25.83 
 
 		 122 aa  51.6  0.000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3752  ribosome-binding factor A  31.71 
 
 		 130 aa  52  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00104734  unclonable  0.0000134979 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  31.75 
 
 		 133 aa  51.6  0.000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  30.08 
 
 		 119 aa  51.6  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  31.45 
 
 		 130 aa  51.6  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  31.5 
 
 		 136 aa  51.2  0.000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  26.45 
 
 		 118 aa  51.2  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  29.06 
 
 		 118 aa  50.4  0.000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  29.06 
 
 		 118 aa  50.4  0.000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 133 aa  50.4  0.000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 118 aa  50.4  0.000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 133 aa  50.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  30.83 
 
 		 133 aa  50.1  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 122 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  25.66 
 
 		 123 aa  49.7  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0370  ribosome-binding factor A  26.96 
 
 		 116 aa  49.7  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000258707  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0243  hypothetical protein  23.42 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  29.06 
 
 		 118 aa  49.7  0.00001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0403  ribosome-binding factor A  31.58 
 
 		 116 aa  50.1  0.00001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000114311  normal  0.233989 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  27.73 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  27.59 
 
 		 121 aa  48.9  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1661  ribosome-binding factor A  29.41 
 
 		 121 aa  48.9  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.661527  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 		 123 aa  48.9  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  24.17 
 
 		 122 aa  49.3  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  29.17 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  24.32 
 
 		 134 aa  48.9  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1060  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 122 aa  48.1  0.00003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.00435559  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 118 aa  48.5  0.00003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1916  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 122 aa  48.1  0.00003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.24329  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2563  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 122 aa  48.1  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240841  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2030  ribosome-binding factor A  28.33 
 
 		 123 aa  48.5  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0111953  normal  0.0437908 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1728  ribosome-binding factor A  27.35 
 
 		 143 aa  48.5  0.00003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.403197  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1644  ribosome-binding factor A  32.53 
 
 		 119 aa  48.5  0.00003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  29 
 
 		 122 aa  48.9  0.00003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1217  ribosome-binding factor A  26.27 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1247  ribosome-binding factor A  26.27 
 
 		 128 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0254008 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1506  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0174  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0246509  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1741  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.0087071  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1763  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.492617  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0992  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 		 138 aa  48.1  0.00004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.197459  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  28.33 
 
 		 133 aa  47.8  0.00005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 118 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 118 aa  47.8  0.00005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 132 aa  47.8  0.00005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  31.45 
 
 		 116 aa  47.8  0.00005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  25.89 
 
 		 141 aa  47.8  0.00006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  28.33 
 
 		 133 aa  47.8  0.00006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  26.96 
 
 		 118 aa  47.4  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  30.19 
 
 		 131 aa  47.4  0.00007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 132 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1633  ribosome-binding factor A  26.72 
 
 		 121 aa  47.4  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.100642  hitchhiker  0.000771704 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  30.33 
 
 		 132 aa  47.4  0.00007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>